یک روز پیش از آغاز نشست مجلس خبرگان رهبری ایران، نماینده استان فارس در این مجلس روز دوشنبه، ۱۰ شهریور، در اعتراض به عدم رسیدگی به آن چه «تخلف‌ها از سال ۸۴ تا سال ۹۲ در شیراز» خواند اعلام کرد که در شانزدهمین اجلاس این مجلس شرکت نمی‌کند.
شانزدهمین اجلاس رسمی مجلس خبرگان رهبری صبح سه‌شنبه، ۱۱ شهریور، در غیاب آیت‌الله مهدوی کنی، به ریاست آیت‌الله محمود هاشمی شاهرودی، نایب رئیس اول این مجلس، آغاز شد.
به گزارش وب‌سایت کلمه، نزدیک به میرحسین موسوی، آیت‌الله علی‌محمد دستغیب، این مرجع تقلید منتقد حکومت، در پاسخ به درخواست تعدادی از شاگردان و مقلدان خود برای حضور در اجلاس مجلس خبرگان با اشاره به وظیفه این مجلس برای «تحقیق از ارگان‌های زیر نظر رهبری» خبر داد که تذکرهایش در این باره موجب «ناراحتی شدید» اعضای مجلس خبرگان و «تشدید فشار در محل» علیه او شده است.
این مرجع تقلید در سالیان گذشته انتقادات شدیدی را نسبت به عملکرد مجلس خبرگان رهبری مطرح کرده است.
وی همچنین بارها به رفتار حکومت جمهوری اسلامی در قبال معترضان انتخابات ریاست جمهوری سال ۸۸ اعتراض کرده و خواستار رفع حصر رهبران معترضان یعنی میرحسین موسوی و مهدی کروبی شده است.
آیت‌الله دستغیب در سالیان گذشته نیز با اشاره به برخوردهایی که با او و حامیانش شده گفته بود که دیگر در مورد شرکت در نشست‌های مجلس خبرگان «احساس تکلیف نمی‌کند».
نماینده استان فارس در مجلس خبرگان ایران در نامه تازه خود همچنین خبر داده است که نامه‌هایش به حسن روحانی، رئیس جمهوری ایران، و قوه قضائیه برای رسیدگی به «مسائل اتفاق افتاده در شیراز» بدون پاسخ مانده است.
آیت‌الله دستغیب نوشت: «از این بزرگواران خواسته شده جهت تخلفات صورت گرفته از سال ۸۴ تا ۹۲ هیئتی جهت رسیدگی فرستاده شود، اما معلوم نیست چرا تخلفات رسیدگی نمی‌شود.»
این مرجع تقلید به «اقدامات سپاه و بسیج و اطلاعات» علیه خود در سال‌های ۸۹، از جمله جلوگیری از شرکت در مراسم نماز و تدفین آیت‌الله سید محمدهاشم دستغیب و سید محمدمهدی دستغیب، دو تن از بستگان خود، اشاره کرد و نوشت که مدارک این اقدامات موجود است.
در سال ۱۳۸۹ تعدادی از «نیروهای لباس‌شخصی» همزمان با «روز قدس» در ایران به مسجد قبا که محل فعالیت آیت‌الله دستغیب و طلبه‌های اوست حمله کردند.
بر اساس گزارش‌ها، پس از این حمله تعدادی از شاگردان آیت‌الله علی‌محمد دستغیب به زندان، ممنوعیت فعالیت فرهنگی و تبعید محکوم شدند. یکی از حمله‌کنندگان به اين مسجد نیز به تحمل زندان، شلاق و تبعيد محکوم شد.
آیت‌الله دستغیب در این نامه همچنین خطاب به محمود علوی، وزیر اطلاعات، او را به بی‌اطلاعی از وضعیت وزارتخانه خود متهم کرده و نوشته است: «به‌تازگی ظاهرا عده‌ای از تهران آمده‌اند به عنوان رسیدگی به طلاب و روحانیون حج و زیارت و غالب طلبه‌های عزیز را می‌برند و بعضا چندین ساعت سین‌جیم می‌کنند، مثل این که می‌خواهند بگویند ما همان‌ها هستیم که بودیم و دولت جدید یا قدیم برای ما مهم نیست. حتما ایشان هم از این قضیه اطلاع ندارند.»
آیت‌الله مهدوی کنی، رئيس مجلس خبرگان، روز ۱۴ خردادماه بر اثر سکته قلبی به کما رفت.
دیدار با رهبر جمهوری اسلامی، صدور بیانیه و سخنرانی اعضا از جمله اقدامات انجام شده در اجلاس‌های پیشین مجلس خبرگان رهبری بوده است.