سخنگوی یک تشکل اصولگرا در ایران ضمن اشاره به درخواست گروه‌های سیاسی از حسن روحانی برای تغییر گزینه وزارت علوم، رئیس جمهور ایران را متهم کرد که با معرفی فخرالدین دانش آشتیانی برای تصدی وزارت علوم در پی «ایجاد چالش بین مجلس و دولت» است.
در همین حال محمدرضا تابش، نماینده مجلس، معتقد است که رای ندادن به وزیر پیشنهادی علوم می‌تواند به «تضعیف حاکمیت» منجر شود.
مجلس شورای اسلامی ایران قرار است روز سه‌شنبه، ۲۷ آبان‌ماه، در مورد گزینه تازه حسن روحانی برای ریاست بر وزارت علوم تصمیم‌گیری کند، گزینه‌ای که چند روزی است با اخطارها و پیش‌بینی‌های منفی روبه‌رو بوده است.
همزمان با این اظهار نظرها، جعفر میلی منفرد، اولین گزینه پیشنهادی حسن روحانی برای تصدی وزارت علوم، که انتصاب او به سمت معاون آموزشی این وزارتخانه انتقاد برخی از نمایندگان مجلس را سبب شده از سمت خود استعفا کرده است.
ابوالقاسم رئوفیان، سخنگوی جبهه ایستادگی ایران اسلامی، از تشکل‌های اصولگرای ایران، روز شنبه، ۲۴ آبان، در گفت‌وگو با خبرگزاری تسنیم تصریح کرد: «من نمی‌دانم چرا رئیس جمهور با انتخاب خود در این زمینه می‌خواهد به نوعی چالش بین مجلس و دولت به وجود آورد؛ البته در این زمینه لفظ مقابله را به کار نمی‌برم.»
آقای رئوفیان با اشاره به ارسال نامه‌ای با امضای هشت حزب و گروه سیاسی به رئیس جمهوری افزود: «من نامه‌ای را با امضای هشت گروه و حزب سیاسی برای آقای روحانی تنظیم کرده و در این نامه خواستار معرفی فرد دیگری برای تصدی وزارت علوم شده‌ایم.»
جبهه ایستادگی پیش از انتخابات مجلس نهم و با عضویت تعدادی از احزاب و شخصیت‌های سیاسی نزدیک به محسن رضایی، دبیر مجمع تشخیص مصلحت نظام ایران، تشکیل شد.
آقای رئوفیان با بیان این که مسئله در اینجا تنها گرفتن رأی اعتماد وزیر از مجلس نیست گفت: «مسئله، تعامل مثبت و مؤثر وزیری است که از مجلس رأی اعتماد می‌گیرد، البته ممکن است فردی با رأی ناپلئونی وزیر شود ولی او با مجلس مشکل خواهد داشت.»
در مقابل مخالفت‌های برخی از نمایندگان اصولگرای مجلس ایران با فخرالدین احمدی دانش آشتیانی، وزیر پیشنهادی حسن روحانی برای وزارت علوم، محمدرضا تابش، نماینده اردکان در مجلس، گفت که رای اعتماد به وزیر پیشنهادی علوم می‌تواند نقطه آغازی برای تعامل دوباره میان مجلس و دولت باشد.
وی اضافه کرد: «اگر این کاندیدای وزارت علوم هم رای نیاورد که از ویژگی‌های خوب و بالایی نیز برخوردار است، ممکن است به تضعیف حاکمیت منجر شود که این مسئله گناه نابخشودنی است، چرا که ممکن است مردم فکر کنند که مسئولان دچار جنگ قدرت شده‌اند.»
اما در حالی که جای وزیر علوم در کابینه حسن روحانی هنوز خالی است، روز شنبه همچنین جعفر میلی منفرد، معاون آموزشی، و سعید سمنانیان، مشاور وزیر و رئیس مرکز هیئت‌های امنای وزارت علوم، در نامه‌های جداگانه به محمدعلی نجفی، سرپرست این وزارتخانه، استعفای خود را اعلام کردند.
آقای میلی منفرد در نامه استعفای خود تصریح کرد: «اما اکنون که در شرف انتخاب وزیر علوم جدید توسط مجلس شورای اسلامی هستیم به منظور جلوگیری از هرگونه تضییقات و هموار کردن مسیر، استعفای خود را از معاونت آموزشی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری اعلام می‌دارم.»
جعفر میلی منفرد نخستین وزیر پیشنهادی حسن روحانی برای تصدی وزارت علوم بود که مجلس به وی رأی اعتماد نداد.
انتصاب آقای میلی منفرد به سمت معاون وزیر علوم از جمله دلایل استیضاح و برکناری رضا فرجی دانا، وزیر سابق علوم، در جلسه ۲۹ مردادماه مجلس بود.