رهبر جمهوری اسلامی در حکمی علی اکبر ولایتی را به عنوان رئیس هیأت مؤسس دانشگاه آزاد منصوب کرد. پیش از این اکبر هاشمی رفسنجانی عهده دار این سمت بود.
این حکم روز پنج شنبه،۳۰ دی، صادر و روز جمعه،۱ دی، در رسانه‌های ایران منتشر شده است.
به گزارش خبرگزاری ایسنا،آیت الله علی خامنه ای، در این حکم اعلام کرد که اساسنامه دانشگاه آزاد که به تصویب شورای عالی انقلاب فرهنگی رسیده، درباره چگونگی انتخاب رئیس هیأت مؤسس این دانشگاه«سکوت» کرده است.
وی تاکید کرد که به دلیل به گفته او،«فقدان تأثرانگیز»اکبر هاشمی رفسنجانی،رئیس سابق هیأت موسس دانشگاه آزاد، و «ضرورت تسریع» در انتخاب فرد جانشین،آقای ولایتی را به این سمت منصوب کرده «تا هیچ‌گونه وقفه‌ای» در اداره این دانشگاه به وجود نیاید.
رهبر جمهوری در این حکم همچنین اعلام کرد که «انتظار جدّی» دارد، اعضای هیأت مؤسس و هیأت امناء دانشگاه آزاد و شورای عالی انقلاب فرهنگی در تکمیل اعضای هیأت مؤسس و هیأت امنای این دانشگاه« همکاری» کنند.
علی اکبر ولایتی، در دولت های اکبر هاشمی رفسنجانی و میرحسین موسوی وزیر خارجه بوده و مشاور رهبر جمهوری اسلامی در امور بین الملل است.پس از انتخاب حسن روحانی به سمت ریاست جمهوری، وی جانشین آقای روحانی در سمت ریاست مرکز تحقیقات استراتژیک مجمع تشخیص مصلحت نظام شد.
حکم رهبر جمهوری اسلامی درحالی صادر شده است که مالکیت دانشگاه آزاد و نحوه اداره آن از سال ۱۳۸۸ موضوع درگیری میان دولت محمود احمدی نژاد و اکبر هاشمی رفسنجانی رئیس هیأت موسس این دانشگاه بود.
هیأت امنای دانشگاه آزاد در هفتم شهريور سال ۱۳۸۸ در بيانيه‌ای اعلام کرده بود که «همه اموال منقول و غير منقول دانشگاه آزاد اسلامی وقف شده است».
درمقابل شوراى عالى انقلاب فرهنگى به رياست محمود احمدى نژاد روز ۲۴ فروردين ماه ۱۳۸۹ اساسنامه دانشگاه آزاد اسلامى را اصلاح و براى اجرا ابلاغ كرد.
بر اساس اين اساسنامه، دانشگاه آزاد به عنوان موسسه اى با «اموال عمومى» تعريف شد و تركيب اعضاى هیأت امناى آن كه رئيس دانشگاه آزاد را انتخاب مى كند به نفع دولت تغيير يافت.
با بالا گرفتن جنجال ها، آيت الله على خامنه اى، رهبر جمهورى اسلامى، هیأتی را مامور كرد كه به اين اختلاف رسيدگى كند. وى سرانجام اواسط مهرماه ۱۳۸۹ اعلام كرد كه وقف دانشگاه آزاد اسلامى «داراى اشكالات اساسى فقهى و حقوقى است».
شوراى عالى انقلاب فرهنگى نیز در جلسه سه شنبه، ۱۱ آبان ماه ۱۳۸۹ ، به رياست محمود احمدى نژاد تعريف دانشگاه آزاد از يك موسسه «عمومى و غير دولتى» را به موسسه اى «غير خصوصى و غير دولتى» تغيير داد كه بر اساس آن، «اعضاى هیأت موسس، هيئت امنا و مديران دانشگاه هيچگونه حق مالكيت و حق انتفاع شخصى بر اموال دانشگاه ندارند».
در اسفندماه سال ۱۳۹۰ نیز پس از کشمکش بسیار، فرهاد دانشجو، برادر کامران دانشجو، وزیر علوم محمود احمدی‌نژاد جانشین عبدالله جاسبی در سمت ریاست دانشگاه آزاد شد.
پس از به قدرت رسیدن دولت حسن روحانی، هیأت امنای دانشگاه آزاد اسلامی روز ۲۷ شهریور ۱۳۹۲ فرهاد دانشجو را برکنار و حمید میرزاده را به عنوان سرپرست این دانشگاه انتخاب کرد.