پنج سال بعد از مرگ پدرش دوام آورد و چهار روز پس از انتشار آخرين مصاحبه به شدت انتقادی‌اش؛ احمد خمينی ۲۵ اسفند ۲۰ سال پيش درگذشت. علت رسمی مرگ ناگهانی او، سکته قلبی و مغزی اعلام شد هرچند شايعات و ابهامات درباره مرگ دومين پسر نخستين رهبر جمهوری اسلامی هرگز پايان نيافت.
احمد خمينی در نوجوانی و جوانی به علی شريعتی و ورزش علاقه زيادی داشت؛ به ويژه کشتی و فوتبال. علی پروين تعریف کرده که چگونه او در قامت جوانی فوتبال دوست، چند بار بر سر تمرين تيم پرسپوليس در سال‌های ۴۷ و ۴۸ حاضر شد.
نزديکانش گفته‌اند که علاقه خاصی هم به حرکات ژیمناستیک داشت و یک بار کم مانده بود به علت آفتاب بالانس زدن روی لبه بام ساختمانی در جنوب لبنان به زمين سقوط کند اما مصطفی چمران نجاتش می‌دهد.
احمد خمينی دوران تبعيد پدرش را بيشتر در قم و لبنان گذراند. او گهگاه نيز برای ديدار با والدينش به عراق می‌رفت. گذرنامه و مجوز سفر او با وساطت امير عباس هويدا صادر شده بود.
سفرهای متعدد و گاه طولانی مدت احمد خمينی به لبنان با هدف ديدار با اعضای خاندان صدر که خانواده همسرش بودند انجام می‌شد. اما در اوج جنبش‌های چريکی اعراب عليه اسرائيل، آن سفرها فرصتی مناسب برای آموزش ابتدایی فعالیت مسلحانه و چگونگی کار با اسلحه نيز بود.
اما آبان ۱۳۵۶ که برادر بزرگتر در می‌گذرد، نقش و جايگاه احمد خمينی هم تغيير می‌کند. او به طور دائم در نجف مستقر و جانشين مصطفی خمينی در اداره دفتر و دستگاه پدرش می‌شود؛ مسئوليتی که تا آخر عمر روح‌الله خمينی بر عهده‌اش باقی می‌ماند.
محمد صدر گفته که اگر وجهه حوزوی و فقهی مصطفی خمينی بر وجهه سياسی و عملی‌اش می‌چربيد، اين نسبت در احمد خمينی کاملا برعکس بود. برادر کوچکتر بر خلاف برادر بزرگتر، عملگرا و سياستمدار بود.
پیشکاری امین و زیرک
روح‌الله خمينی از نجف در عراق به نوفل لوشاتو در فرانسه می‌رود؛ در چند کيلومتری پاريس، مرکز رسانه‌ای آن هنگام دنيا. احمد نيز با او همراه است. اين سفری است که آيت‌الله خمينی را از يک مرجع تقليد شيعه به رهبر نظام حکومتی جديد ايران تبديل می‌کند و تنها پسرش را به رئيس دفتر رهبر جمهوری اسلامی.
احمد منتظری، فرزند حسينعلی منتظری، تنها قائم مقام رهبری در جمهوری اسلامی و مرجع تقليد شيعه به رادیو فردا می‌گويد که اين يک سنت قديمی در بيوت مراجع تقليد است که پسر يا داماد آنها، مسئوليت اداره دفتر را بر عهده می‌گيرد: «کسانی که با مرحوم حاج احمد آقای خمينی حشر و نشر بيشتری داشتند می‌گفتند که فرد بسيار باهوش و زيرکی است و افراد و گروه‌ها را می‌شناسد. اما چيزی که در ايشان به شکل افراطی ديده می‌شد، علاقه به پدرشان بود. به گونه‌ای که اولين مسئله برايش اين بود که آن آبرومندی و قداستی که در بين مردم هست، حفظ بشود و اينجور نباشد که {به نظر بيايد} آقای خمينی يک اشتباه کرده‌اند.»
محسن سازگارا از انقلابيون آن روزهاست که در نوفل لوشاتو حاضر بود.
