حسن روحانی،رئیس جمهور ایران، در نامه‌ای به صادق لاریجانی، رئیس قوه قضائیه ایران، خواستار رسیدگی فوری و خارج از نوبت به پرونده حمله به سفارت و کنسولگری عربستان سعودی شد.
به گزارش پایگاه اطلاع رسانی ریاست جمهوری ایران، آقای روحانی روز چهارشنبه ۱۶ دی‌ماه در نامه‌ای به رئیس قوه قضائیه تاکید کرد که «باید با مجازات عاملان و آمران این جرم آشکار، برای همیشه جلوی اینگونه تعرضات به امنیت کشور و توهین به اقتدار و جایگاه نظام گرفته شود.»
از سوی دیگر حسن روحانی در جلسه روز چهارشنبه هیات دولت نیز به انتقاد از حمله‌کنندگان به سفارت و کنسولگری عربستان در ایران پرداخت.
به گزارش ایسنا، رئیس جمهور ایران بار دیگر حمله به اماکن دیپلماتیک عربستان سعودی در تهران و مشهد را حرکتی «غلط و غیرقانونی» دانست و از وزارتخانه‌های اطلاعات و کشور خواست «با مامورانی که احتمالا در بروز این حادثه قصور و کوتاهی داشته‌اند»، قاطعانه برخورد و گزارش آن را به مردم اعلام کنند.
حسن روحانی در این‌باره گفت: «افرادی که از روی نادانی و یا وابستگی به این اماکن حمله نمودند، مجرم هستند و از قوه قضائیه نیز تقاضا دارم قاطعانه و خارج از سیر طبیعی پرونده‌های قضایی این موضوع را بررسی نماید.»
رئیس شورای عالی امنیت ملی با اشاره به اینکه «اماکن و مهمانان دیپلماتیک از لحاظ قانونی و بین‌المللی دارای مصونیت هستند»، اعلام کرد: «حمله به این اماکن در کشور، خلاف شرع و قانون، حمله به آبروی نظام جمهوری اسلامی ایران و همانند حمله به خانه مردم است.»
حسن روحانی در ادامه تاکید کرد: «حمله کنندگان به اماکن دیپلماتیک از فرهنگ اسلامی، ایرانی و قانون دور هستند.»
آقای روحانی در بخش دیگری از سخنان خود با بیان اینکه «از دولت عربستان می‌خواهیم خطاها و اشتباهات گذشته را جبران نموده و از این مسیر اشتباه و بی‌نتیجه دست بردارد»، گفت: «ثبات، امنیت، مبارزه واقعی با تروریسم، دوستی و برادری با همه کشورهای منطقه خواست اصلی جمهوری اسلامی ایران است.»
به گفته رئیس جمهور ایران، «دولت جمهوری اسلامی خواهان برقراری رابطه خوب و سازنده با همه کشورهای جهان بویژه کشورهای اسلامی و همسایگان است.»
چند روز پیش و در پی حمله عده‌ای از تجمع‌کنندگان به سفارت و کنسولگری عربستان در تهران و مشهد پس از اعلام خبر اعدام شیخ نمر، رئیس‌جمهور ایران، ضمن محکوم کردن اعدام این روحانی شیعه، گفته بود که این حملات «به هیچ عنوان قابل توجیه نیست» و «توهین به نظام» است.
آقای روحانی در عین حال در بیانیه روز یکشنبه ۱۳ دی ماه خود، اعدام شیخ نمر را «اقدامی غیرانسانی که در تعارض آشکار با حقوق بشر و ارزش‌های اسلامی است» خواند و «شهادت» او را تسلیت گفت.
اندکی پیش از انتشار بیانیه حسن روحانی در روز یکشنبه، دادستانی تهران نیز از بازداشت ۴۰ نفر در این ارتباط خبر داد.
عباس جعفری دولت آبادی دادستان عمومی و انقلاب تهران نیز روز یکشنبه با اشاره به تجمع شامگاه شنبه در مقابل سفارت عربستان در تهران و حمله عده‌ای به ساختمان آن گفت که تاکنون ۴۰ نفر از «کسانی که در ورود به ساختمان سفارت نقش داشته‌اند شناسایی و دستگیر شده‌اند و تحقیقات برای شناسایی دیگر افراد موثر در این حادثه ادامه دارد.»
به دنبال اعلام خبر اعدام شیخ نمر در عربستان، تجمع اعتراضی در مقابل سفارت این کشور در تهران برگزار شد و به گفته پلیس تهران شماری از «افراد خودسر» با ورود به این سفارت، به ساختمان آن خسارت وارد کردند.
در مشهد نیزگروهی با پرتاب سنگ و مواد آتش‌زا به کنسولگری عربستان حمله کردند.