کانون مدافعان حقوق بشر از حسن روحانی خواست که در دوره دوم ریاست جمهوری ضمن نظارت بیشتر بر وزارت اطلاعات، در برابر «تخلف» نهادهای اطلاعاتی موازی «مقاومت» و این نهادها را به مردم «معرفی کند».
این سازمان که ریاست آن بر عهده شیرین عبادی است، در گزارش خود از نقض حقوق بشر در ایران در اردیبهشت‌ماه، از حسن روحانی خواست که نظارت بیشتر بر وزارت اطلاعات را در دستور کار خود قرار دهد.
در این گزارش با اشاره به معرفی وزیر اطلاعات به مجلس از سوی رئیس جمهور، تاکید شده که «هر نوع عمل غیرقانونی از ناحیه مأموران وزارت اطلاعات، در کارنامه اعمال» رئیس جمهور نوشته می‌شود.
کانون مدافعان حقوق بشر همچنین با اشاره به وجود «نهادهای موازی و غیرقانونی» امنیتی در ایران از حسن روحانی خواست تا، بر اساس وظایف قانونی‌اش، «در برابر تخلف آنان مقاومت و این نهادها» را به مردم معرفی کند.
به گفته این سازمان، «طبیعتا» بالاترین فرد مسئول در قوه قضائیه از «اعمال غیرقانونی» نهادهای موازی امنیتی «مانند دستگیری و پرونده‌سازی برای فعالان مدنی و سیاسی» اطلاع دارد.
شیرین عبادی، برنده ایرانی جایزه صلح نوبل، در آذرماه سال ۹۵ نیز کارنامه دولت حسن روحانی در زمینه رعایت آزادی‌های قانونی را «بسیار ضعیف» دانسته و از این که آقای روحانی برخلاف وعده‌های انتخاباتی «هیچ تغییری» در وزارت اطلاعات نداده، انتقاد کرده بود.
وی از جمله به نقش ماموران وزارت اطلاعات در پرونده نرگس محمدی و عبدالفتاح سلطانی، دو عضو کانون مدافعان حقوق بشر، اشاره کرده بود.
در همین حال تقی رحمانی، همسر نرگس محمدی، نیز اعلام کرده بود که وزارت اطلاعات شاکی خانم محمدی است و اگر این وزارتخانه شکایت خود را پس بگیرد، نرگس محمدی آزاد می‌شود.
شورای هماهنگی راه سبز امید، تشکل نزدیک به میرحسین موسوی، در شهریور ۹۴، در بیانیه‌ای با اشاره به «تلاش افراطی‌های اقتدارگرا برای تحمیل انسداد سیاسی بر جامعه»، وزارت اطلاعات را به «همراهی» با سازمان اطلاعات سپاه و دستگاه قضایی در بخشی از «پروژه‌های سرکوب» متهم کرده بود.
پیش از آن هم در شهریور ۹۳، وب‌سایت کلمه، از «نقش» وزارت اطلاعات دولت حسن روحانی در «احضار و تهدید فعالان مدنی» خبر داده بود.
وزارت اطلاعات دولت حسن روحانی در چند سال اخیر همچنین از برگزاری نشست برخی از گروه‌های سیاسی و فرهنگی منتقد حکومت ایران از جمله جبهه ملی و کانون نویسندگان ایران جلوگیری کرده است.
علی یونسی، وزیر اطلاعات در دولت محمد خاتمی، پیش از این گفته بود که هنوز وزارت اطلاعات به «تسخیر» دولت حسن روحانی درنیامده است.
وی البته روز ۱۴ مهر ۹۳ گفت که منظورش از واژه «تسخیر» این بوده که دولت هنوز وزارت اطلاعات را «به طور کامل در دست نگرفته است».
این در حالی است که وزیر اطلاعات دولت حسن روحانی در مواردی نیز با قوه قضائیه و سازمان اطلاعات سپاه پاسداران درگیری‌هایی داشته است.
از جمله پس از بازداشت تعدادی از مدیران کانال‌های تلگرامی در اسفند ۹۵ محمود علوی، وزیر اطلاعات، اعلام کرد که دولت با بازداشت مدیران کانال‌های تلگرامی مخالف است.
در مقابل غلامحسین محسنی اژه‌ای، سخنگوی قوه قضائیه، روز چهارشنبه، ۲۳ فروردین، در واکنش به این سخنان گفت که در این پرونده «مطالبی در مورد خود وزیر اطلاعات مطرح است» و او نمی‌تواند درباره این پرونده گزارش تهیه کند.
همان روز محمود علوی، وزیر اطلاعات، به این گفته این طور پاسخ داد: «برای ادمین‌ها جرمی نمی شناسم که شریک آنها باشم، گویا آنها شریک جرم بنده هستند. دفاع از دولت، جرم کوچکی نیست.»
دفتر سخنگوی دولت حسن روحانی نیز در همان زمان اعلام کرد که آقای محسنی اژه‌ای به دلیل «خستگی و فشار تعهدات» این حرف‌ها را مطرح کرد.
با این حال آقای اژه ای پس از این واکنش‌ها نیز بر سخنان گذشته خود تاکید کرد.