او در گفت‌وگو با رادیو فردا می‌گويد که احمد خمينی نقشی بيش از پيشکاری امين برای پدر خود، نداشت: «من اولين باری که ايشان را ديدم در نوفل لوشاتو بود، فرانسه، که همراه آقای خمينی آمده بود و بيشتر به خصوص وقتی آقای خمينی منتقل شده بود به ساختمان روبروی آن باغ سيب و آنجا با خانواده‌شون زندگی می‌کردند، ايشان بيشتر رابط بود و پيام‌های آقای خمينی را يا صحبتی که بود می‌آورد و می‌برد. من خودم قضاوتی که آن مقطع به شخصيت ايشان داشتم، خيلی جدی و عميق نمی‌ديدم‌اش. نه در بحث‌های سياسی نه در بحث‌های مذهبی و بيشتر می‌شود گفت که مثل يک پيشکار امين و نزديک به آقای خمينی نقش بازی می‌کرد. وگرنه دست‌کم من نديدم جايی حرف جدی، استراتژيک و تعيين‌کننده‌ای داشته باشد.»
اطرافيان تاثيرگذار آيت‌الله خمينی در نوفل لوشاتو را بيشتر نيروهای موسوم به ملی – مذهبی تشکيل می‌دادند. ابراهيم يزدی، ابوالحسن بنی‌صدر و صادق قطب‌زاده، مشاورانی بودند که از طرف رهبر آينده ايران با رسانه‌ها و ماموران دولت‌های غربی ارتباط می‌گرفتند و مذاکره می‌کردند.
احمد خمينی با اين افراد رابطه نزديکی داشت.
عليرضا نوری‌زاده، روزنامه‌نگاری که از نزديک شاهد وقايع سال‌های نخست جمهوری اسلامی بود می‌گويد که پسر رهبر نخست جمهوری اسلامی، پس از انقلاب هم بيشتر با طيف روشنفکران ملی مذهبی و مجاهدين خلق در ارتباط بود.
آقای نوری‌زاده به رادیو فردا می‌گويد: «احمد خمينی اصولا يک روحيه جوان و معتقد به گروه‌های ملی و مجموعه‌هايی که راحت بگويم عمامه به سرشان نبود، داشت. زياد از عمامه به سرها خوشنود نبود. انتقادهای وسيعی می‌کرد. به عنوان نمونه روزی که به اتفاق ايشان به مدرسه رفاه رفتيم و زندانيان را ديديم، ايشان بسيار به مرحوم جعفريان، معاون راديو تلويزيون احترام گذاشت. همينطور با مرحوم هويدا بسيار دوستانه صحبت کرد و گفت من محبت شما را يادم نمی‌رود که به من کرديد و من پدرم را ديدم. ايشان واقعا شگفت‌زده شد وقتی ديد به راحتی همه اينها را اعدام کردند و می‌گفت اينها می‌خواهند همه را از پيش پا بردارند.»
در کنار مسعود رجوی؛ حامی اشغال سفارت
در مراسم چهلمين روز درگذشت محمود طالقانی، احمد خمينی در کنار مسعود رجوی قرار می‌گيرد، سخنرانی می‌کند و به شدت می‌گريد. مسعود رجوی او را در آغوش می‌کشد.
چند هفته بعد، اگرچه خودش را از برنامه‌ريزی برای اشغال سفارت آمريکا بی‌اطلاع نشان می‌دهد اما با حضور در سفارت اشغال شده، از کار دانشجويان مسلمان پيرو خط امام دفاع می‌کند.
او در عين حال می‌گويد که «اين اقدام اشغال سفارت آمريکا محسوب نمی‌گردد بلکه جوانان دلير ما لانه جاسوسی راتصرف کرده اند تا اشغالگران را بيرون برانند.»
ابوالحسن بنی‌صدر که به عنوان نخستين رئيس جمهور ايران انتخاب شد، در تلاش برای رو کردن برگی عليه مخالفان خود در حزب جمهوری اسلامی، از روح‌الله خمينی می‌خواهد که با نخست وزيری احمد خمينی موافقت کند.
پاسخ رهبر وقت جمهوری اسلامی به اين درخواست آقای بنی صدر منفی بود.
عليرضا نوری‌زاده با اشاره به روابط نزديک احمد خمينی با ابوالحسن بنی‌صدر می‌گويد: «هم ايشان و هم حسين خمينی، برادرزاده ايشان، با آقای بنی‌صدر روابط نزديکی داشتند. با گروه‌های ملی، با برخی چهره‌های شاخص جبهه ملی، با نهضت آزادی ايشان روابط خيلی خوبی داشت. با مرحوم بازرگان، با مرحوم دکتر سحابی و نمونه‌های اينها. بدين ترتيب آقای احمد خمينی می‌توانست يک واسطه‌ای باشد بين رهبری انقلاب، پدرش، با گروه غير عمامه‌ای يا فکلی‌های انقلاب.»
