وب‌سایت آیت‌الله حسینعلی منتظری، قائم‌مقام برکنارشده آیت‌الله خمینی، روز سه‌شنبه، یک فایل صوتی از او مربوط به ۲۴ مرداد سال ۱۳۶۷ منتشر کرده که این مرجع تقلید شیعه در دیدار با برخی مقام‌های قضایی وقت جمهوری اسلامی، از اعدام‌های سال ۶۷ در ایران به عنوان «بزرگترین جنایت جمهوری اسلامی» یاد می‌کند.
وی دلیل مخالفت خود را با این اعدام‌ها، «نگرانی از آینده اسلام و انقلاب» عنوان می‌کند.
مقام‌های قضایی حاضر در این جلسه، حسینعلی نیری حاکم شرع وقت، مرتضی اشراقی دادستان وقت تهران، ابراهیم رییسی معاون وقت دادستان و مصطفی پورمحمدی نماینده وزارت اطلاعات در زندان اوین در آن زمان معرفی شده‌اند.
آیت‌الله منتظری در این فایل صوتی خطاب به مقام‌های قضایی حاضر، اعدام‌های تابستان سال ۱۳۶۷ را «بزرگترین جنایت جمهوری اسلامی» توصیف کرده و گفته است که تاریخ ما را به دلیل این جنایت محکوم می‌کند.
آیت‌الله منتظری، مقام‌های قضایی حاضر در جلسه را مسئول این اعدام‌ها و «جنایتکار» می‌خواند.
Your browser doesn’t support HTML5
انتقادهای صریح آیت‌الله منتظری از روند اعدام‌های ۶۷ در دیدار با مسئولان قضایی
او می گوید: «به نظر من بزرگترین جنایتی که از اول انقلاب تا حالا در جمهوری اسلامی شده است و در تاریخ ما را محکوم می کنند، این کاری است که به دست شما چهره‌های خوب و متدین در دستگاه قضایی انجام شده است. و شما را در آینده جزء جنایتکاران تاریخ می‌نویسند».
آیت‌الله منتظری، عبدالکریم موسوی اردبیلی، رییس وقت قوه قضائیه ایران را نیز موافق این اعدام‌ها می‌داند و از عملکرد او در زمینه اعدام‌های سال ۶۷ انتقاد می‌کند.
وی در این زمینه می‌گوید: «و متاسفانه بدبختی ما این است که در راس دستگاه قضایی ما شخصی قرار گرفته که خودش با این چیزها مخالف است، وی می‌آید آن جور شعار می‌دهد و وقتی هم که می‌خواهد از امام سوال کند، به جای اینکه بروند پیش امام و بگویند آقا به این وسعت مصلحت نیست و ضرر دارد، می‌نویسد حالا توی استان‌ها اعدام کنیم یا توی شهرستان‌ها؛ این سوال را از امام می‌کنند. این بدبختی ما است که در راس دستگاه قضایی ما، بی‌رودر بایستی، همچین شخصی قرار گرفته است».
آیت‌الله منتظری در این فایل صوتی، از مصطفی پورمحمدی نیز به عنوان یکی دیگر از موافقان این اعدام‌ها نام برده و می‌گوید که «او مسئول اطلاعات در اوین است، اطلاعات نیز بر این اعدام‌ها نظر داشت و روی آن سرمایه‌گذاری کرده بود».
وی، احمد خمینی و برخی از مسئولان وقت هم‌فکر او را متهم کرد به اینکه رضایت آیت‌الله خمینی، بنیانگذار جمهوری اسلامی را برای «اعدام‌های گسترده» سال ۶۷ جلب کرده بودند.
آیت الله منتظری خطاب به حاضران می‌گوید: «شما با این کار خود دستگاه قضایی را زیر سوال بردید. چندین سال شخص آقای نیری ، و قضات یکی را محکوم کرده به پنج سال یکی را محکوم کرده به شش سال ، یکی ده سال، یکی پانزده سال . اینکه ما بیاییم بدون اینکه فعالیت تازه‌ای باشد اینها را اعدام کنیم معنی‌اش این است که همه ما گه خوردیم، همه دستگاه قضایی ما غلط بود.»
