محمدمهدی زاهدی، وزیر علوم در دولت احمدی‌نژاد، در واکنش به گزارش تازه وزارت علوم از ۳۷۷۲ بورسیه «بدون آزمون» و «خلاف قانون» در سال‌های ۸۸ تا ۹۲ مدعی شد که آئین‌نامه اعزام دانشجو به خارج بدون امتحان در دولت محمد خاتمی «تدوین» شده است.
وزارت علوم ایران روز جمعه، دوم آبان، در اطلاعیه‌ای ضمن اعلام نتایج بررسی پرونده نزدیک به چهار هزار نفر بورسیه از «لغو» ۸۶۳ بورس خبر داده بود که به گفته این وزارتخانه شرایطی چون معدل و سن را برای بورسیه شدن نداشته‌اند یا در زمان پذیرش اطلاعات نادرست ارائه کرده‌اند.
به گفته وزارت علوم، پذیرش دانشجوی بورسیه برای اعزام به خارج از کشور در دولت‌های نهم و دهم «برخلاف قانون» اعزام دانشجو مصوب سال ۱۳۶۴ مجلس شورای اسلامی، به جای برگزاری آزمون سراسری از طریق «فراخوان» انجام شده و این دستورالعمل در سال ۸۵ به تصویب وزیر وقت رسیده است.
محمدمهدی زاهدی، رئیس کمیسیون آموزش مجلس و وزیر علوم در دولت نهم، در واکنش به این بخش از گزارش وزارت علوم تصریح کرد: «این آئین‌نامه در زمان دولت اصلاحات و مدیریت چپ‌ترین وزیر علوم تاریخ بعد از انقلاب تدوین و اجرایی شده است و مستندات آن نیز موجود است، پس چگونه آن را به دولت احمدی‌نژاد نسبت می‌دهند؟»
به گزارش خبرگزاری فارس، وی روز شنبه، سوم آبان، از آن چه «بزرگ‌نمایی» در پرونده بورسیه‌ها خواند انتقاد کرده و افزود: «این بیانیه نشان داد که میزان تخلفات ادعا شده بسیار کمتر از از آن حدی بود که پیشتر اعلام شده بود.»
در مقابل این اظهارات، حجت‌الله درویش‌پور، عضو کمیسیون آموزش مجلس، گفت که برخی در تلاشند تا تخلفات در پرونده بورسیه‌ها را «بسیار محدود جلوه دهند» و افزود: «این در حالی است که در بندهای مختلف اطلاعیه وزارت علوم میزان تخلفات کاملا مشخص است.»
رضا منصوری، معاون وزیر علوم در دولت محمد خاتمی، نیز روز سوم آبان در یادداشتی در روزنامه ایران نوشت: «نگرانی و ترس عده‌ای در مقابل برخورد با بورسیه‌های غیرقانونی به این دلیل است که آنها سکوت دیروزشان را توجیه می‌کنند یا آن که برخی در این کار غیرقانونی شریک بوده‌اند و باید جوابگوی این تخلف باشند.»
برخی خبرگزاری‌ها و رسانه‌های ایران پیش از این خبر داده بودند که نام تعدادی از نمایندگان مجلس و فرزندان آنان از جمله نام فرزند و مسئول دفتر محمدمهدی زاهدی، وزیر علوم دولت احمدی‌نژاد و رئیس کمیسیون آموزش مجلس نهم، نیز در فهرست «بورسیه‌های غیرقانونی» به چشم می‌خورد.
سایت فرارو نیز روز ۲۶ شهریور ۹۲ خبر داده بود که سارا دانشجو، دختر کامران دانشجو، وزیر علوم در دولت دهم، در روزهای پایانی وزارت آقای دانشجو از دانشگاه تربیت مدرس بورسیه دکترا دریافت کرده است.
کامران دانشجو، وزیر علوم دولت دهم، اما انتشار لیست اسامی بورسیه‌ها را «جرم» دانست.
وی در مصاحبه‌ای که خبرگزاری فارس روز شنبه، سوم آبان، منتشر کرد تصریح کرد: «قضیه بورسیه‌ها من و عده زیادی را یاد بگم، بگم زمان انتخابات سال ۸۸ می‌اندازد که خیلی از همین آقایان که الان مسئول هستند و این بگم، بگم جدید را به راه انداخته‌اند آن را خلاف اخلاق و حتی خلاف قانون می‌دانستند.»
وزارت علوم در اطلاعیه روز جمعه خود بدون ذکر نام نوشته بود که «یک مدیر آموزش عالی» مشکلات خانوادگی خود را از طریق اعطای بورس «حل و فصل» کرده و «چند نفر در یک خانواده» بورسیه شده‌اند.
این وزارتخانه همچنین اعلام کرده بود که ۵۰۰ نفر از بورسیه‌شدگان «شاغل همراه با تحصیل» شناخته شده‌اند.
غلامرضا خواجه‌سروی، عضو شورای مرکزی بورس، در دولت سابق در این باره گفت: «ممکن است برخی از دانشجویان بورسیه کارمند دولت بوده باشند که خودشان باید استعفا می‌دادند و ربطی به وزارت علوم نداشته است.»
به گزارش خبرگزاری تسنیم، معاون فرهنگی وزارت علوم در دولت دهم همچنین گفت که اقدام تبدیل بورس خارج به داخل نیز کاری «کاملاً کارشناسی شده و قانونی» بوده است.
به گفته وزارت علوم، بورسیه‌های «تبدیل به داخل» در فاصله سال‌های ۱۳۸۸ تا ۱۳۹۲ برای اعزام به خارج کشور از طریق فراخوان پذیرش شده و بلافاصله «بدون هر گونه اقدامی» در جهت دریافت پذیرش علمی از دانشگاه‌های خارجی، بورس آنها به بورس تحصیلی داخل بدون شرکت در آزمون دکتری تبدیل شده است.
ساعاتی پس از انتشار گزارش وزارت علوم خبرگزاری فارس گزارش داده بود که «کمیته هماهنگی دانشجویان بورسیه» که توسط افراد بورسیه شده در دولت قبل تشکیل شده است، از رضا فرجی دانا، وزیر سابق علوم، تحقیقات و فناوری، و مجتبی صدیقی، رئیس سازمان دانشجویان وزارت علوم، به دلیل متهم کردن سه هزار و ۷۷۲ نفر با عنوان «بورسیه‌های غیرقانونی» شکایت می‌کند.