به گفته آقای نوری‌زاده، آيت‌الله خمينی در اوايل انقلاب با به دست گرفتن مسئوليت‌های اجرايی توسط روحانيون مخالف بود و به همين دليل با نخست وزيری پسرش نيز مخالفت می‌کند.
حامی اصلی اسدالله لاجوردی
با اينکه عليرضا نوری‌زاده از مخالفت احمد خمينی با اعدام‌های اوايل انقلاب می‌گويد اما طولی نمی‌کشد که او به حامی اصلی اسدالله لاجوردی، دادستان مشهور انقلاب در آن سال‌ها و رئيس زندان اوين تبديل می‌شود.
روح‌الله خمينی به صراحت گفته که در شکايت‌هايی که از آقای لاجوردی می‌شد، هيچ کس به اندازه پسرش از دادستان سابق دفاع نمی‌کرد و «وجود او را برای زندان اوين لازم و برکناری او را فاجعه می‌دانست.»
احمد خمينی همچنين از طرف آيت‌الله منتظری و بسياری ديگر متهم است که از عوامل اعدام گسترده زندانيان سياسی در سال ۱۳۶۷ است.
آقای منتظری در خاطرات خود گفته که نامه دستور اعدام زندانيان به خط پسر روح‌الله خمينی بوده نه خود او؛ ادعای مشابهی نيز درباره نامه ممنوعيت فعاليت نهضت آزادی، عليه او منتشر شده است.
آن نامه بعد از مرگ آيت‌الله خمينی منتشر شد در حالی که ظاهرا به خط پسرش بود و در آن به وزير کشور وقت دستور داده شده بود که فعاليت نهضت آزادی را ممنوع کند.
احمد خمينی بعدها و در نامه‌ای به عمويش اين اتهام را تکذيب کرد و گفت که اين نامه را پدرش اما هنگام قدم زدن نوشته بود.
اما او هرگز درباره نامه‌ای که درباره محاکمه و اعدام زندانيان سياسی در سال ۶۷ نوشته شده، توضيح مشابهی نداد.
احمد منتظری می‌گوید که مخالفت آیت‌الله منتظری با قدسی سازی از افراد و شخصیت‌ها، زمینه ساز دشمنی احمد خمینی با او بود.
آقای منتظری می‌افزاید که پدرش «با روشی که برخی و از جمله احمد خمینی در رابطه با قدسی سازی از آیت‌الله خمینی پیش گرفته بودند، به شدت مخالف بود معتقد بود که هیچکس معصوم و مصون از انتقاد نیست. این انتقادها ادامه داشت تا به نقطه اوج خود در اعدام‌های سال ۶۷ رسید. آیت‌الله منتظری به هیچ عنوان نتوانست تحمل کند که بخواهند چند هزار نفر را که در حال گذراندن حکم زندان خود هستند، بدون مجوز شرعی اعدام کنند. احمد خمینی این مسائل را تاب نمی‌آورد.»
مجموعه‌ای از تضادها
اما عليرضا نوری‌زاده می‌گويد احمد خمينی که «در اوايل انقلاب از مجاهدين خلق حمايت می‌کرد، انتظار نداشت که آنها به اين شکل اسلحه بردارند و به جان نظام بيفتند»: «طبيعتا در آن فضايی که ايجاد شده بود از پسر آقای خمينی نمی‌شد انتظار داشت که با اعدام‌ها مخالفت کند. حتی آقای منتظری که در سال ۶۷ با اعدام‌ها مخالفت کرد، در سال ۶۰ يا در اوايل سال ۶۷ ايشان هم به آقای رئيسی و ديگران توصيه می‌کرد، با آنهايی که اسلحه به دست دستگير کرديد برخورد خشونت‌بار کنيد. می‌خواهم بگويم که تصفيه مخالفان به خصوص مخالفان مسلح عموميت داشت.»
با وجود اين توضيحات، آقای نوری‌زاده می‌گويد که احمد خمينی «مجموعه غريبی از تضادها» بود: «همين آقای احمد خمينی در برهه‌هايی از لاجوردی حمايت کرد ولی در برابر خلخالی ايستاد. اما به طور کلی روحيه احمد خمينی بر خلاف روحيه پدرش بود. برای آقای خمينی کشتن خيلی راحت بود.»
