هیات مدیره «جامعه باستان‌شناسی ایران» در بیانیه‌ای خطاب به قوه قضائیه درخواست کرده است تا مدیریت حمید بقایی در دوره ریاست در سازمان میراث فرهنگی و گردشگری نیز مورد بررسی قرار گیرد.
این بیانیه به دنبال دستگیری حمید بقایی، معاون اجرایی محمود احمدی‌نژاد، رئیس جمهوری سابق ایران، در ۱۸ خرداد ماه مننتشر شده است؛ تاکنون در مورد جزئیات اتهامات آقای بقایی، اطلاع رسانی از سوی قوه قضائیه ایران صورت نگرفته است.
به گزارش خبرگزاری ایسنا، در بیانیه جامعه باستان‌شناسان ایران، ضمن اشاره به فعالیت آقای بقایی در سمت قائم‌مقامی و سپس ریاست سازمان میراث فرهنگی، عنوان شده است: «متأسفانه در این مدت، صدماتِ جبران‌ناپذیری به پیکره این سازمان و به تبعِ آن به میراث فرهنگی و تاریخی این سرزمین وارد آمده است؛ به دلایل مختلف، گستردگی و عمق این آسیب‌ها کمتر در رسانه‌های عمومی مطرح شده و به اطلاع عموم رسیده است.»
در این بیانیه آمده‌ست که سازمان میراث فرهنگی که اساساً سازمانی «علمی و فرهنگی» است، در دوره ریاست حمید بقایی و اسفندیار رحیم مشایی به یکی از «سیاسی‌ترین نهادهای دولتی» بدل شد
این بیانیه همچنین نوشته شده است: «سمت‌های کلیدی و حساس مدیریتی این سازمان، بدون توجه به کارآمدی‌ها و توانایی‌های تخصصی منصوب می‌شدند... بودجه اندک سازمان میراث فرهنگی نیز که به زحمت کفاف مسئولیت‌های سنگینی که برعهده این سازمان است را می‌دهد، در برنامه‌های پر زرق و برق و بی‌فایده، حیف و میل شد.»
در ادامه این بیانیه با بیان اینکه «سوء مدیریت آقای بقایی» تنها به این موارد ختم نشد، آورده شده است: «یکی از تصمیم‌ها و اقدامات عجیب و مخرب او که البته هنوز رمزگشایی نشده، چندپاره‌کردن و انتقالِ معاونت‌ها و بخش‌های مهمی از سازمان مذکور از تهران به چند شهر و شهرستان بود؛ در این اقدامِ غیرکارشناسانه و مخرب، سازمان میراث فرهنگی به دستور ایشان مُثله و هر قسمت آن به شهری تبعید شد.»
جامعه باستان‌شناسان ایران در ادامه اعتراض‌شان با اشاره به اینکه اقدامات آقای بقایی باعث «ازهم گسیختن شیزاره سازمان میراث فرهنگی» شد، نوشته‌اند: «مدارک و اسناد ارزشمند ملی که با هزینه میلیاردها تومان بودجه بیت‌المال و صرفِ عمر شمار زیادی از کارشناسان، متخصصان و دانشمندان این حوزه تهیه شده بود، آسیب دید.»
در ادامه این بیانیه، از مدیریت فعلی سازمان میراث فرهنگی نیز انتقاد شده است: «از زمانی که آقای بقایی این سازمان را ترک کرده‌اند چند سال می‌گذرد، ولی در این مدت هیچ اقدامی برای رسیدگی به تخلفات مدیریتی و به ویژه تصمیم‌ها و اقدامات مخرب و نادرست او صورت نگرفته است... مدیریت جدید سازمان میراث فرهنگی نیز به رغم درخواست‌های مکرر کارشناسان و اهالی این حوزه از ارائه گزارشی درباره تخلفات او عملاً اجتناب کرده است.»
در پایان این بیانیه آمده است: «اهالی میراث فرهنگی، باستان‌شناسان و پژوهشگران این حوزه انتظار دارند دستگاه قضایی کشور رسیدگی به تخلفات آقای بقایی را تنها محدود و معطوف به تخلفات مالی وی نکند و آسیب‌های جبران‌ناپذیری را که به حوزه میراث فرهنگی و باستان‌شناسی کشور وارد شده نیز با دقت نظر مورد رسیدگی قرار داده و نتیجه را به اطلاع عموم مردم، کارشناسان و فعالان این حوزه برساند.»
حمید بقایی در دولت دوم محمود احمدی نژاد پس از انتصاب اسفندیار رحیم مشایی به سمت رئیس دفتر رئیس جمهور، رئیس سازمان میراث فرهنگی و گردشگری شد و در دولت اول آقای احمدی نژاد نیز قائم مقام این سازمان بود.
آقای بقایی پس از مدتی به سمت معاون اجرایی رئیس جمهوری ایران و همچنین دبیر شورای‌عالی مناطق آزاد منصوب شد.
در سال‌های گذشته برخی از نمایندگان مجلس ایران و همچنین مقامات دولت حسن روحانی آقای بقایی را به تخلفات مالی متهم کردند.
در همین رابطه، محمد باقر نوبخت، سخنگوی دولت یازدهم، روز سه شنبه ۱۹ خرداد با اشاره به بازداشت معاون اجرایی محمود احمدی‌نژاد گفت که دولت حسن روحانی اسناد تخلفات حمید بقایی و دیگر اعضای دولت پیشین را به قوه قضائیه ارائه کرده است.
از سوی دیگر، دو روز پس از انتشار خبر بازداشت حمید بقایی، محمود احمدی‌نژاد با حمایت از معاون سابق خود، او را فردی «پاک و پاک‌دست» خواند و تاکید کرد که مسئولیت سلامت آقای بقایی با قوه قضائیه است.