در ادامه واکنش‌ها به فایل صوتی آیت‌الله منتظری درباره اعدام زندانیان سیاسی و عقیدتی در سال ۶۷، تعدادی از نزدیکان آیت‌الله خمینی از جمله علی خمینی، نوه او، محسن رضایی و حسین موسوی تبریزی به این اقدام اعتراض کردند.
بر اساس گزارش روزنامه جمهوری اسلامی در روز شنبه، ۲۳ مرداد، علی خمینی، نوه آیت‌الله خمینی، در واکنش به انتشار فایل صوتی آیت‌الله منتظری و در دفاع از اعدام‌های سال ۶۷ سخن گفته است.
این در حالی است که در سخنان او اشاره مستقیمی به این فایل صوتی نشده و سخنان منتشر شده به نقل از علی خمینی شبیه به سخنان چندی پیش او در دفاع از اعدام دسته‌جمعی زندانیان سیاسی و عقیدتی در سال ۶۷ است.
علی خمینی در سخنان خود «ماجرای» سال ۶۷ را «حاصل مدیریت» آیت‌الله خمینی دانسته و گفته است: «چرا معاندان نظام چشم خود را به روی جنایات بی‌شمار منافقین بسته‌اند و صرفا اعدام تعدادی از آنها را جنایت می‌دانند؟»
نوه آیت‌الله خمینی اضافه کرد: «ناجوانمردانه است اگر نظام را متهم بکنیم که چرا تند با منافقین برخورد کرده است.»
وی تاکید کرد: «امروز یک عده دلسوز شدند می‌گویند چرا با اینها برخورد می‌کنید، چرا با منافقین برخورد کردید، چرا با بی‌حجاب برخورد کردید، چرا با کودن‌ها برخورد کردید. چه می‌کرد نظام با اینها؟ باید مبارزه می‌کرد، محکم هم باید برخورد می‌شد. الحمدلله شد و کشور آرامش را دید.»
علی خمینی شامگاه سه‌شنبه، ۱۱ خرداد، نیز در دفاع از اعدام اعضای گروه سازمان مجاهدین خلق در دهه ۶۰، این گروه را به ترور «بزرگان کشور» متهم کرده و گفته بود که اگر رهبر سابق جمهوری اسلامی «در مقابل این جنایات نرمش از خود نشان می‌داد، کشور... رنگ آرامش به خود نمی‌دید».
روز چهارشنبه هفته گذشته نیز محمدعلی انصاری، عضو دفتر آیت‌الله خمینی، در گفت‌وگو با وب‌سایت جماران فایل صوتی سخنان آیت‌الله حسینعلی منتظری درباره اعدام‌های سال ۶۷ را «مشحون از اغلاط و تحریفات» و «به دور از انصاف» دانسته بود که توسط «اطرافیان موذی» به او «القا شده است».
محمد موسوی بجنوردی، عضو شوراى عالى قضایى در دوران آیت‌الله خمینی و پدر زن حسن خمینی، نیز روز جمعه سخنان منتشر شده آیت‌الله منتظری را ناشی از به گفته وی، «اطلاعات غلطی» دانست که «مغرضانه» به وی منتقل شده است.
در همین حال حسین موسوی تبریزی، دادستان کل کشور در سال‌های ابتدایی رهبری آیت‌الله خمینی، انتشار این فایل صوتی را «به ضرر کشور» دانسته و افزود که انتشار آن باعث «سوء استفاده دشمنان انقلاب و نظام» شده است.
به گزارش وب‌سایت تابناک، وی زندانیان اعدام شده در جریان اعدام‌های دسته‌جمعی سال ۶۷ را متهم کرد که قصد داشتند همزمان با عملیات سازمان مجاهدین خلق در آن سال و ورود نیروهای این گروه به ایران، در زندان‌ها «شورش» کنند.
آیت‌الله منتظری در فایل صوتی منتشر شده از او، با اشاره به نقش احمد خمینی و وزارت اطلاعات برای برنامه‌ریزی این اعدام‌ها از سال‌ها قبل می‌گوید، احمد خمینی از چند سال قبل از این اعدام‌ها می‌گفته است که همه اعضای سازمان مجاهدین خلق حتی کسانی که نشریات این سازمان را مطالعه می‌کنند باید اعدام شوند.
اما محسن رضایی، دبیر مجمع تشخیص مصلحت نظام ایران، ضمن دفاع از احمد خمینی در صفحه اینستاگرام خود نوشت که او «بارها تلاش کرد که آیت‌الله منتظری از روبه‌رو شدن با امام کنار رود».
در همین حال احمد علم‌الهدی نماینده آیت‌الله خامنه‌ای در خراسان رضوی، انتشار فایل صوتی آیت‌الله منتظری را «گستاخانه» توصیف کرده و خواستار برخورد قاطع با احمد منتظری شده است.
در روزهای گذشته نیز برخی از رسانه‌های نزدیک به اصولگرایان انتشار فایل صوتی سخنان آقای منتظری را به برگزاری همایش سازمان مجاهدین خلق در پاریس و حضور ترکی الفیصل، رئیس سازمان سابق اطلاعات عربستان سعودی، در این همایش ربط داده و آن را نشان‌دهنده «برنامه‌ریزی» برای این اقدام دانسته‌اند.
رمضان شریف، مسئول روابط عمومی سپاه پاسداران، روز شنبه در یک سخنرانی بدون اشاره مستقیم به فایل صوتی سخنان آیت‌الله منتظری اعلام کرد که «تلاش مشکوک اخیر در تصویرسازی آثار حیات» گروه مجاهدین خلق «محکوم به شکست و رسوایی است».
مقام‌های جمهوری اسلامی پیش از این به ندرت درباره اعدام دسته‌جمعی زندانیان سیاسی و عقیدتی در تابستان سال ۶۷ سخن گفته‌اند.
اکثر زندانیان اعدام شده در آن سال را اعضای گروه‌هایی مانند سازمان مجاهدین خلق ایران، حزب توده ، فدائیان و دیگر گروه‌های چپگرا تشکیل می‌دادند که پیش از آن محاکمه شده و در حال گذراندن دوران زندان خود بودند.
به گفته آیت‌الله حسینعلی منتظری، آیت‌الله روح‌الله خمینی شخصا دستور اعدام «کسانی که در زندان‌های سراسر کشور بر سر موضع نفاق خود پافشاری کرده و می‌کنند» صادر کرد.
بسیاری از آن اعدام‌شدگان در گورستان خاوران، به شکل گمنام و در قبرهای دسته‌جمعی به خاک سپرده شدند.
نام و تعداد دقیق اعدام‌شدگان در آن سال هنوز کاملاً مشخص نیست. گزارشگر ويژه حقوق بشر سازمان ملل متحد تعداد این زندانيان سياسی اعدام شده را دست‌کم ۱۸۷۹ نفر اعلام کرده است.
اما آيت‌الله منتظری در خاطرات خود اين رقم را بین ۲۸۰۰ يا ۳۸۰۰ نفر اعلام کرده است، با تأکید بر این که رقم دقیق را به خاطر ندارد.
مقامات جمهوری اسلامی گروه مجاهدین خلق را به ترور تعدادی از مقامات بلندپایه جمهوری اسلامی و نیروهای نظامی و امنیتی متهم کرده‌اند.
از جمله انفجار دفتر حزب جمهوری اسلامی در هفتم تیر سال ۶۰ و انفجار در دفتر نخست‌وزیری در هشتم شهریور همان سال به گروه سازمان مجاهدین خلق منتسب شده، اما گزارش‌های متناقضی درباره نقش این گروه در این انفجارها منتشر شده است.