بر خلاف عليرضا نوری‌زاده، محسن سازگارا معتقد است که احمد خمينی «جاده صاف کن جنايت‌های» اسدالله لاجوردی به خصوص عليه مجاهدين خلق بود و در اين راه به ناگهان تمام سابقه خود با مجاهدين را فراموش کرد.
آقای سازگارا که معاون سياسی محمدعلی رجايی، رئيس جمهور اسبق ايران بود، به جلسه‌ای اشاره می‌کند که در دفتر آيت‌الله محمد بهشتی برگزار شده و او به عنوان نماينده دولت در آن شرکت کرده بود.
به گفته محسن سازگارا، در اواسط جلسه تلفن سياسی دفتر آقای بهشتی زنگ می‌خورد و پس از آنکه رئيس وقت ديوان عالی کشور به آن جواب می‌دهد، می‌گويد که آنسوی خط احمد خمينی بود و به نقل از پدرش دستوراتی درباره سرکوب مجاهدين خلق داد.
زمینه‌سازی احمد خمینی برای رهبری خود
تاثير ماجرای اعدام زندانيان سياسی در سال ۶۷ که اکثر آنها از اعضای سازمان مجاهدين خلق بودند، بر فضای سياسی ايران بسيار عميق بود. با بالا گرفتن اختلافات ميان رهبر وقت جمهوری اسلامی و قائم مقامش، روح‌الله خمينی در نخستين روزهای سال ۱۳۶۸ حکم برکناری حسينعلی منتظری از جانشینی خود را صادر می‌کند.
در حالی که عليرضا نوری‌زاده، احمد خمينی را «کارگردان» اين ماجرا توصيف می‌کند، محسن سازگارا می‌گويد که هدف پسر رهبر آن هنگام، محکم کردن جای خود به عنوان رهبر آينده پس از درگذشت پدرش بود: «در سال‌های ۶۶ و ۶۷ بنده و خيلی‌های ديگر مثل من نمی‌دانستيم که آقای خمينی سرطان دارد ولی احمد آقا می‌دانست و به نظر من به سرعت داشت برای خودش بساط رهبری درست می‌کرد، اميدوار بود که مهره‌چينی کند و رقبا را از ميدان به در کند تا بعد از پدرش قدرت در بيت او بماند و شايد خودش هم رهبر بشود. يا دست‌کم شورای رهبری باشد که او هم در آن باشد. مثلا عبدالله نوری را به عنوان نماينده امام به سپاه فرستاد، جاهای ديگر هم همينطور. پای همين کار هم آقای منتظری را زدند و هم کشتار زندانيان سياسی در سال ۶۷ را خلق کردند.»
اما اگر احمد خمينی تا اين اندازه به دنبال جانشينی پدرش بود، چرا بلافاصله پس از انتخاب علی خامنه‌ای به عنوان دومين رهبر جمهوری اسلامی، قاطعانه از او حمايت می‌کند و لااقل در ظاهر بسيار راحت تسليم اين مسئله می‌شود.
محسن سازگارا می‌گويد اين مسئله دو دليل دارد: «اول اينکه آقای خمينی از نظر نقشه پسرش زود مرد. شايد اگر دو سال ديگر زنده می‌ماند، احمد به قدر کافی جای پايش را محکم کرده بود و آدم‌های خود را در جاهای مختلف چيده بود. بنابراين زوری نداشت و وقتی هم فهميد شورايی شدن رهبری رای نمی‌آورد، {بازی} عوض شد. نکته ديگر به شخصيت ايشان برمی‌گردد که در طول ۱۰ سالی که بعد از پيروزی انقلاب در مرکز حوادث قرار گرفت، به علت آنکه انسان محکم، خودساخته و آبديده‌ای نبود، خيلی زود در کوران حوادث سياسی می‌چرخيد. در واقع به وجهه شخصيتی ايشان می‌خورد که بعد از اينکه ديد خامنه‌ای رهبر شده و دستش ديگر به جايی بند نيست، بچرخد و آنطور خاضعانه از رهبری او دفاع کند.»
