حسن روحانی، رئيس جمهوری ايران، با تاکيد بر «ادامه مبارزه دولت با فساد در زمينه بورس‌های غير قانونی» و اشاره به استیضاح و عزل رضا فرجی دانا هشدار داد که «با تغيير يک نفر، مسير دولت عوض نمی‌شود».
آقای روحانی که روز شنبه، اول شهريور، همراه با اعضای هيئت دولت، در محل دفن آيت‌الله خمينی حاضر شده بود، تاکيد کرد: «مبارزه با فساد از جمله برنامه‌های مورد تاکيد دولت در ادامه مسير خود خواهد بود.»
به گزارش خبرگزاری دانشجويان ايران، ايسنا، رئيس جمهوری ايران گفت که «دولت در زمينه مبارزه با فساد از جمله فساد در دانشگاه، مدارک علمی و مبارزه با فساد در زمينه بورسيه‌ها جدی خواهد بود و اين مسير را ادامه خواهد داد.»
حسن روحانی همچنين با اشاره به استيضاح و برکناری رضا فرجی‌دانا، وزير پيشين علوم، تحقيقات و فناوری، گفت: «همه بدانند با تغيير يک نفر، مسير دولت عوض نمی‌شود و اين دولت همان مسير را که مردم و آرای مردم برای آن مشخص کرده‌اند ادامه خواهد داد.»
مجلس شورای اسلامی روز چهارشنبه، ۲۹ مرداد، آقای فرجی دانا را با رای عدم اعتماد خود از وزارت علوم برکنار کرد.
برخی نزديکان دولت و نمايندگان مجلس معتقد بودند که پيگيری موضوع بورس‌های غيرقانونی دانشگاهی که در دولت محمود احمدی‌نژاد به وابستگان اعضا و نزديکان دولت سابق و تعدادی از نمايندگان مجلس اهدا شده، دليل اصلی و پشت پرده استيضاح رضا فرجی دانا است.
اما نمايندگان موافق استيضاح می‌گفتند که «انتصاب فتنه‌گران»، «بازگرداندن دانشجويان و اساتيد محروم به دانشگاه‌ها» و «کاهش رشد علمی کشور» دلايل اصلی استيضاح است.
محمدعلی نجفی، پس از برکناری آقای فرجی‌دانا، توسط رئيس جمهوری ايران به سرپرستی وزارت علوم، تحقيقات و فناوری منصوب شد.
آقای نجفی قرار بود در ابتدای روی کار آمدن دولت يازدهم، به عنوان وزير آموزش و پرورش مشغول به کار شود، اما او نيز در مجلس به «همراهی با فتنه‌گران» متهم شد و با اختلاف يک رای، نتوانست رای اعتماد اکثريت نمايندگان را به دست بياورد.