محمود احمدینژاد، رئیس جمهوری پیشین ایران، با انتقاد شدید از قوه قضاییه، این قوه را ناقض قانون اساسی دانست و گفت، اگر قرار بود «دیکتاتوری قوه قضاییه» داشته باشیم انقلاب نمی‌کردیم.
محمود احمدینژاد در گفت‌وگویی که وبسایت دولت بهار آن را منتشر کرده، با انتقاد از «عدم استقلال» این دستگاه گفت «یکی از تخلفات بزرگ قوه قضاییه این است که زندان‌ها را در اختیار نهادهای امنیتی قرار داده است.»
بخش عمده‌ای از این گفت‌وگوی ۳۹ دقیقه‌ای مربوط به پرونده حمید بقایی معاون دولت وی است.
محمود احمدینژاد با انتقاد از اینکه چرا کسی نمی‌تواند از قوه قضاییه انتقاد کند، گفت همین امر باعث شده که این قوه به وضعیت کنونی برسد.
او همچنین به‌شدت از صادق لاریجانی رئیس این قوه انتقاد کرد و گفت اگر حرف‌های حمید بقایی در مورد رئیس این قوه جرم است من اول از همه این حرف‌ها را می‌گویم.
وی گفت: «اگر جرم است من هم می‌گویم مردم به خدا بچه‌های من جاسوس نیستند، برادرانم کارچاق‌کن نیستند، زمین‌خوار نیستند، واردکننده انحصاری دارو نیستند، خودمم هم در اطراف قم زمین تصرف نکردم که گاوداری درست کنم. پول من هم از پارو بالا نمی‌رود، تابعیت بیگانه هم ندارم بچه‌هایم هم ندارند، برادرهایم هم ندارند.»
محمود احمدینژاد در زمان ریاست‌جمهوری‌اش هم فیلمی در مجلس از گفت‌وگوی فاضل لاریجانی و سعید مرتضوی رئیس وقت سازمان تامین اجتماعی هنگام استیضاح وزیر کار پخش کرد. در این فیلم ظاهرا فاضل لاریجانی از سعید مرتضوی تقاضای خرید یکی از شرکت‌های تامین اجتماعی می‌کند.
پیشتر گزارش‌هایی نیز درباره بازداشت دختر صادق لاریجانی به دلیل «جاسوسی» منتشر شده بود که وزارت اطلاعات آن را تکذیب کرده است.
رئیس دولت‌های نهم و دهم قوه قضاییه را به خاطر واگذار کردن زندان‌ها به نهادهای امنیتی سرزنش کرده و گفت در حال حاضر بخشی از زندان در اختیار اطلاعات سپاه، بخشی دیگر در اختیار اطلاعات و بخشی هم در اختیار حفاظت اطلاعات قوه قضاییه است و قسمتی هم زیر نظر سازمان زندان‌هاست.
محمود احمدینژاد اظهار داشت در حالی که ضابط (نهادهای انتظامی و امنیتی) باید تحت امرقوه قضاییه باشند، اکنون وضعیت به‌گونه‌ای است که قوه قضاییه دستگیر می‌کند و متهم را تحویل ضابط می‌دهد.
وی با یادآوری گفته‌های حمید بقایی در دوران زندان گفت، سخنگوی قوه قضاییه و دادستان می‌گویند ما از وزارت اطلاعات پرسیدیم و آنها گفته‌اند وضع او در زندان خوب است.
وی با اشاره به گفته‌های غلامحسین محسنی اژه‌ای، سخنگوی قوه قضاییه، که گفته بود حمید بقایی در سوئیت است، گفت: «ان شاءالله مقامات قوه قضاییه قسمتشان بشود که در این سوئیت‌ها بدون خدم و حشم زندگی کنند ... تا بفهمند چه خبر است.»
به گفته محمود احمدینژاد فلسفه وجودی قوه قضاییه دفاع از مردم در مقابل دستگاه‌ها و نهادهای امنیتی است.
رئیس جهموری پیشین ایران، اما اقدامات قوه قضاییه را «جرم» و «تخلف بزرگ» دانست و گفت اما این رویه اکنون «عادی» شده است.
شماری از منتقدان محمود احمدینژاد می‌گویند چرا وی در دوران ریاست جمهوری‌اش در مقابل اقدامات قوه قضاییه و سرکوب‌های سال ۱۳۸۸ سکوت کرده بود.
سعید مرتضوی که از متهمان اصلی پرونده زهرا کاظمی و بازداشتگاه کهریزک بود، توسط محمود احمدینژاد به اصرار به عنوان رئیس سازمان تامین اجتماعی منصوب شد.
محمود احمدینژاد خود در سخنرانی میدان ولی عصر معترضان به نتیجه انتخابات را «خس و خاشاک» خواند.
اسماعیل احمدی مقدم فرمانده وقت نیروی انتظامی در سال ۱۳۸۸ در مصاحبه‌ای که سال ۹۴ با «رمز عبور» انجام داد، گفته است که محمود احمدینژاد خواستار دستگیری و برخورد با معترضان بود.