پس از رهبری خامنه‌ای
احمد خمينی پس از مرگ پدرش و در جلسه مجلس خبرگان رهبری برای انتخاب جانشين او، خاطره‌ای از روح‌الله خمينی نقل می کند که از نظر مثبت رهبر نخست به جانشينی علی خامنه‌ای حکايت داشت.
خاطره مشابه ديگری نيز توسط اکبر هاشمی رفسنجانی بيان می‌شود و در نهايت، حجت‌الاسلام خامنه‌ای هم به رهبری می‌رسد و هم عنوان آيت‌اللهی را به دست می‌آورد.
احمد خمينی قاطعانه از اين انتخاب حمايت و پشتيبانی خود و خانواده روح‌الله خمينی از رهبر جديد را اعلام می‌کند. آيت‌الله خامنه‌ای نيز با نام بردن از او به عنوان «يادگار امام»، حفظ احترام احمد خمينی را واجب می‌داند و او را به عنوان عضو شورای عالی امنيت ملی، مجمع تشخيص مصلحت نظام و شورای عالی انقلاب فرهنگی منصوب می‌کند.
اما جايگاه احمد خمينی در جمهوری اسلامی پس از مرگ پدرش، هرگز مانند قبل نشد.
هاشمی رفسنجانی در خاطرات خود از ۱۹ خرداد ۱۳۶۹ نقل می‌کند که چگونه رهبر جديد به دو خواسته پسر رهبر سابق بی‌توجهی می‌کند: «شب با احمدآقا مهمان رهبری بوديم، تصميمات شورای امنيت مطرح شد و به تصويب رهبری رسيد، احمدآقا تقاضای گرفتن بخشی از پادگان نيروی دريايی برای مقبره امام را داشت که رهبری به آينده موکول کردند، همچنين احمدآقا پيشنهاد کرد نماز جمعه تهران در مرقد امام اقامه شود که جز در مناسبت‌های خاص، پذيرفته نشد.»
احمد خمينی بعد از مدتی به جايی پرت در بيابان‌های مابين تهران و قم می‌رود و به کشاورزی و باغداری مشغول می‌شود. آنجا «دشت احمد» نام می‌گيرد.
آغاز انتقادات علنی
پس از مدتی، انتقادات تند و علنی احمد خمينی از شرايط کشور آغاز می‌شود.
او با مسئولان وزارت اطلاعات ديدار و از اينکه «امروز هم خون مستضعفين را سرمايه داران بزرگ و کوچک می‌مکند» ابراز تاسف می‌کند؛ از اينکه «يک عده سرمايه‌دار زالوصفت به اين بهانه که اقتصاد دولتی مضر است، به حال خود رها شده و به جان اين ملت افتاده‌اند».
انتقادات احمد خمينی به وزارت اطلاعات و شخص هاشمی رفسنجانی که حالا رئيس جمهور است هم افزايش می‌يابد: «اين جوی که الان درست کرده‌اند و مردم را از دستگاه اطلاعات می‌ترسانند به مصلحت انقلاب و نظام نيست. نبايد اين جو باشد. چرا مطبوعات و نمايندگان مجلس بعد از موضع رئيس محترم جمهوری جرئت پيدا می‌کنند و حرف دلشان را بيان می‌کنند؟ همين حرف‌ها را که قبل از سخنرانی رئيس جمهور می‌دانستند، چرا نمی‌گفتند؟».
حالا مسئولان دولتی هم عصبانی شده‌اند.
علی لاريجانی در خاطرات پنجم مهرماه ۱۳۷۳ می‌نويسد: «در اخبار داخلی، موضع‌گيری و انتقاد شديداللحن حجت‌الاسلام آقای حاج سيداحمد خمينی خبر مهمی بود. سخنان ايشان در رسانه‌های داخلی و خارجی انعکاس گسترده‌ای داشت. رسانه‌های خارجی اين سخنان را مخالفت با سياست‌های دولت آقای هاشمی تلقی کرده و روی آن داستان سرايی کرده اند. هرچند ظاهر اين مطالب مخالفت با سياست‌های دولت آقای هاشمی است، ولی نه آن طور که در رسانه‌های خارجی بزرگ شد.»
آقای لاريجانی در خاطرات يک روز بعدش می‌نويسد: «آقای هاشمی قدری گرفته به نظر می‌رسيد. احتمال می‌دهم به دليل نوع موضع‌گيری‌هايی که اين روزها برخی شخصيت‌ها و روزنامه‌ها درباره کارنامه دولت داشته‌اند، خوشحال نيست.»
