علی مطهری، نماینده تهران، روز شنبه ضمن انتقاد از عدم حضور حسن روحانی در مجلس در جریان استیضاح وزیر سابق علوم، استیضاح‌کنندگان را متهم کرد که به دنبال بازگشت «فضای امنیتی» به دانشگاه‌ها هستند.
آقای مطهری عملکرد دولت روحانی در جریان استیضاح رضا فرجی دانا، وزیر اکنون سابق علوم، را «ضعیف» توصیف کرده و غیبت رئیس جمهور در روز استیضاح را «خطا» دانست.
علی مطهری روز شنبه، اول شهریور، در گفت‌وگو با خبرگزاری دانشجویان ایران، ایسنا، برکناری وزیر علوم را یک نقطه منفی برای مجلس نهم دانست و گفت که آقای فرجی دانا «مظلوم واقع» و «قربانی رقابت‌های سیاسی» شد.
به گفته آقای مطهری، «محرکان استیضاح» افزایش آزادی بیان در دانشگاه‌ها را «مضر به حال نظام» می‌دانند و اصل حرف آنها این است که «دانشگاه‌ها باید تحت کنترل ما باشد» و «فضای امنیتی» گذشته بر آنها همچنان باید باقی بماند.
مجلس شورای اسلامی روز چهارشنبه، ۲۹ مرداد، رضا فرجی دانا، وزير علوم، تحقيقات و فناوری دولت حسن روحانی را برکنار کرد.
نمايندگان موافق استيضاح در مجلس درباره «بازگشت التهاب» به دانشگاه‌ها در دوران وزارت رضا فرجی دانا هشدار دادند.
علی مطهری این نگرانی «محرکان استیضاح» را بی‌جا خوانده و افزود: «آنان به هدف خود نرسیدند چون آقای نجفی همان راه را با سرعت بیشتری ادامه می‌دهد و سیاسی‌تر از آقای فرجی داناست.»
به دنبال برکناری رضا فرجی دانا از وزارت علوم، حسن روحانی، رئيس جمهور ايران، محمدعلی نجفی را در همان روز چهارشنبه به سرپرستی اين وزارتخانه منصوب کرد.
علی مطهری، نماینده تهران، همچنین با بیان این که دولت ضعیف عمل کرد عدم شرکت رئیس جمهور در جلسه استیضاح را خطا دانست.
آقای مطهری تصریح کرد: «من پیغام داده بودم که ایشان حتی پنج دقیقه حضور پیدا کند و چند جمله سخن بگوید و بعد به سفر استانی برود ولی نیامدند.»
در روز استیضاح وزیر علوم، حسن روحانی، رئیس جمهوری، در سفر استانی به استان اردبیل رفت و در جلسه استیضاح حضور پیدا نکرد.
نماینده تهران تصریح کرد: «خلاصه دولت به گونه‌ای رفتار کرد که گویی عزل وزیر برایش چندان مهم نبود، در حالی که با اندکی تلاش بیشتر و تغییر رأی ده نماینده می‌شد این اتفاق نیفتد.»
وی با اشاره به اعلام آمادگی خود به مسئولان دولتی، برای دفاع از وزیر علوم افزود: «اما آنها دو نفر دیگر را معرفی کردند، حتما ملاحظاتی داشته‌اند. اما توجه نداشتند که در مقابل افرادی مثل آقایان زاکانی و نادران که تجربه چند استیضاح را دارند باید افراد باتجربه صحبت کنند.»
بر اساس آیین‌نامه داخلی مجلس، وزیر مورد استیضاح مى تواند حداکثر یک ساعت از وقت سه‌ساعته دفاع از خود را در اختیار یک یا دو نفر از نمایندگان موافق قرار دهد.
غلامعلی جعفرزاده ایمن‌آبادی، نماینده رشت، و جواد هروی، نماینده قائنات در مجلس، روز چهارشنبه در دفاع از وزیر علوم نطق کردند.
رضا فرجی دانا، وزير سابق علوم، تحقيقات و فناوری، در روز استیضاح، با دفاع از عملکرد خود، از «سياه‌نمايی‌ها» عليه اين وزارتخانه انتقاد کرد.
آقای مطهری با اشاره به پخش سخنان جعفر توفیقی، مشاور وزیر علوم، در روز استیضاح گفت که استیضاح‌کنندگان در برخی موارد «اخلاق اسلامی را رعایت نکردند».
وی اضافه کرد: «توضیح ندادند که آن جلسه یک روز بعد از حمله به کوی دانشگاه بوده و دانشجویان حاضر... در حال انفجار برای ریختن به خیابان بودند و وزیر وقت علوم و رئیس دانشگاه تهران از آقای توفیقی خواسته بودند که بیاید دانشجویان را کنترل و مدیریت کند و حتی نماینده ولی فقیه در دانشگاه‌ها نیز در آن جلسه حضور داشته است.»
حسین نقوی حسینی، نماینده ورامین، در جلسه استیضاح فیلمی از سخنان جعفر توفیقی، مشاور وزیر علوم، را پخش کرد که به گفته وی مربوط به سخنان آقای توفیقی در جمع متحصنین معترض به حمله به کوی دانشگاه تهران در سال ۱۳۸۸ بوده است.
آقای مطهری درباره عملکرد فراکسیون رهروان ولایت نیز گفت: «گویی توافق نانوشته‌ای با فراکسیون دیگر داشتند و به گونه‌ای رفتار کردند که برکناری وزیر برایشان مهم نبود.»
پیش از برگزاری جلسه استیضاح وزیر علوم، تعدادی از اعضای فراکسیون رهروان ولایت که فراکسیون اکثریت مجلس است گفته بودند که این فراکسیون از وزیر علوم حمایت می‌کند، اما در نهایت اکثریت مجلس به برکناری وزیر علوم رای داد.
خبرگزاری مهر روز ۲۸ مرداد خبر داده بود که وزیر علوم پذیرفته است در ازای حمایت فراکسیون اکثریت مجلس از او تا ده روز پس از جلسه مجلس، دو معاون خود را که مورد انتقاد این فراکسیون است از کار برکنار کند.