مهدی خزعلی فرزند آیت الله ابوالقاسم خزعلی می‌گوید گوید پدرش مخالف اعلام مرجعیت آیت الله خامنه‌ای در سال ۱۳۷۳ از سوی جامعه مدرسین قم بوده و مرجعیت او را قبول نداشته است. آیت‌الله خزعلی عضو مجلس خبرگان و شورای نگهبان بود.
آقای خزعلی در ویدئویی که به مناسبت سالگرد درگذشت ابوالقاسم خزعلی منتشر شده، گفته است پس از آنکه پدرش با مرجعیت آیت‌الله خامنه‌ای مخالفت کرد، از سوی یکی از مسئولان ارشد دفتر رهبر جمهوری اسلامی برای استعفا از عضویت در شورای نگهبان تحت فشار قرار گرفت.
رادیو فردا در گفت‌وگویی که با مهدی خزعلی داشت ابتدا در مورد جزییات مخالفت پدرش با مرجعیت رهبر فعلی جمهوری اسلامی پرسیده است.
مهدی خزعلی: در جلسات متعدد و مکرر همیشه این مخالفت را ابراز می‌کردند. معتقد بودند همان طور که در تمام رساله‌های عملی موجود است، شرط تقلید اعلمیت است و ایشان برای مقام رهبری اعلمیت را قائل نبودند.
حتی در آغاز، در آن صحبت در سالگرد پدر بود من عرض کردم، حتی در جلسه شورای فقاهتی که شب‌های چهارشنبه در بیت رهبری داشتند و فقهای آنجا به عنوان مشاور ایشان مسائل مورد بحث فقهی را برای رهبری بحث می‌کردند؛ در یک جلسه آنجا آقای جنتی میفرمایند استفتایی که شما پاسخ دادید، که بلافاصله مرحوم پدر اعتراض می‌کنند که شما مگر فتوا می‌دهید؟ و رهبری میفرمایند نخیر، من بیان فتوای امام را کردم. و ایشان می‌گویند خب اگر بیان فتوا و نقل فتوا باشد اشکالی ندارد.
ابولقاسم خزعلی
یعنی می‌خواستند بگویند شما صاحب فتوا نیستید و فتوا خاص مرجعیت اعلم است. در نهایت این مسیر ادامه پیدا می‌کند. من درهمان سخنرانی که در سالگرد پدر داشتم عرض کردم دعوتی شد از سوی وزارت اطلاعات در ساختمان بهشتی که ایشان بعد از نماز ظهر برای پرسنل و زارت اطلاعات سخنرانی کنند. آن زمان سعید امامی تلاش زیادی می‌کرد برای جا انداختن مرجعیت رهبری. در آن جلسه به پدر گفتم که اگر در آنجا سئوالی شد سئوالی را جواب ندهید راجع به مرجعیت. برای اینکه در سپاه و اطلاعات از هرکه می‌پرسیم مقلد چه کسی هستی به شوخی برگزار می‌کنند یا می‌گویند مقلد رهبری.
کسی جرات ندارد برای تقلید اسمی غیر از رهبری را بیاورد. ایشان هم پذیرفتند و سخنرانی را کردند و بعد از سخنرانی پای صحبت سئوال شد راجع به مرجعیت و ایشان گفتند بنا ندارم وارد این بحث شوم. آمدند سوار ماشین شدند که بیایند منزل. با هم توی ماشین بودیم. معاونین وزارت که شاگردان حضرت آیت‌الله در مدرسه حقانی بودند آمدند گفتند برای خود ما بگویید. نظر شما برای مرجعیت کیست؟
ایشان گفتند من به بچه‌های خودم گفتم که از آقای سیستانی تقلید کنند. آقایان گفتند نظر شما راجع به مرجعیت رهبری چیست؟ ایشان خیلی برآشفته شدند و گفتند نکنید این کار را و با مرجعیت شیعه بازی نکنید. رهبری ایشان را تضعیف می‌کنید و مرجعیتش را جا نمی‌اندازید. برعکس، رهبری ایشان تضعیف می‌شود. ایشان نیازی ندارد. حکم حکومتی رهبر بر مراجع هم نافذ است و نیازی ندارند.