آیت‌الله منتظری در ادامه، به نامه‌های خود به آیت‌الله خمینی در رابطه با اعدام‌های سال ۶۷ اشاره می‌کند و می‌گوید «بعدها چه جوابی به این خانواده‌ها بدهیم؟»
پس از انتقادهای آیت‌الله منتظری، مصطفی پورمحمدی عضو هیات چهار نفره سعی در توجیه روند اعدام‌ها می‌کند اما صحبت‌های او بارها با اعتراض آقای منتظری قطع می‌شود.
پیشتر، نظرات، مصاحبه‌ها و تحلیل‌های آیت‌الله منتظری درباره اعدام‌های دهه ۶۰ منتشر شده بود، اما سخنان او با مقام‌های قضایی وقت جمهوری اسلامی و جزئیات دیدگاه او در این‌باره، برای نخستین بار در قالب یک فایل صوتی منتشر شده است.
وب‌سایت آیت‌الله منتظری در این‌باره نوشته است از آنجا که دانستن حق مردم است، این فایل صوتی با «امانتداری و بدون هیچ ویرایشی» برای اولین بار منتشر می‌شود.
از دیگر مقام‌های جمهوری اسلامی ایران در زمان اعدام‌های سال ۶۷، می‌توان به علی خامنه‌ای رییس‌جمهوری، میرحسین موسوی نخست‌وزیر، اکبر هاشمی رفسنجانی رییس مجلس شورای اسلامی، محمد محمدی ری‌شهری وزیر اطلاعات، و محمد موسوی خوئینی‌ها دادستان کل ایران اشاره کرد.
شمار زیادی از زندانیان سیاسی- عقیدتی طی ماه‌های مرداد و شهریور سال ۱۳۶۷ در زندان‌های ایران اعدام شدند.
بر سر شمار اعدام‌شدگان تابستان سال ۶۷ مناقشه جدی وجود دارد و تاکنون رقم مشخصی از قربانیان تابستان این سال اعلام نشده است.
آیت‌الله منتظری در خاطرات خود، شمار این اعدام‌ها را ۲۸۰۰ تا ۳۸۰۰ نفر برآورد کرده است. مدافعان حقوق بشری این رقم را نزدیک به پنج هزار نفر اعلام کرده‌اند.
دست‌خطی که اولین بار در خاطرات آیت‌الله منتظری بازتاب یافت، نشان می‌دهد که دستور اعدام‌ها را آیت‌الله خمینی صادر کرده بود.
این زندانیان که عمدتاً اعضای سازمان مجاهدین خلق یا اعضای گروه‌های چپ و کمونیست بودند، پس از اعدام، عمدتاً در گورهای ناشناسی در گورستان خاوران در جنوب شرق تهران به خاک سپرده شدند.
آیت‌الله حسینعلی منتظری با نوشتن نامه‌ای به آیت‌الله خمینی به این موضوع اعتراض کرد و همین اعتراض باعث شد تا از سمت خود به عنوان قائم مقام وقت رهبر جمهوری اسلامی برکنار شود.
مسئولان رسمی جمهوری اسلامی ایران تاکنون پاسخ روشنی به ابهامات پیرامون این اتفاق نداده و مسوولیت آن را بر عهده نگرفته‌اند.
زندانیان سیاسی ایران در دهه شصت، از مصطفی پورمحمدی به عنوان یکی از اعضای اصلی کمیته اعدام‌ها در تابستان ۱۳۶۷ نام می‌برند. مصطفی پورمحمدی، هم اکنون وزیر دادگستری دولت حسن روحانی است.
در مورد اعدام‌های سال ۱۳۶۷ دادگاهی در سال ۱۳۹۱ با حضور خانواده‌های قربانیان، شاهدان و قضات بین‌المللی در کاخ صلح در لاهه هلند برپا شد و قضات بین‌المللی این دادگاه در آبان همان سال، پس از دو جلسه دادگاه، رخدادهای سال ۶۷ در ایران را «جنایت علیه بشریت» نامیدند.