رهبر جمهوری اسلامی خواستار آن شد که حوزه علمیه قم همچنان یک «حوزه انقلابی و مهد انقلاب» باقی بماند و گفت که «اکنون انگیزه‌ها و طرح‌هایی برای «انقلاب‌زدایی» از حوزه علمیه وجود دارد.»
به گزارش خبرگزاری تسنیم، آیت الله علی خامنه‌ای روز سه‌شنبه ۲۵ اسفند، در دیدار تعدادی از روحانیون با او تأکید کرد که «باید از هرگونه تلاشی برای «انقلاب‌زدایی» از حوزه‌های علمیه احساس خطر کرد.»
او تأکید کرد: «اگر حوزه علمیه انقلابی نماند، «نظام» جمهوری اسلامی «در خطر انحراف از انقلاب قرار خواهد گرفت».
وی اضافه کرد: «گاه به‌صراحت با اصل انقلاب مخالفت می‌شود اما گاهی غیرمستقیم با مبانی و مبادی اعتقادی انقلاب مخالفت می‌شود که باید در این زمینه حساس بود و تأکید مکرر بر ضرورت هوشیاری در مقابلِ استکبار و آمریکا به همین علت است».
آقای خامنه‌ای از دانشگاه و حوزه علمیه به عنوان دو «جریان تأثیرگذار در شکل‌گیری و پیروزی» انقلاب اسلامی نام برد و درعین حال گفت که «مبارزات دانشجویی به‌دلیل دامنه محدود تأثیرگذاری آن هیچ‌گاه به یک تحول و انقلاب در کشور منتهی نشد».
وی تأکید کرد که اگر مبارزات دانشجویی «بدون حضور مبارزات روحانیت بود، قطعاً به همان محیط دانشگاه محدود می‌شد و به اتمام می‌رسید».
آقای خامنه‌ای در سال ۸۹ نیز در سفری به شهر قم بدون بر زبان آوردن نامی، از کسانی که به گفته او به نام استقلال در پی قطع کردن رابطه حوزه و نظام جمهوری اسلامی هستند انتقاد کرده بود.
با این حال حسن روحانی، رئیس جمهوری ایران، روز چهارشنبه ۶ اسفند، ضمن تأکید بر استقلال حوزه‌های علمیه از حکومت گفته بود که دولت او انتظار ندارد حوزه‌های علمیه «دولتی» شوند و «در هر مسئله‌ای به حمایت از دولت بپردازند».
پس از انقلاب سال ۵۷، حکومت ایران و اکثر مراجع تقلید و حوزه‌های علمیه روابطی بسیار نزدیک داشته‌اند.
در عین حال در سال‌های گذشته دخالت حکومت جمهوری اسلامی در امور حوزه‌های علمیه موجب انتقاد برخی از مراجع تقلید منتقد حکومت نیز شده‌است.
در همین حال پس از پیروزی حسن روحانی در انتخابات ریاست جمهوری، آیت‌الله بیات زنجانی، از مراجع تقلید قم، در پیامی ابراز امیدواری کرده بود که دولت آقای روحانی «حافظ استقلال حوزه، به ویژه نهاد مرجعیت، از روزمرگی قدرت و سیاست باشد».