علی مطهری، نماینده تهران در مجلس، در پاسخ به نامه محی‌الدین حائری شیرازی، عضو مجلس خبرگان رهبری، نوشت که «بسیاری از مسائلِ» مربوط به اعتراضات به نتیجه انتخابات ریاست جمهوری ۸۸ با دادن اجازه دفاع به معترضان آن انتخابات و پذیرش اشتباه بودن اقدامات برخی از مسئولان قابل حل است، اما اگر لجاجت به خرج داده شود، این «موضوع » برای جمهوری اسلامی به یک «غده چرکین» تبدیل خواهد شد.
محی‌الدین حائری شیرازی، عضو مجلس خبرگان رهبری، روز ۱۴ آبان در نامه‌ای با اشاره به حمایت آقای مطهری از دادن مجوز راهپیمایی به معترضان ۸۸ نوشته بود: «دعوت مردم به راهپیمایی آرام در پاریس و لندن با عقل اجتماعی سازگار است چون آنجا خاورمیانه نیست. مردم قرن‌ها با حقوق اجتماعی خود زندگی می‌کنند.»
به گزارش خبرگزاری کار ایران، ایلنا، علی مطهری روز شنبه، ۱۷ آبان، در نامه‌ای خطاب به آقای حائری شیرازی نوشت: «با این منطق... اصل بیست و هفتم قانون اساسی نیز یک حشو زاید بوده و صرفا برای نمایش دموکراسی است و قابل اجرا نیست.»
وی اضافه کرد: «شما می‌گویید علت آن این است که مردم رشد کافی اجتماعی پیدا نکرده‌اند و من می‌گویم علت این است که برخی مسئولان ... هر اعتراض مدنی را نقشه‌ای برای براندازی نظام می‌دانند.»
گرچه بر اساس اصل ۲۷ قانون اساسی جمهوری اسلامی، «تشکیل اجتماعات و راهپیماییها، بدون حمل سلاح، به شرط آن که مخل به مبانی اسلام نباشد آزاد است»، مقام‌های جمهوری اسلامی هیچ گاه به معترضان ۸۸ رسماً اجازه برگزاری راهپیمایی نداده و راهپیمایی‌های آنان را با توسل به نیروهای نظامی و انتظامی سرکوب کردند.
علی مطهری در نامه خود با اشاره به «اعتقاد عده قابل توجهی از مردم به تقلب» در انتخابات ریاست جمهوری سال ۸۸ افزود: «ما به جای آن‌که این آتش را مهار کنیم ... برای پیروزی انتخابات جشن ملی گرفتیم و در آن جشن کاندیدای پیروز حضور پیدا کرد و سخنان تحریک‌آمیز به زبان آورد. گویی برنامه‌ای بود برای آن که معترضان تحریک شوند.»
محمود احمدی‌نژاد، رئیس جمهور سابق ایران، در «جشن پیروزی خود» بعد از برگزاری انتخابات ریاست جمهوری سال ۸۸ معترضان به نتیجه این انتخابات را «خس و خاشاک» خواند.
این نماینده مجلس ایران در نامه روز شنبه خود تصریح کرد: «عامل اصلی و حلقه مفقوده‌ای که باعث تداوم و پایان نیافتن مسئله فتنه سال ۸۸ ... شده این است که ما نمی‌خواهیم اعتراف کنیم که در این واقعه خطاهایی نیز از طرف برخی مسئولان صورت گرفته و این مبتنی بر آن است که ما جمهوری اسلامی را در هاله‌ای از قدس و در عالم ملکوت فرض می‌کنیم که نمی‌توان خطایی را به آن نسبت داد.»
وی اضافه کرد: «بیاییم ضمن آن که کاندیداهای معترض را در اصرار بر ادامه اعتراضات مقصر معرفی می‌کنیم ... قبول کنیم که اشتباهاتی نیز از طرف برخی مسئولان صورت گرفت که زمینه‌ساز و دامن‌زننده به فتنه شد.»
به گفته آقای مطهری، با این نگاه «مسئله» قابل حل است، چون عدالت و انصاف حاکم است و هرکس به حق خود می‌رسد، اما اگر «لجاجت و خودخواهی» حاکم باشد، این موضوع به یک «غده چرکین» برای جمهوری اسلامی تبدیل خواهد شد.
علی مطهری روز شنبه، ۲۶ مهر، نیز در نامه‌ای به احمد جنتی، دبیر شورای نگهبان، تاکید کرده بود که تا زمانی که عملکرد دو طرف حوادث سال ۸۸ در دادگاه صالح رسیدگی و نتیجه اعلام نشود «وجدان جامعه آرام نمی‌گیرد».
آیت‌الله علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی، و برخی از اصولگرایان از اعتراضات به نتیجه انتخابات ریاست جمهوری سال ۸۸ با عنوان «فتنه» نام می‌برند.
این نماینده مجلس ایران در نامه خود به آقای حائری شیرازی تاکید کرد: «بسیاری از این مسائل با گفت‌وگو و اجازه دفاع دادن به متهمان قابل حل است به شرط آن که صراحت به خرج دهیم و از مصانعه و ملاحظه‌کاری و رودربایستی پرهیز نماییم.»
علی مطهری پیش از این بارها در سخنان خود گفته است که بهتر بود صدا و سیما پس از انتخابات ریاست جمهوری سال ۸۸ از نامزدهای معترض به نتیجه انتخابات برای حضور در صدا و سیما دعوت می‌کرد.
وی همچنین بارها خواستار رفع حصر میرحسین موسوی و مهدی کروبی، رهبران معترضان به نتیجه انتخابات ریاست جمهوری سال ۸۸، شده است.