رهبر جمهوری اسلامی روز چهارشنبه، پنجم شهریور، در دیدار با رئیس جمهور و اعضای هیئت دولت اعتراضات پس از انتخابات سال ۱۳۸۸ را که او «فتنه» می‌خواند از جمله «خطوط قرمز» حکومت دانست و از وزرا خواست بر «فاصله‌گذاری با آن پایبند باشند».
به گزارش پایگاه اطلاع‌رسانی دفتر رهبر جمهوری اسلامی، او تصریح کرد: «مسئله فتنه و فتنه‌گران از مسائل مهم و از خطوط قرمز است که آقایان وزرا باید همان گونه که در جلسه رأی اعتماد خود بر فاصله‌گذاری با آن تأکید کردند همچنان بر آن پایبند باشند.»
آیت‌الله علی خامنه‌ای همچنین اعضای هیئت دولت را به عبور از جناح‌بندی‌ها در مسائل سیاسی توصیه کرد و افزود: «علائق اعضای دولت به برخی جناح‌های سیاسی اشکالی ندارد، اما دولت و اعضای آن نباید اسیر جناح‌بندی‌ها شوند.»
تذکر رهبر جمهوری اسلامی تنها چند روزی پس از استیضاح رضا فرجی دانا، وزیر علوم دولت حسن روحانی، بیان می‌شود، استیضاحی که روز چهارشنبه، ۲۹ مرداد، به برکناری وی منجر شد.
یکی از دلایل استیضاح این وزیر سابق انتصاب افراد فعال در اعتراضات به نتیجه انتخابات ریاست جمهوری سال ۱۳۸۸ ذکر شده بود که رهبر جمهوری اسلامی و نزدیکان وی از آن به عنوان فتنه یاد می‌کنند.
به گزارش پایگاه اطلاع‌رسانی رهبر جمهوری اسلامی، او در این دیدار ۱۵ مورد را به اعضای هیئت دولت توصیه کرده است.
وی دولت را به «رعایت سعه صدر و آرامش در قبال انتقادهای منصفانه» توصیه کرد و افزود: «آقای رئیس جمهور از برخی انتقادها ناراحتند که البته در برخی موارد هم واقعاً حق با ایشان است و برخی انتقادها، تند و گاهی غیرمنصفانه هستند.»
وی اضافه کرد: «پاسخ به انتقادها هم باید منطقی و با خونسردی داده شود.»
رهبر جمهوری اسلامی در عین حال برخی «انتقادهای منصفانه » را کمک به دولت دانست و افزود: «یکی از مسائل بسیار مهم کنونی، آرامش روانی موجود در جامعه است که باید حفظ شود.»
حسن روحانی، رئیس جمهوری ایران، روز دوشنبه، ۲۰ مرداد، در جمع سفیران جمهوری اسلامی ایران در خارج از کشور با انتقاد شدید از «تعامل‌هراسی و مذاکره‌هراسی» افرادی که به گفته وی از مذاکرات هسته‌ای ایران و قدرت‌های بزرگ جهانی هراس دارند، آنها را «بزدل سیاسی» خواند.
این سخنان انتقادات شدید برخی از اصولگرایان را به دنبال داشت و مجلس ایران روز سه‌شنبه، ۲۱ مرداد، در یک جلسه غیرعلنی اظهارات آقای روحانی را بررسی کرد.
آیت‌الله خامنه‌ای همچنین یکی از راه‌های «تقویت امید در مردم» را اطلاع افکار عمومی از کارهای انجام گرفته ذکر کرد و افزود: «گزارش عملکرد دولت باید به افکار عمومی ارائه شود تا مردم ضمن اطلاع از اقدامات انجام گرفته، از کارها و برنامه‌های آینده نیز مطلع شوند.»
سخنان رهبر جمهوری اسلامی در حالی است که برخی از مسئولان دولتی صداوسیمای جمهوری اسلامی را که زیر نظر آیت‌الله خامنه‌ای اداره می‌شود به عدم همکاری برای اطلاع‌رسانی از اقدامات دولت متهم می‌کنند.
از جمله حسن روحانی روز ۳۰ مرداد از صداوسیمای جمهوری اسلامی به دلیل عدم اشاره و پرداختن به «خدمات دولت» انتقاد کرده بود.
آیت‌الله خامنه‌ای دولت را به «پرهیز از حاشیه‌سازی، حفظ انسجام درونی و شنیده شدن یک صدا از دولت» توصیه کرد و افزود: «باید مراقبت شود تا در سخنان مسئولان دولتی تعارض وجود نداشته باشد و فلسفه تعیین سخنگو هم این است که از دولت صدای واحد در مسائل مختلف شنیده شود.»
وی گفت که انتقاد دولت از دولت‌های گذشته «نباید حالت اغراق‌آمیز و تخریب پیدا کند، زیرا در روحیه مردم تأثیر بد می‌گذارد و آنان را نسبت به آینده نیز نامطمئن می‌کند».
از زمان روی کار آمدن دولت حسن روحانی، گزارش‌های مختلفی درباره عملکرد و تخلف‌های مالی دولت محمود احمدی‌نژاد، رئیس جمهور پیشین، منتشر شده است.
آیت‌الله خامنه‌ای همچنین از دولت خواست که بسته سیاست‌های اقتصادی خود را با «سیاست‌های اقتصاد مقاومتی» تطبیق دهد و مواردی را که غیرمنطبق با این سیاست‌هاست حذف کند.
وی همچنین خواستار آن شد که طرح مسکن مهر جدی پیگیری شود و به اتمام برسد.
مسکن مهر یکی از طرح‌های دولت محمود احمدی‌نژاد بود که بارها مورد انتقاد تعدادی از وزرای دولت حسن روحانی قرار گرفته است.