علی مطهری «بازجویی ۱۲ نفر» و «بازداشت سه نفر» از عاملان حمله به خود در شهر شیراز را «معجزه» خوانده و گفت که آنان وابسته به «جاهایی» و «افراد فلان دستگاه» هستند که حتی پلیس هم «جرات اقدام» برای دستگیری آنها را نداشت.
به گزارش خبرگزاری دانشجویان ایران، ایسنا، این نماینده تهران در مجلس روز دوشنبه، هفتم اردیبهشت، در دانشگاه امیرکبیر گفت: «علت اصلی این است که این‌ها وابسته به جاهایی هستند و با آنها برخورد نمی‌شود. در شیراز همه می‌دانستند افرادی که مباشرند و در صحنه حاضر هستند افراد فلان دستگاه هستند.»
آقای مطهری اضافه کرد: «من زمانی که در کلانتری بودم گفتم الان فرصت خوبی است که این‌ها را بگیریم، اما آنها جرات اقدام نداشتند و می‌‌گفتند موضوع را بعدا از طریق دوربین‌ها پیگیری می‌کنیم.»
وی تاکید کرد: «این که الان یک عده را خواسته‌اند و ۱۲ نفر بازجویی شده‌اند و سه نفر در بازداشت هستند و کیفرخواست برای آنها در حال تهیه است که به دادگاه بروند معجزه‌ای شده است. در موارد قبلی این اتفاق نیفتاده بود.»
آقای مطهری گفت: «اگر از فلان دستگاه هم کسی تخلفی کرده باید اعلام شود و نباید تبعیضی در این رابطه قائل شد.... این که بگوییم تخلف فلانی را چون روحانی است یا سپاهی است یا نماینده مجلس است یا وزیر است نگوییم، روش غلطی است و نتیجه این می‌شود که بلا بر سر خود افراد هم می‌آید.»
علی مطهری روز ۱۸ اسفند ۹۳ برای سخنرانی در دانشگاه شیراز به این شهر سفر کرد، اما پیش از رسیدن به دانشگاه شیراز در فرودگاه این شهر مورد «هجوم نیروهای لباس‌شخصی» و ضرب‌وشتم قرار گرفت و در نهایت مجبور به بازگشت به تهران شد.
این نماینده مجلس خود روز پنج‌شنبه، ۲۰ فروردین، «برخی از اعضای شورای تامین استان» فارس و «افراد زیرمجموعه» آنها را متهم کرد که «ایجادکننده ناامنی» در شهر شیراز هستند و امنیت این شهر را «مخدوش می‌کنند».
وی پیش از آن نیز درباره عاملان حمله به خود گفته بود: «ظاهراً یک اصلِ پذیرفته شده بود؛ این افراد که از تجهیزات‌شان مانند موتورهای سنگین و گاز فلفل معلوم بود از کجا دستور گرفته‌اند.»
«موتورهای سنگین» معمولاً توسط نهادهای نظامی و نیروهای بسیج در ایران استفاده می‌شود.
گفته‌های آقای مطهری در حالی است که مصطفی ترک همدانی، وکیل او، روز سه‌شنبه در مصاحبه با روزنامه اعتماد خبر داد که سپاه استان فارس از حمله‌کنندگان به آقای مطهری «شاکی است» و «در این پرونده مأموری برای پیگیری این ماجرا تعیین کرده است».
از سوی دیگر وب‌سایت کلمه، نزدیک به میرحسین موسوی، روز سه‌شنبه، ۱۸ فروردین، سپاه استان فارس را به «اعمال نفوذ» در پرونده آقای مطهری متهم کرده بود.
این وب‌سایت در گزارشی نوشته بود که «چهره‌های شناخته‌شده‌ای» از سپاه و بسیج شیراز «در میان حمله‌کنندگان» به خودروی حامل علی مطهری در فرودگاه شیراز بوده‌اند.
آقای مطهری در بخش دیگری از سخنان خود گفت: «این ربطی ندارد که یک امام جمعه یا فلان دستگاه در مورد سخنرانی کسی در دانشگاه حرف بزند. مثلا به سپاه هم ربطی ندارد که وارد سیاست و مذاکرات هسته‌ای شود و اظهارنظر کند.»
وی تاکید کرد: «در این صورت وقتی دستگاهی اقتصادی و سیاسی داشته باشد خطرناک خواهد بود و کم‌کم به یک حزب تبدیل می‌شود و خدای نکرده معلوم نیست اگر رهبر انقلاب نباشد، این‌ها حرف کسی را گوش بدهند.»
علی مطهری روز شنبه، ۲۳ اسفند ۹۳، اسدالله ایمانی، امام جمعه شیراز، را متهم ردیف اول در حمله به خود معرفی کرده بود.
امام جمعه شیراز ضمن ابراز مخالفت با سخنرانی آقای مطهری در دانشگاه شیراز گفته بود که «اگر کسی حریم ولایت و خبرگان و فتنه را شکست، باید انتظار داشته باشد که دیگران حریم او را نشکنند؟»
آقای مطهری درباره دلایل مخالفان سخنرانیش در شهر شیراز نیز گفت: «آنها می‌گویند موضوع حصر تصمیم نظام است و نباید درباره تصمیم نظام صحبت کنیم. من می‌گویم این کار غلط است و من با آن مخالفم و مادامی که موضوع به حد آشوب و اخلال نرسد هر کس می‌تواند حرفش را بزند.»
وی اضافه کرد: «من هم نگران آینده انقلابم و احساس خطر می‌کنم، اما چون تصمیم نظام است نباید حرف بزنیم؟»
حمله به علی مطهری در شیراز پس از آن صورت گرفت که او بارها خواستار رفع حصر میرحسین موسوی و مهدی کروبی، دو نامزد معترض به نتیجه انتخابات ریاست جمهوری سال ۸۸، شده بود.
روز ۲۱ دی ۹۳، «حمله» برخی از نمایندگان مجلس به علی مطهری، نماینده تهران، و درگیری فیزیکی پس از درخواست دوباره او برای رفع حصر میرحسین موسوی و کروبی در نطق میان‌دستور، نیز باعث تعطیلی موقت جلسه علنی مجلس شد.