در پاسخ به واکنش مصطفی پورمحمدی به فایل صوتی آیت‌الله منتظری، عضو کمیته تصمیم‌گیری درباره اعدام‌های سال ۶۷، علی مطهری، نایب رئیس مجلس ایران، در نامه‌ای رسمی از آقای پورمحمدی خواست تا تکلیف شایعات «درباره اتفاق سال ۶۷» را روشن کند.
آقای مطهری در نامه رسمی خود که روز شنبه، ششم شهریورماه، در خبرگزاری دانشجویان ایران، ایسنا، منتشر شد از آقای پورمحمدی، وزیر دادگستری کنونی، صراحتا می‌پرسد که «آیا شایعات درباره اتفاق سال ۶۷ درباره نحوه اجرای حکم امام [آیت‌الله خمینی] صحت دارد یا خیر؟»
مصطفی پورمحمدی، یک عضو کمیته تصمیم‌گیری درباره اعدام زندانیان سیاسی و عقیدتی سال ۶۷، در واکنش به انتشار فایل صوتی آیت‌الله منتظری، از گروه سازمان مجاهدین خلق به عنوان «دشمنان خون‌آشام ایران» نام برده و گفت که «برخی دنبال تطهیر» این گروه هستند.
وزیر دادگستری کنونی جمهوری اسلامی نخستین عضو از کمیته مذکور است که به انتشار این فایل صوتی واکنش نشان می‌دهد.
مصطفی پورمحمدی به عنوان نماینده وزارت اطلاعات از اعضای هیئتی بود که به دستور آیت‌الله خمینی، رهبر وقت جمهوری اسلامی، درباره اعدام زندانیان سیاسی و عقیدتی در تابستان سال ۶۷ تصمیم گرفتند.
در فایل صوتی منتشر شده از آیت‌الله منتظری، او با اشاره به حضور آقای پورمحمدی به عنوان نماینده وزارت اطلاعات در این هیئت می‌گوید که وزارت اطلاعات روی اعدام زندانیان سیاسی از سال‌ها پیش «نظر داشت و سرمایه‌گذاری کرده بود».
اما در کل فایل صوتی حدودا ۴۰ دقیقه‌ای از جلسه آیت‌الله منتظری با چهار عضو کمیته مذکور، هیچ یک از افراد حاضر در جلسه پس از شنیدن انتقادات آیت‌الله منتظری گفته‌های او را رد یا تکذیب نمی‌کنند و تنها در جاهایی از فایل که با خنده و شوخی نیز همراه است تلاش می‌کنند اقدامات خود را توضیح دهند.
این نکته‌ای است که علی مطهری هم در نامه رسمی خود تلویحا به آن اشاره کرده و از مصطفی پورمحمدی خواسته است تا موضعی روشن اتخاذ کند.
علی مطهری نوشته است: «مشکل کشور ماست که مسئولان به جای توضیح یک مسئله و پاسخ به سؤالی که برای برخی اذهان ایجاد شده است به مغالطه می‌پردازند و از عواطف انسانی و دینی و انقلابی مردم بهره‌برداری می‌کنند و هیچ گاه به سؤال مورد نظر پاسخ نمی‌دهند.»
او می‌افزاید: «جناب عالی که همراه آقایان رئیسی، نیّری و رازینی در متن این قضیه بودید باید ضمن توضیح ماجرا، یا می‌فرمودید این شایعات به هیچ وجه صحت ندارد و یا می‌فرمودید ممکن است قصورهایی هم صورت گرفته باشد که در صورت اثبات از خانواده‌های آنها عذرخواهی و جبران خسارت خواهد شد.»
مقام‌های قضایی حاضر در جلسه با آیت‌الله منتظری، حسین‌علی نیری حاکم شرع وقت، مرتضی اشراقی دادستان وقت تهران، ابراهیم رئیسی معاون وقت دادستان و مصطفی پورمحمدی نماینده وزارت اطلاعات در زندان اوین در آن زمان معرفی شده‌اند.
علی مطهری که هم‌اکنون نیابت ریاست مجلس ایران را بر عهده دارد و به عنوان فرزند آیت‌الله مرتضی مطهری، از بنیانگذاران حکومت اسلامی در ایران، همواره در بطن نظام بوده در نامه خود همچنین به یک «تفکر رایج» در میان مقام‌های عالی جمهوری اسلامی اشاره کرده است.
به گفته آقای مطهری، این عقیده در میان مقام‌های جمهوری اسلامی رواج دارد که کتمان و تکذیب «خطاهای احتمالی» به «تقویت نظام» می‌انجامد.
علی مطهری، نایب رئیس مجلس، پیشتر در روز سه‌شنبه، ۲۶ مرداد، هم خواستار توضیح دست‌اندرکاران اعدام دسته‌جمعی زندانیان سیاسی ایران از جمله آقای پورمحمدی شده بود.
نامه تازه علی مطهری یک روز پس از آن منتشر می‌شود که، طبق گزارش‌ها، مراسم بیست و هشتمین سالگرد اعدام‌های دسته‌جمعی سال ۱۳۶۷ روز جمعه، پنجم شهریور، در خاوران تهران، محل دفن اعدامی‌ها، برگزار شد.
آن طور که در این گزارش‌ها آمده است، ماموران امنیتی جمهوری اسلامی به‌رغم حضور در محل، مانع ورود مردم به این محوطه نشده‌اند.