این قصه گذشت و نهایتا بعد از آیت‌الله گلپایگانی و آیت‌الله اراکی بحث مرجعیت رسید به نسل بعد و شاگردان اینها. و خب در جامعه مدرسین بحث شد و ایشان رسما رفت شجاعانه پشت تریبون و سخنرانی کرد و گفت با مرجعیت شیعه بازی نکنید. بگذارید روال عادی‌اش باشد و آن کسی که اعلم است مرجع شود. حتی این جمله را گفت همه جامعه مدرسین یادشان هست که کدامتان حاضرید به فتوای ایشان بچه‌تان وضو بگیرد و بایستد و نماز بخواند؟ آنها را به یک چالش فقهی و فقاهتی کشید. نهایتا رای گیری شد و با رای بعضی از اینهایی که غایب بودند و تلفنی، شش نفر که نفر ششمی آقای خامنه‌ای بودند به عنوان مرجع معرفی شدند به جامعه. ایشان حرکت کرد آمد تهران رفت خدمت رهبری و گفت اینها اشتباه کردند. شما نپذیرید.
آقای حجازی از بیت رهبری آمدند که باید استعفا بدهید یا اگر نباشد عزل است. طبیعتا ایشان انتخاب کردند که استعفا بدهند. وگرنه اگر نبود عزل می‌شدند و علت هم نپذیرفتن مرجعیت بود.مهدی خزعلی
شما نپذیرید، بزرگ می‌شوید. می‌خواهم بگویم اینها مغایر با این نیست که ایشان دربست از رهبری حمایت می‌کرد به عنوان اینکه حفظ نظام از اوجب واجبات است و بایستی از ولی فقیه دفاع کرد. اما بحث علمی بود و بحث اعلمیت بود و اینکه مرجعیت و تقلید فقط از اعلم جایز است. ایشان کوتاه نمی‌آمد. به ایشان گفت اینها اشتباه کردند. شما نپذیرید بزرگ می‌شوید.
رهبری به ایشان فرمودند که به من گفتند از من تقاضا کردند برای خارج از کشور، برای لبنان. با این عنوان دیگر ایشان نتوانست رهبری را مجاب کند. در جلسه شب‌های چهارشنبه شورای فقاهتی در یک جلسه‌ای ایشان می‌گوید من با شما کار خصوصی دارم. آخرین نفر آقای جنتی خارج می‌شوند از جلسه و ایشان می‌ماند و رهبری. ایشان (آیت‌الله خزعلی) میفرمایند، همین آقای جنتی که از در خارج شد در شورای نگهبان می‌گوید تقلید از شما جایز نیست و بعد در جاهای دیگر در خطبه‌های نماز جمعه به گونه دیگر عمل می‌کند. که رهبری می‌فرماید اگر بی‌‌تقوایی کردند...
در ویدئویی که شما منتشر کردید گفتید که به هر حال فشارهایی بوده از سوی یکی از مسئولان ارشد دفتر رهبر جمهوری اسلامی برای استعفای پدر شما از عضویت در شورای نگهبان. در این زمینه اگر ممکن است بیشتر توضیح دهید.
پدر، مرا خواست اتاقش و به من گفت آقای حجازی سه بار آمده و از من می‌خواهد که استعفا بدهم. من به خاطر تو هنوز مانده‌ام. گفتم پدرجان من خدا دارم. نیازی نیست. شما استعفا بدهید و استقلال‌تان را حفظ کنید. به خاطر من نمی‌خواهد این منصب را حفظ کنید.
نهایتا ایشان استعفا را نوشتند. البته در استعفا نوشتند به علت کهولت سن. در صورتی که آن موقع ۷۵ سال داشتند و ۱۵ سال بعد ایشان عضو خبرگان رهبری بود و تا ده سال بعد از آن که ایشان سکته کردند لااقل فعالیتی داشت، از این ور به آن ور می‌رفت، سخنرانی می‌کرد. بحث حافظه نبود. نخیر از ایشان خواستند استعفا بدهند. آقای امامی کاشانی هم همین‌طور. آقای حجازی از بیت رهبری آمدند که باید استعفا بدهید یا اگر نباشد عزل است. طبیعتا ایشان انتخاب کردند که استعفا بدهند. وگرنه اگر نبود عزل می‌شدند و علت هم نپذیرفتن مرجعیت بود.