سیاست‌های اجتماعی، اقتصادی و فرهنگی رژیم جمهوری اسلامی بعضا حتی با ابهام اعلام شده‌اند اما سیاست‌های این رژیم در حوزه دین عموما ناگفته مانده‌اند، گرچه رفتارهای رژیم یک دسته سیاست مشخص را در حکومت ولایت فقیه گواهی می‌دهند. در دستگاه حکومتی نهادهایی برای تنظیم و تصویب سیاست‌های اجتماعی، اقتصادی و فرهنگی وجود دارد اما هیچ نهادی متکفل و پاسخگوی سیاست‌های دینی نیست.
راهی که حکومت دینی در ایران در برابر اهل سنت، دراویش، بهاییان، گروه‌های معنویت گرا، شیعیان دگر اندیش، نهادهای دینی شیعی و افراد غیر دیندار در پیش گرفته نمایانگر سیاست‌هایی است که هیچ جا به صراحت اعلام نشده‌اند اما بیش ازسی سال است که اجرا می شوند. این رژیم اهداف و چشم‌اندازهای مشخصی را در حوزه دین و دینداری دنبال می کرده است بدون آن که آنها را به دینداران و نهادهای دینی اعلام کند.
هدف حکومت از سیاست‌هایی که خواهند آمد مشخصا فراهم آوردن بستر مناسب برای تامین نیازهای معنوی همه شهروندان، تقویت بنیه نهادهای دینی متعلق به همه ادیان و مذاهب در چارچوب قانون، همریستی مسالمت آمیز و بسط مدارا و تساهل میان اهل ادیان و حتی حفظ و تقویت شیعه دوازده امامی نیست بلکه نگه داشتن جمعیت باورمند به ایدئولوژی حکومتی یعنی اسلامگرای و حذف رقبای این ایدئولوژی است. هدف اصلی همه سیاست‌ها در دراز مدت مرگ همه نظام‌های باور غیر از ایدئولوژی اسلامگرایی است.
برای از میان بردن یک دین یا آیین غیر از نقض روزمره حقوق دینی تک تک دینداران و غیر دینداران باید روش‌هایی را اتخاذ کرد که این دین و آیین اولا بروزی در فضای عمومی پیدا نکند، ثانیا هر گونه امکان تبلیغ و ترویج و انتقال آن به نسل بعد از آن گرفته شود، ثالثاافراد جرات نکنند به آن بگروند، رابعا نهادهای مربوط به آن اجازه تاسیس پیدا نکنند یا اگر وجود دارند تخریب شوند، و خامسا پیروان آن مدام مورد تعقیب قضایی و فشار واقع شوند. جمهوری اسلامی همه این روش‌ها را در قالب سیاست‌هایی مشخص دنبال کرده است و این سیاست ها به تساوی در مورد همه ادیان از جمله شیعه معترض به حکومت به کار گرفته شده‌اند. در صورت اِعمال هر یک از این روش‌ها ادعای آزادی یک دین یا ادیان در جوامع، دروغی بیش نیست.
محدودیت عبادت جمعی
عبادت جمعی در فضای عمومی به نوعی احساس هویت جمعی مذهبی منجر می شود که همواره به نهادینه شدن یک آیین و تقویت باورها و دستورهای آن در میان پیروان منجر می شود. در شهرهای بزرگ کشور مجوز حتی تاسیس یک مسجد برای اهل سنت که دین به رسمیت شناخته شده در کشور است صادر نمی شود. اهل سنت در شیراز سال‌ها در اواخر دهه پنجاه و اوایل دهه شصت در نمازخانه دانشکده مهندسی دانشگاه شیراز نماز جمعه برگزار می کردند اما امام جمعه آنها بازداشت و اندکی بعد اعدام شد. بهاییان و دراویش نیز از محلی برای برگزاری مراسم دینی خویش محروم‌اند. اجازه تاسیس کنیسه یا کلیساهای تازه نیز داده نمی‌شود.
