با وجود «تقدير»امام جمعه تهران از تيم مذاکره اتمی ايران، امام جمعه مشهد توافق اتمی وين را «عبور و تجاوز» از خط قرمزهای رهبر جمهوری اسلامی خواند و از نمايندگان مجلس خواست که هنگام بررسی آن به «مسئوليت شرعی» خود «توجه ويژه داشته باشند.»
به گزارش خبرگزاری‌های فارس و مهر، احمد علم الهدی، امام جمعه مشهد در خطبه‌های روز جمعه، ۱۶ مرداد، همچنين از نمايندگان مجلس ايران خواست که اگر می‌خواهند توافق اتمی وين را تصويب کنند «به فکر آخرت خود باشند.»
آقای علم الهدی گفت: « هر چند که در اين توافقنامه اصول رهبری نقض شده است اما اگر نمايندگان به اين نتيجه برسند که رد اين توافقنامه برای کشور هزينه زيادی دارد ... بايد خود در برابر هر تصميمی که می‌گيرند پاسخگو باشند.»
گفته‌های آقای علم الهدی در حالی است که محمد امامی کاشانی، امام جمعه تهران،از «منطق علمی، تدبير و آرامش» تيم مذاکره اتمی ايران «تقدير» کرد و گفت که اين تيم توانسته است «با شجاعت» کاری را انجام دهد که مردم و رهبر جمهوری اسلامی « از آن پشتيبانی کنند.»
مواضع متفاوت امامان جمعه درباره توافق اتمی وين در حالی است که بر اساس گزارش‌ها، وزارت ارشاد ايران با استناد به مصوبات شورای عالی امنيت ملی از رسانه‌ها خواسته است که از «القای دوگانگی» مواضع «مقامات عالی رتبه» جمهوری اسلامی درباره توافق وين خودداری کنند.
در همين حال هيئت نظارت بر مطبوعات ايران روز دوشنبه، ۱۲ مرداد، ضمن «بررسی عملکرد» رسانه‌ها دربارهٔ مذاکرات اتمی ايران و گروه ۱+۵، هفته‌نامه ۹ دی به مدير مسئولی حميد رسايی، نماينده تهران در مجلس را توقيف کرد و پرونده آن را به دادگاه «ارجاع» داد.
با اين حال سيد هاشم حسينی بوشهری، امام جمعه قم، خواستار آن شد که به گفته او «باب نقد منصفانه توافق باز باشد چرا که همه معتقد هستند»، اين توافق دارای نقاط قوت و ضعف است.
وی در عين حال تاکيد کرد که اين توافق «پايان کار نيست و مراحل چندگانه ای دارد.»
بر اساس قانونی با عنوان «الزام دولت به حفظ دستاوردها و حقوق هسته‌ای» که در مجلس ايران تصويب شد و روز چهارشنبه سوم تير نيز به تصويب شورای نگهبان رسيد، «نتيجه مذاکرات» دربارهٔ برنامه اتمی ايران «بايد جهت تطبيق با قانون اساسی و مصوبات قانونی به مجلس ارائه شود.»
با اين حال برخی از مقامات دولت از جمله محمدباقر نوبخت، سخنگوی دولت و همچنين برخی از نمايندگان مجلس تأکيد کرده‌اند که «قرار نيست» مجلس به توافق اتمی وين رأی بدهد.
در همين حال علی لاريجانی، رئيس مجلس، گفته است که «شايد» اگر مجلس دربارهٔ اين توافق «نظر بدهد بهتر باشد»، ولی در بعضی از «معاهدات بين‌المللی» مهم مانند پذيرش قطعنامه ۵۹۸ سازمان ملل که به پايان جنگ ايران و عراق منجر شد، «نظر نداده است.»
با اين حال برخی از نمايندگان مجلس مانند احمد توکلی تأکيد کرده‌اند که اين توافق بايد به تصويب مجلس برسد، مگر اين که رهبر جمهوری اسلامی اين پرونده را به نهاد ديگری ارجاع دهد.