ادامه جنگ
احمد خمينی در يکی از جنجالی‌ترين موضع‌گيری‌های خود، پدرش را مخالف ادامه جنگ با عراق پس از فتح خرمشهر معرفی می‌کند: «در مقابل مسائل خرمشهر امام معتقد بودند که بهتر است جنگ تمام شود اما بالاخره مسئولان جنگ گفتند که ما بايد تا کنار شط‌العرب {اروند رود} برويم تا بتوانيم غرامت خودمان را از عراق بگيريم.»
در هنگام بازپس‌گيری خرمشهر، علی خامنه‌ای، رئيس جمهور، ميرحسين موسوی، نخست وزير، اکبر هاشمی رفسنجانی، رئيس مجلس، محسن رضايی، فرمانده سپاه، عبدالکريم موسوی اردبيلی، رئيس شورای عالی قضايی و علی‌اکبر ولايتی، وزير امور خارجه بودند.
محسن رضايی گفته که در جلسه‌ای بعد از آزادی خرمشهر، اکبر هاشمی رفسنجانی و سرتيپ قاسم‌علی ظهيرنژاد، رئيس وقت ستاد مشترک ارتش، از ادامه جنگ با هدف دريافت غرامت از عراق دفاع کردند و با حمايت ديگران، آيت‌الله خمينی نيز به اين تصميم رضايت داد.
آخرین مصاحبه
چهار روز قبل از مرگ، آخرين مصاحبه احمد خمينی منتشر می‌شود. در اين گفت‌وگو که با هفته‌نامه اميد انجام شد، او از اينکه «الان داخل شانزدهمين سال از عمر انقلاب اسلامی هستيم و هنوز بعضی از مسئولين، حتی مسئولين نهادهايی که پس از انقلاب تاسيس شده‌اند، مشکلات مديريتی و مسائل خود را به گردن رژيم گذشته می‌اندازند و ندانم‌کاری‌های خود را ناشی از مشکلات بجا مانده از رژيم طاغوت می‌دانند»، به شدت انتقاد می‌کند.
آقای خمينی با انتقاد از «گسترش فساد اداری و رشوه‌خواری در ادارات و موسسات دولتی و اتخاذ تصميمات نابخردانه درباره ذخاير ارزی مملکت»، ريشه اين مشکلات را مسئولان کشور عنوان می‌کند.
او در آن مصاحبه گفت: «بی‌سروصدا ۱۵۰ تومان به قيمت دلار اضافه کردند و کسی هم نفهميد. مگر رئيس کل بانک مرکزی قول نداده بود که قيمت دلار را در حدود ۱۰۰ تومان ثابت نگه می‌دارد، پس چه شد؟ چرا همه مشکلات و نارسايی‌ها را به گردن آمريکا و ديگران می‌اندازيم. آيا اختلاس از بيت‌المال نيز به آمريکا مربوط می‌شود؟».
در همان روزی که اين مصاحبه منتشر می‌شود، احمد خمينی به بيمارستان منتقل می‌شود. او چهار روز بعد فوت می‌کند.
مرگ مشکوک
عمادالدين باقی، نويسنده‌ای که در حوزه قتل‌های زنجيره‌ای در ايران تحقيق می‌کرد، پيش از اين بيان کرده بود که سال‌ها پس از مرگ احمد خمينی، محمد نیازی، رئيس وقت سازمان قضايی نيروهای مسلح، به حسن خمينی، پسر او، گفته بود که سعيد امامی، معاون سابق وزارت اطلاعات، علاوه بر قتل روشنفکران و نويسندگان، به قتل احمد خمينی نيز اعتراف کرده است.
دليل قتل پسر نخستين رهبر جمهوری اسلامی توسط سعيد امامی، اهانت‌های او به آيت‌الله خامنه‌ای و ديگر مسئولان ارشد حکومت در جلسات خصوص عنوان شد.
آقای نيازی، اين سخنان عمادالدين باقی را تکذيب کرد. اما آقای باقی با ارسال نامه‌ای علنی به حسن خمينی از او خواست تا اصالت سخنانش را تاييد کند و فرزند احمد خمينی نيز اين اظهارات را تاييد کرد.
در ۱۰ دی ۱۳۷۷ و همزمان با قتل‌های سياسی در ايران، جمشيد پرتوی، پزشک مخصوص احمد خمينی نيز در منزل‌اش به قتل می‌رسد.
