مجلس خبرگان رهبری با دفاع از اعدام دسته‌جمعی زندانیان سیاسی و عقیدتی در سال ۱۳۶۷ از آنچه «تصمیم تاریخی و انقلابی حضرت امام خمینی در برخورد جدی و بدون مسامحه با منافقین و محاکمه عادلانه سران و برخی اعضای گروهک منافقین» خوانده، تمجید کرده است.
در بیانیه‌ای که دبیرخانه مجلس خبرگان رهبری، یکشنبه هفتم شهریور در وبسایت خود منتشر کرده، آمده که فایل صوتی جلسه آیت‌الله حسینعلی منتظری با اعضای هیئتی که درباره آن اعدام‌ها تصمیم می‌گرفت، توسط «سرسپردگان به گروهک منافقین» منتشر شده است.
در ادبیات رسمی جمهوری اسلامی، از اعضا و هواداران سازمان مجاهدین خلق ایران به عنوان «منافق» نام برده می‌شود؛ بیشتر اعدامیان سال ۶۷ اعضا و هواداران این سازمان بودند.
بیانیه خبرگان هم‌چنین می‌افزاید که انتشار این فایل صوتی «با اهداف شومی صورت پذیرفته» و این بیانیه در این رابطه، آمریکا را متهم کرده که «هر از گاهی با بهانه‌های گوناگون به تحریک ایادی و مزدوران خودفروخته دست می‌زند.»
احمد منتظری، پسر آیت‌الله منتظری، فایل صوتی جلسه پدرش با اعضای آن هیئت را منتشر کرده است.
در این جلسه که تاریخ آن به تابستان سال ۶۷ باز می‌گردد، آیت‌الله منتظری که در آن هنگام، قائم‌مقام روح‌الله خمینی، رهبر جمهوری اسلامی بود، به حسینعلی نیری، مرتضی اشراقی، مصطفی پورمحمدی و ابراهیم رئیسی می‌گوید که اعدام زندانیان سیاسی و عقیدتی «هیچ توجیه قانونی و دینی» ندارد.
اعدام چند هزار زندانی سیاسی و عقیدتی در سال ۱۳۶۷ انجام شد.
آیت‌الله منتظری اگرچه در خاطرات خود به تفصیل درباره آن اعدام‌ها نوشته است اما انتشار فایل صوتی این جلسه با واکنش‌های گسترده‌ای درون حکومت جمهوری اسلامی و در رسانه‌ها روبرو شده است.
مجلس خبرگان رهبری نیز این اقدام را «آب ریختن به آسیاب دشمنان» توصیف کرده و گفته است: «نوار صوتی منتسب به آقای منتظری با تحلیل‌های گوناگون دست به دست می‌شود که مشحون به اغلاط و تحریف‌ها و نبش قبری چالش‌برانگیز پس از شکست منافقین خائن در عملیات مرصاد است».
مجلس خبرگان رهبری در بیانیه خود اذعان کرده است که آیت‌الله خمینی «در آن برهه حساس، با آن تصمیم به‌موقع، چشم فتنه را کور نموده و فرصت خودنمایی و فتنه‌گری گروهکی که دستش تا مرفق، آغشته به خون این ملت مظلوم و زجرکشیده است را سلب کردند».
در روزهای اخیر تعداد زیادی از مسئولان ارشد گذشته و حال جمهوری اسلامی، از اعدام‌های سال ۶۷ به صراحت یا تلویحی دفاع کرده‌اند.
اکبر هاشمی رفسنجانی، رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام که در هنگام اعدام‌ها رئیس مجلس شورای اسلامی بود، محمد محمدی ریشهری، وزیر وقت اطلاعات، مجید انصاری، معاون حقوقی رئیس جمهور که در تابستان ۶۷ رئیس سازمان زندان‌ها بود، غلامحسین دری نجف‌آبادی، وزیر پیشین اطلاعات، حسن خمینی، نوه آیت‌الله خمینی و صادق آملی لاریجانی، رئیس قوه قضائیه از جمله این افراد و مقام‌ها بودند.
اما علی مطهری، نایب رئیس مجلس شورای اسلامی، خواستار توضیح و «عذرخواهی» آمران ان اعدام‌ها شده است.
سازمان مجاهدین خلق هم با اشاره به این فایل صوتی، یک بار دیگر خواستار «محاکمه» سران جمهوری اسلامی به جرم «جنایت علیه بشریت» شده است.