سه روز پس از صدور حکم اعدام برای محمد مرسی، رئیس جمهور مخلوع مصر، سخنگوی وزارت خارجه ایران از صدور احکام اعدام در مصر ابراز «تاسف» کرده و صدور این احکام را «تشویق روش‌های مبتنی بر خشونت و حذف» خواند.
به گزارش خبرگزاری دولتی ایرنا، مرضیه افخم، سخنگوی وزارت خارجه، روز سه‌شنبه، ۲۹ اردیبهشت، گفت: «صدور چنین احکامی که تشویق روش‌های مبتنی بر خشونت و حذف را در بر دارد، وجهه و اعتبار کشور مصر را تحت تاثیر قرار می‌دهد و امیدواریم از چنین راهکارهایی اجتناب گردد.»
وی اضافه کرد: «اعتقاد داریم برخی مشکلات و اختلافات بر اساس اهداف بلند انقلاب مردمی مصر و از طریق گفت‌وگوهای ملی و توافق سیاسی میان جریان‌های سیاسی و اجتماعی مسالمت‌جو قابل حل و فصل است.»
یک روز پیش از سخنان خانم افخم، جف راتکه، سخنگوی وزارت خارجه آمريکا، نیز صدور حکم اعدام برای محمد مرسی را ناعادلانه و تضعيف حکومت قانون در مصر دانسته بود.
در همین روز بان گی مون، دبيرکل سازمان ملل متحد، نیز نگرانی عميق خود را از صدور حکم اعدام برای رئيس جمهوری سابق مصر اعلام کرد.
دادگاهی در مصر روز شنبه، ۲۶ اردیبهشت، برای محمد مرسی رئیس جمهور مخلوع این کشور و بيش از صد تن از اعضای گروه اخوان‌المسلمين به اتهام سازماندهی فرار جمعی زندانيان در سال ۲۰۱۱ ميلادی، حکم مرگ صادر کرد.
حکم اعدام آقای مرسی پيش از اجرا بايد از سوی مفتی اعظم مصر، عالی‌ترين مقام مذهبی این کشور، تائيد شود و همچنين او می‌تواند از ديوان عالی تقاضای فرجام کند.
ایران و مصر از سال ۱۳۵۸ روابط دیپلماتیک با هم نداشته‌‌اند و دو کشور تنها دارای دفتر حفاظت منافع در پایتخت‌های یکدیگر هستند.
تهران انتظار داشت که به قدرت رسیدن محمد مرسی موجب بهبود روابط میان دو کشور شود.
روز پنج‌شنبه، ۹ شهريور ۱۳۹۱، آقای مرسی به عنوان رئیس جمهور مصر به تهران سفر کرد تارياست اجلاس سران جنبش غير متعهدها را برای سه سال آينده به ايران واگذار کند.
وی نخستين رئيس جمهوری مصر بود که ظرف سه دهه گذشته از ايران ديدار می‌کرد.
وی همچنین در افتتاحیه اجلاس جنبش غیرمتعهدها در تهران از رژیم سوریه انتقاد کرد، اما مترجم رسمی تلویزیون ایران هنگام ترجمه سخنرانی وی، کلمه سوریه را با بحرین عوض کرد و در ترجمه محتوای سخنرانی وی نیز دست برد.
پس از برکناری آقای مرسی از ریاست جمهوری توسط ارتش مصر در شامگاه چهارشنبه ۱۲ تیر ۱۳۹۲، مقامات ایران از تحولات مصر و اقدام ارتش این کشور ابراز نگرانی کردند.