با وجود اين، بسياری از ناظران معتقدند که چون اعترافات سعيد امامی احتمالا زير شکنجه اخذ شده، نمی‌توان به آنها سنديت داد. ضمن اينکه مصطفی خمينی، برادر بزرگتر احمد خمينی نيز در سنی تقريبا مشابه درگذشت و احمد خمينی نيز با چاقی مفرط و بيماری‌های مرتبط درگير بود.
عليرضا نوری‌زاده که کتاب‌های متعددی را درباره قتل‌های زنجيره‌ای در ايران نوشته، می‌گويد که چون مرگ احمد خمينی با قتل روشنفکران و نويسندگان متفاوت بود، می‌توان اعترافات سعيد امامی را در آن موثق دانست: «مسئله اين است که اين جريان اصلا مربوط به قتل‌های زنجيره‌ای نبود. اولا سعيد امامی زياد شکنجه نشد، به جهت اينکه کارهايی که انجام می‌داد تماما با نظر وزير اطلاعات بود، چه علی فلاحيان چه قربانعلی دری نجف‌آبادی. سعيد امامی در بازجويی‌های خود هم می‌گويد که چرا برای اقدامات من از وزير، از علی فلاحيان سوال نمی‌پرسيد؟ من احمد خمينی را به دستور مستقيم ايشان و به فتوای آيت‌الله خوشوقت کشتم. مسئله اعتراف نيست، مسئله اين است که سعيد امامی انتظار دارد بابت خدماتش از او تقدير شود نه بازخواست.»
آقای نوری‌زاده تاکيد می‌کند که احمد خمينی به علت بيماری‌هايی که با آنها درگير بود، داروهای زيادی مصرف می‌کرد که برخی از آن داروها از آلمان و توسط صادق طباطبايی، برادر همسرش، برايش ارسال می‌شد.
به گفته اين روزنامه‌نگار، داروها قبل از رسيدن به احمد خمينی توسط ماموران وزارت اطلاعات و تيم سعيد امامی آلوده می‌شدند و همين داروها بودند که باعث مرگ او شدند.
اسرار زیر خاک
محمدعلی صدوقی، امام جمعه سابق و نماينده ولی فقيه در استان يزد که از نزديکان خانواده آيت الله خمينی بود نيز در مصاحبه‌ای، مرگ احمد خمينی بر اثر يک «توطئه و مسموميت» را رد نکرده است.
او گفته که «علت اين واقعه چه بود، مسموميتی بود، توطئه‌ای بود، طرحی بود، بينی و بين‌الله من به جايی نرسيدم که الان بخواهم قضاوتی روی اين شايعاتی که مثلا ايشان را مسموم کردند و يا گروه‌هايی دست داشتند، داشته باشم. حرف‌های مختلفی است.»
محسن سازگارا اما معتقد است که نمی‌توان با قطعيت درباره نحوه مرگ احمد خمينی قضاوت کرد.
او معتقد است بايد سال‌ها بگذرد تا اسناد و مدارک محرمانه درباره اين حادثه منتشر شود تا بتوان قضاوت قطعی کرد: «شايد يک يا دو دهه بعد، به خصوص اگر جمهوری اسلامی سرنگون شود، راحت‌تر می‌توان قضاوت کرد. اما چيزی که مشخص است اين است که مدتی پس از مرگ آيت‌الله خمينی، پسرش نارضايتی خود را به شکل علنی و خصوصی ابراز می‌کند و تلاش دارد تا زير پای آقای خامنه‌ای را جارو کند.»
در هر صورت مرگ احمد خمينی با گذشت ۲۰ سال از وقوعش همچنان با صفت مشکوک توصيف می‌شود.
هادی غفاری، از روحانيون نزديک به آيت‌الله خمينی که اين روزها دشمنی خود با آيت‌الله خامنه‌ای را پنهان نمی‌کند، از احمد خمينی به عنوان «مخزن بخش عمده‌ای از اسرار امام» نام برده و گفته است: «همان‌طور که امام فرصت نيافتند يا مصلحت ندانستند تا بسياری از آنچه در قلب و جان‌شان بود را بيان کنند و يا شرايط به گونه‌ای نبود که بشود آن را بيان کنند، متاسفانه بخش بسياری از اين اسرار و موقعيت‌های امام و انقلاب را حاج احمد آقا با خود به زير خاک برد.»