در ادامه واکنش‌ها به پرونده بورس‌های غیرقانونی، یک معاون سابق وزارت علوم در دولت‌های نهم و دهم مدعی شد که در طول ریاست جمهوری محمد خاتمی حدود ۱۱ هزار نفر «غیرقانونی» بورسیه شده‌اند و ۷۰ درصد این افراد هرگز به ایران بازنگشته‌اند.
بنا بر گفته غلامرضا خواجه سروی در گفت‌وگو با خبرگزاری مهر، مطرح کردن پرونده بورسیه‌های غیرقانونی، «پروژه مسئولان فعلی برای حذف مومنان و متدینین از آموزش عالی است و طیف حاکم بر وزارت علوم، افراد متدین و متخصص را تحمل نمی‌کند».
غلامرضا خواجه سروی که در دوران ریاست جمهوری محمود احمدی‌نژاد دارای سمت‌هایی در وزارت علوم بوده روز سه‌شنبه، ششم آبان، در گفت‌وگو با خبرگزاری مهر با اشاره به وجود بورسیه‌های «غیرقانونی» در دولت محمد خاتمی گفت که «در آن دوران نیز افرادی بدون رعایت هیچ گونه تشریفات قانونی بورسیه دکترا شده‌اند و در کشورهای خارجی از جمله انگلیس، آمریکا و کانادا به تحصیل پرداخته و حتی به کشور بازنگشته‌اند».
آقای خواجه سروی با بیان این که وزارت علوم در دولت‌های هشتم و نهم به هیچ عنوان پیگیر مطالبات خود و وثیقه‌ها نبوده اعلام کرد: «در زمان اصلاحات حتی پیگیر وثیقه‌های خروج از کشور آن افراد هم نشدند و آن بورسیه‌ها راحت و آسوده در آمریکا، آلمان و انگلیس ادامه تحصیل داده و در همان جا زندگی می‌کنند.»
معاون سابق وزارت علوم با اعلام این که مسائل مربوط به بورسیه‌ها در دولت خاتمی، از نگاه مسئولان فعلی دور مانده گفت که «بیشتر کسانی که در آن دوره بورسیه شدند، با حزب مشارکت، سازمان مجاهدین و سایر گروه‌های دوم خردادی در ارتباط بودند و سران این جریانات، آنها را بورسیه کردند.»
خواجه سروی که به گفته محمدعلی نجفی، سرپرست فعلی وزارت علوم، مقامی است که در دولت محمود احمدی‌نژاد به صدها نفر بورسیه غیرقانونی اعطا کرده، در گفت‌وگویش به انتقاد از برخی مسئولان دولت حسن روحانی نیز پرداخته است.
او گفته است: «خیلی از خانواده‌های مقامات این دولت نیز در خارج از کشور بودند و هستند و دلبستگی‌شان به خارج بیشتر است؛ حتی فرجی دانا را هم از کانادا آوردند و وزیرش کردند.»
اما در رابطه با مسئله بورسیه‌های غیرقانونی، محمدعلی‌نجفی چندی پیش از وجود هزار و ششصد بورس با ایرادهای قانونی سخن گفته بود.
وزارت علوم ایران نیز، روز جمعه، دوم آبان، در اطلاعیه‌ای ضمن اعلام نتایج بررسی پرونده سه هزار و ۷۷۲ نفر که در سال‌های ۸۸ تا ۹۲ بدون شرکت در آزمون، بورسیه شده‌اند از «لغو» ۸۶۳ مورد بورسیه «غیرقانونی» خبر داده بود.
موضوع لغو تعدادی از بورسیه‌های اعطا شده در دولت محمود احمدی‌نژاد، یکی از دلایل استیضاح و برکناری رضا فرجی دانا، وزیر سابق علوم، در جلسه چهارشنبه ۲۹ مرداد مجلس بوده است.
پیش از جلسه این استیضاح، خبرگزاری کار ایران، ایلنا، گزارش داده بود که به اسنادی دست یافته است که نشان می‌دهد، اعضای خانواده برخی از طراحان استیضاح وزیر علوم، در فهرست «بورسیه‌های غیرقانونی» دولت محمود احمدی‌نژاد هستند.
به گفته مقامات وزارت علوم، برخی از این بورسیه‌شدگان حتی «کف معدل آیین‌نامه‌ها را نیز نداشته‌اند».
همه این‌ها در حالی است که غلامرضا خواجه‌سروی، معاون سابق وزارت علوم در دولت گذشته، اعتقاد دارد که اقداماتی که در دولت‌های نهم و دهم در مسئله بورسیه‌ها انجام شده، اصلا سیاسی نبوده، بلکه مبتنی بر سیاست‌های نظام و کاملا قانونی بوده است.