علی مطهری، نماینده تهران در مجلس شورای اسلامی، در پاسخ به یادداشت روزنامه رسالت در مورد «محاکمه و اعدام» نامزدهای معترض انتخابات ۸۸ در جوابیه‌ای نوشت که «مسئولیت قربانیان حوادث سال ۸۸ صرفاً متوجه دو کاندیدای معترض نیست و طرف مقابل نیز به دلیل سوء مدیریت بحران و رفتار خشونت‌آمیز، مسئولیت دارد.»
به گزارش خبرگزاری ایسنا، علی مطهری، روز چهارشنبه ۱۸ تیر در پاسخ به سرمقاله روزنامه رسالت نوشت: «اگر در همان ابتدا به معترضان اجازه صحبت کردن داده می‌شد و چند اگر دیگر، در این صورت آیا اساساً فتنه‌ای به این وسعت پدید می‌آمد تا امروز شما اصرار بر محارب و باغی بودن آنها داشته باشید؟»
«فتنه» در ادبیات رسمی جمهوری اسلامی به وقایع اعتراضی پس از انتخابات ریاست جمهوری سال ۱۳۸۸ اطلاق می‌شود.
علی مطهری، پیش از این بارها نسبت به نحوه رفتار با معترضان انتخابات ریاست جمهوری سال ۱۳۸۸ و حصر میرحسین موسوی و مهدی کروبی اعتراض کرده بود.
در واکنش به این نظرات آقای مطهری، روزنامه رسالت دهم تیر ماه در سرمقاله خود نوشت: «محاکمه سران فتنه، قطعی است، حکم آنها اعدام است، و سران فتنه باغی هستند.»
آقای مطهری روز ۱۱ تیر ماه نیز در جوابیه‌ای خطاب به روزنامه رسالت نوشته بود: «تا زمانی که نخواهیم به اشتباهات خود در آن ماجرا اعتراف کنیم و... از محاکمه متهمان وحشت داشته باشیم، این ماجرا به نقطه پایان خود نخواهد رسید.»
پس از آن، روزنامه رسالت در ۱۵ تیر ماه در پاسخی دوباره به علی مطهری نوشته بود: «آقای مطهری باید معنای نقد و انتقاد و نیز مفهوم بغی و محاربه را درک کند و الا جای دوست و دشمن را عوضی می‌بیند.»
علی مطهری نیز در جوابیه جدید خود نوشته‌است: «آنچه پس از انتخابات سال ۸۸ اتفاق افتاد ابتدا یک اعتراض مدنی به نتیجه انتخابات بود ولی از آنجا که سرمقاله‌نویس محترم روزنامه رسالت و دوستان‌شان اساسا اعتراض مدنی را در جمهوری اسلامی به رسمیت نمی‌شناسند، با نوع برخوردی که با آن اعتراض شد فتنه‌ای رقم زده شد. بنابراین اصرار ایشان بر محارب و باغی بودن دو کاندیدای معترض، مسموع نیست.»
علی مطهری در ادامه جوابیه خود با بیان اینکه پیوستن سفارتخانه‌های خارجی به حرکت‌های اعتراضی مدنی، یک امر طبیعی است افزود: «آنها از هر فرصتی می‌خواهند برای براندازی نظام جمهوری اسلامی استفاده کنند. بنابراین اقدامات آن گروه‌ها را نباید صرفاً به پای معترضان اولیه نوشت.»
وی اضافه کرد: «رهبران این‌گونه حرکت‌ها باید هرچه زودتر راه و شعارهای خود را از راه و شعارهای گروه‌های معاند جدا کنند؛ کاری که آقایان موسوی و کروبی در آن موفق نبودند و البته محدودیت‌های رسانه‌ای و تبلیغات طرف مقابل هم در آن مؤثر بود.»
زهرا رهنورد، میرحسین موسوی و مهدی کروبی، چهار سال است که در خانه خود زندانی‌اند، بی آنکه در دادگاهی محکوم شده باشند.
این سه تن به همراه فاطمه کروبی همسر مهدی کروبی، پس از ادامه اعتراض‌ها به نتیجه انتخابات بحث‌برانگیز سال ۸۸ در بهمن ماه ۱۳۸۹ حبس خانگی شدند، اما پس از مدتی فاطمه کروبی به دلیل نیاز به فوریت پزشکی از حصر خارج شد.
به دنبال انتشار برخی سخنان به نقل از آیت‌الله خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی، درباره ضرورت ادامه حصر میرحسین موسوی، مهدی کروبی و زهرا رهنورد، روز شانزدهم تیرماه چهار نواندیش دینی در نامه‌ای به رهبر جمهوری اسلامی نوشتند که حصر غیر قانونی منتقدان در حکم انحلال قانون اساسی است.