آیت‌الله علی خامنه‌ای،در جواب نامه حسن روحانی در خصوص سرانجام مذاکرات هسته‌ای و لغو تحریم‌ها، با تاکید بر اینکه «در این معامله هزینه‌های سنگینی پرداخت کرده‌ایم»، اعلام کرد که «اظهارات برخی از سیاستمداران آمریکایی در این دو سه روز کاملا موجب بدگمانی است.»
رهبر جمهوری اسلامی،روز سه‌شنبه ۲۹ دی، به نامه روز دوشنبه حسن روحانی، رئیس جمهور ایران پاسخ داد.
آقای خامنه‌ای در نامه‌اش که حاوی ۵ بند خطاب به حسن روحانی نوشته شده، ضمن تشکر از او، وزیر خارجه و هیات مذاکره کننده، تاکید کرده است: «مراقبت شود که طرف مقابل تعهدات خود را به‌طور کامل انجام دهد، اظهارات برخی از سیاستمداران آمریکایی در این دو سه روز کاملا موجب بدگمانی است.»
آقای خامنه‌ای توضیح بیشتری در مورد سخنان این سیاستمداران نداده است.
در بند دوم این نامه آمده که :« به همه مسئولان دولتی تذکر داده شود که حل مشکلات اقتصادی کشور در گرو تلاش بی‌وقفه و خردمندانه در همه بخش‌ها در جهت اقتصاد مقاومتی است و رفع تحریم‌ها به تنهایی برای گشایش در اقتصاد کشور و معیشت مردم کافی نیست.»
رهبر جمهوری اسلامی در بخش دیگری از نامه‌اش با اشاره به اینکه «در برابر آنچه در این معامله به دست آمده، هزینه‌های سنگینی پرداخت شده»، به حسن روحانی اعلام کرده است: « نوشته‌ها و گفته‌هایی که سعی می‌کنند این حقیقت را نادیده گرفته و خود را ممنون طرف غربی وانمود کنند با افکار عمومی ملت، صادقانه رفتار نمی‌کنند.»
در بند پایانی این نامه، آیت‌الله خامنه‌ای خطاب به رئیس جمهور ایران نوشته است که «بار دیگر تأکید می‌کنم که از خدعه و نقض عهد دولت‌های مستکبر بویژه آمریکا در این مسأله و دیگر مسائل غفلت نشود.»
آقای روحانی روز دوشنبه ۲۸ دی ماه در نامه‌ای خطاب به رهبر جمهوری اسلامی، به تشریح دستاوردهای یازده‌گانه ایران در حوزه‌های مختلف در زمینه مذاکرات هسته‌ای و لغو تحریم‌ها پرداخته بود.
رئیس جمهور در بخشی از نامه‌اش نوشته بود: «غنی‌سازی به‌عنوان حساس‌ترین و مهم‌ترین بخش برنامه هسته‌ای کشورمان، در مسیری تکامل‌یافته ادامه می‌یابد و طی برنامه‌ای مدون، ایران در زمره تولیدکنندگان بین‌المللی سوخت هسته‌ای درمی‌آید.»
آقای روحانی همچنین تاکید کرده بود که: «راکتور تحقیقاتی آب سنگین اراک، در چارچوب یک همکاری بین‌المللی به یک راکتور تحقیقاتیِ مدرن و پیشرفته، و با استاندارد سطح بالای بین‌المللی، تبدیل خواهد گردید.»
«آزادی دارایی‌های مسدود شده ایران»، «امکان فروش اورانیوم غنی‌شده و آب سنگین تولیدی»، «لغو دوازده قطعنامه و پنج تصمیم شورای حکام آژانس بین‌المللی انرژی اتمی»، «لغو شش قطعنامه فصل هفتمی شورای امنیت سازمان ملل بر ضد ایران» از جمله دیگر مواردی است که در نامه حسن روحانی به علی خامنه‌ای بر روی آنها تاکید شده است.
رهبر جمهوری اسلامی پس از توافق اتمی وین بارها درباره به گفته او تلاش آمریکا برای «نفوذ» در ایران هشدار داده است.
آیت‌الله علی خامنه‌ای همچنین روز ۲۹ مهرماه امسال در نامه‌ای به رئیس‌جمهور ایران برای تایید توافق اتمی وین خواستار تشکیل کمیته‌ای در شورای عالی امنیت ملی برای نظارت بر اجرای تعهدات طرف مقابل شده بود.
وی تأکید کرده بود که «در سراسر دوره هشت ساله» وضع هر گونه تحریم «در هر سطح و به هر بهانه‌ای» از جمله «تروریسم و حقوق بشر» توسط کشورهای طرف مذاکره ایران «نقض» توافق اتمی وین «محسوب خواهد شد» و دولت موظف است اجرای این توافق را متوقف کند.
کمتر از یک روز پس از اعلام آغاز اجرای برجام، و لغو تحریم‌های بین‌المللی مرتبط برنامه هسته‌ای ایران، وزارت خزانه‌داری آمریکا ۱۱ شخص حقیقی و حقوقی را در ارتباط با برنامه موشکی ایران به فهرست تحریم‌های آمریکا افزود.