به گفته اسماعیل احمدی‌مقدم، احمدینژاد در سال ۸۸ گفته است: «خیلی خوب شد. دایره را تکان دادیم و اضافات و آشغال‌ها رو آمد. با آنها برخورد کنید و همه را جمع کنید ببرید. بروید خاتمی و بقیه را دستگیر کنید و شر همه را کم کنید.»
فرمانده وقت نیروی انتظامی به گفته خود در جواب محمود احمدینژاد می‌گوید: «مرد حسابی! چه می‌گویی؟ می‌روی مصاحبه و سخنرانی می‌کنی و می‌گویی خس و خاشاک و آت و آشغال. الان همه به خیابان‌ها ریخته‌اند و بحران است و نمی‌شود قضیه را به این سادگی جمع کرد و حالا می‌گویی بگیرید ببرید و تمام؟»
پرونده ستار بهشتی
محمود احمدینژاد در ادامه گفت‌وگوی خود که روز پنجشنبه منتشر شد، بازداشت هفت ماهه و نیمه حمید بقایی را غیرقانونی دانست و اتهامات او را ساختگی خواند. وی قوه قضاییه را متهم کرد که در این پرونده خودشان «هم شاکی‌اند، هم قاضی‌اند و هم مطلع.»
احمدینژاد تاکید کرد که قوه قضاییه برخلاف قانون اساسی دادگاه بقایی را علنی برگزار نمی‌کند و با ادعای مبارزه با فساد این اقدامات را توجیه می‌کند.
وی خطاب به قوه قضاییه گفت: «چون شما در قدرت هستی هر کار بکنی حقی؟»
وی همچنین اقدامات قوه قضاییه را خلاف آرمان‌های انقلاب ۱۳۵۷ دانست و گفت: «اگر می‌خواستیم دیکتاتوری قوه قضاییه باشد که قبلش بود.»
رئیس جمهور پیشین ایران گفت به خاطر کشته شدن ستار بهشتی، وبلاگ‌نویس، با صادق لاریجانی دعوا کرده است.
وی گفت: «در شورای امنیت ملی راجع به همان آقای ستار بهشتی من تقریبا با ایشان دعوا کردم. فریاد زدم سرشان. گفتم جنایت کردید شما. برای چه جوان مردم را گرفتید بردید. این چه وضعش است.»
به گفته احمدینژاد، قوه قضاییه می‌خواهد همه امور و از جمله اختیارات قوه مجریه را هم در دست بگیرد که به گفته او «طاغوت» و «دیکتاتور» هم همین رویه را دارند.
حمید بقایی سال ۹۴ به دلیل اتهام‌های مالی بازداشت شد و پس از آن افراد نزدیک به محمود احمدینژاد خبر دادند که او با دستور رهبر جمهوری اسلامی آزاد شده است. او در تیر ماه امسال نیز بازداشت و با وثیقه ۲۰ میلیارد تومانی آزاد شد.
حمید بقایی به همراه محمود احمدینژاد برای انتخابات ریاست جمهوری در سال ۹۶ نامزد شده بودند، اما شورای نگهبان صلاحیت هر دوی آنها را رد کرد.
«درخواست پرداخت پاداش جمعاً سیصد میلیون تومان به ۱۶ نفر از اعضای دولت»، «کمک به دانشگاه بین‌المللی ایرانیان»، «کمک به سازمان خانه ایرانیان»، «کمک به روزنامه دولتی ایران» و «اتهام تبانی در عقد قرارداد و معاملات پنج شرکت» از جمله اتهامات آقای بقایی است.
در همین حال به گفته فیاض شجاعی، رئیس دیوان محاسبات کشور، محمود احمدینژاد هفت پرونده قطعی و در حال اجرا دارد که پنج مورد آن نفتی است.
نسرین ستوده وکیل ممنوع الشغل دادگستری در پی بست نشینی حمید بقایی در حرم شاه عبدالعظیم در نامه‌ای سرگشاده به محمود احمدینژاد نوشت: «در آن روزها که مردم دسته دسته به جرم "شک در انتخابات" بدون رعایت قانون به محاکمات نمایشی سپرده می‌شدند و نمایش آن، شبانه از تلویزیون پخش می‌شد، شما چگونه آن ظلم عریان را ندیدید؟ همه ی آن دستگاه برای حفظ و حراست از شما برپا شده بود، جای شما بالای همه‌ی آن دادگاه‌های اعتراضات انتخاباتی بود.»
محمود صادقی نماینده اصلاح‌‌طلب مجلس نیز در واکنش به گلایه‌های محمود احمدینژاد به قوه قضاییه گفت: «مگر آقای مرتضوی که جزء نزدیک‌ترین اشخاص به احمدینژاد بود، مرتکب چنین تخلفاتی نشد و مگر احمدینژاد از جنایات کهریزک بی‌خبر بود؟»