رضا نجفی، نماینده ایران در آژانس بین‌المللی انرژی اتمی، تاکید کرد که گزارش نهایی آژانس از ابعاد نظامی احتمالی برنامه هسته‌ای ایران در گذشته، «برخی نقاط منفی دارد که از نظر ما مردود است».
سه روز پس از انتشار این گزارش، آقای نجفی روز شنبه، ۱۴ آذر، به خبرگزاری دانشجویان ایران، ایسنا، گفت که یکی از این نقاط منفی از نظر جمهوری اسلامی گزارش‌ها درباره «انجام برخی مطالعات مرتبط» با تسلیحات اتمی است.
آژانس بین‌المللی انرژی اتمی در گزارش نهایی خود در خصوص این مسئله، رسما عنوان کرد که جمهوری اسلامی دست‌کم تا انتهای سال ۲۰۰۳ میلادی برای ساخت چاشنی انفجاری هسته‌ای تلاش کرده، هرچند این فعالیت‌ها از حد مطالعات امکان‌سنجی و مطالعات علمی فرا‌تر نرفته است.
بر اساس گزارش آژانس، برخی از این فعالیت‌ها تا سال ۲۰۰۹ نیز همچنان ادامه داشته، اما پس از سال ۲۰۰۹ نشانه معتبری از فعالیت مرتبط با ساخت سلاح‌های هسته‌ای در ایران یافت نشده است.
به دنبال انتشار این گزارش، جان کری، وزیر امور خارجه آمریکا، تاکید کرد که «کسی در مورد تلاش‌های نظامی ایران در عرصه فعالیت‌های اتمی گذشته، هیچ گونه تردیدی نداشت»، اما «جلوگیری از تولید سلاح هسته‌ای توسط دولت ایران در آینده، از موضوع ابعاد نظامی ابهام‌آمیز فعالیت‌های اتمی گذشته بسیار مهم‌تر است».
سخنان تازه نماینده ایران در آژانس بین‌المللی انرژی اتمی در حالی بیان شده که او پس از انتشار گزارش آژانس، با ابراز رضایت تلویحی از آن، گفته بود که اکنون «تنها راه» باقی مانده، بستن پرونده ایران در شورای حکام آژانس است.
با این حال آقای نجفی در سخنان تازه خود تاکید می‌کند که «اگرچه گزارش در کل حاکی از عدم انحراف در برنامه هسته‌ای ایران و بطلانی بر همه ادعاهای ١٢ سال گذشته مبنی بر وجود یک برنامه سلاح هسته‌ای در ایران است، ولی حتی برخی ادعا‌ها در همان حد نیز مورد تایید نیستند.»
او همچنین وعده داده است که جمهوری اسلامی «در آینده نزدیک به صورت کتبی ارزیابی جامع خود در مورد گزارش مدیرکل را ارائه خواهد کرد».