محدودیت انتقال دانش و تبلیغ
هیج دینی بجز شیعه حکومتی در ایران مجاز به تبلیغ و ترویج و آموزش عمومی نیست. آنها که به اندازه محدودی به این کار مشغولند مدام تحت فشار حکومت و دستگاه های اطلاعاتی و امنیتی آن هستند. به عنوان مثال «پاک‌سازی حوزه های علميه سيستان و بلوچستان از وجود اتباع بيگانه در دستور كار مسئولان قرار دارد و ما با جديت اين موضوع را پيگيری كرده [ایم].» (حميدی، امام جمعه موقت زاهدان، کیهان، ۱۶ آبان ۱۳۸۸) این در حای است که «ده هزار نفر از همین طلاب خارجی در قم تنها در «جامعه المصطفی» مشغول تحصیل اند که اغلبشان اهل سنت‌اند و نیز در حوزه امام خمینی و بقیه حوزه‌های علمیه قم مشغول تحصیل‌اند و عده ای از آنان در حوزه علمیه گرگان در مدرسه ای که مخصوص طلاب خارجی و تاجیکستانی تاسیس شده است درس می‌خوانند در حالی که در آنجا استاد هم شیعه و اکثر کتاب‌هایشان هم از کتب اهل تشیع است.» (مولوی عبدالحمید، سنی نیوز، ۱۰ ابان ۱۳۸۸)
اهل ادیان غیر از شیعه و نیز شیعیان مخالف از هرگونه رسانه‌ای در داخل کشور محروم‌اند. شیعیان دگراندیش و روحانیون آنها حتی به یک مسجد برای برگزاری نماز یا دیگر آیین‌های خود دسترسی ندارند. محدودیت نشر و سانسور و ضرورت فقدان دسترسی رسانه‌ای بالاخص متوجه دیگر باوران و اهل دیگر ادیان است. حکومت دارای مدارای صفر در برابر فعالیت رسانه‌ای و گردهمایی اهل دیگر ادیان و شیعیان دگراندیش است.
قتل مرتدان
تخریب نهادها
موارد تخریب نهادهای اهل دیگر ادیان و آیین‌ها جزء اعمال روزمره حکومت دینی است. در این مورد می توان به تخریب مدرسه عظیم آباد اهل سنت در سیستان و بلوچستان و تخریب حسینیه‌های دراویش در قم و بروجرد اشاره کرد. تخریب نهادها به قبرستان نیز بسط می‌یابد. بسیاری از قبرستان‌های بهایی‌ها در سی سال اخیر تخریب شده‌اند. رژیمی که خود هر روز در حال تاسیس مسجد و مدرسه دینی است و صدها میلیون دلار از منابع کشور را صرف ساختن مسجد و مدرسه دینی در دیگر کشورها می کند (مثل مساجدی که توسط بنیاد علوی در ایالات متحده تاسیس شدند یا مساجدی که در آمریکای لاتین ساخته می‌شوند) این حق را از اهل دیگر ادیان دریغ می‌دارد. یکی از وجوه دینی بودن این حکومت عدم بی طرفی ایدئولوژیک آن است که در مواجهه با نهادهای دینی به خوبی نمایان شده است. رژیم جمهوری اسلامی از آزادی مذهبی در دیگر کشورها برای تبلیغ و ترویج شیعه حکومتی بهره می‌برد در حالی که در داخل کشور کم‌ترین سطح آزادی مذهبی را تحمل نمی‌کند.
تعقیب قضایی فعالان دینی
فعالان دینی بالاخص بهاییان، تبشیری‌های مسیحی، اهل سنت و شیعیان معترض مدام مورد تعقیب دستگاه قضایی و اطلاعات سپاه و وزارت اطلاعات قرار می‌گیرند. در این میان حتی مراجع شیعه نیز مستثنی نیستند: حساب‌های بانکی آنها بسته، دفاتر آنها پلمب و نزدیکان آنها بازداشت می شوند. روحانیونی که به جدایی دین و دولت باور داشته باشند یا به ایدئولوژی دینی دیگری باور داشته باشند مورد تعقیب قرار می‌گیرند و به آنها فشار وارد می‌آید تا خلع لباس شوند. از منظر حکومت که در یک طرف رقابت‌های دینی ایستاده و دین را ابزار مشروعیت سیاسی خود قرار می دهد، دگر باوران نوعی تهدید امنیتی برای حکومت به حساب می آیند.
راهی که حکومت دینی در ایران در برابر اهل سنت، دراویش، بهاییان، گروه‌های معنویت گرا، شیعیان دگر اندیش، نهادهای دینی شیعی و افراد غیر دیندار در پیش گرفته نمایانگر سیاست‌هایی است که هیچ جا به صراحت اعلام نشده‌اند اما بیش ازسی سال است که اجرا می شوند. این رژیم اهداف و چشم‌اندازهای مشخصی را در حوزه دین و دینداری دنبال می کرده است بدون آن که آنها را به دینداران و نهادهای دینی اعلام کند.
هدف حکومت از سیاست‌هایی که خواهند آمد مشخصا فراهم آوردن بستر مناسب برای تامین نیازهای معنوی همه شهروندان، تقویت بنیه نهادهای دینی متعلق به همه ادیان و مذاهب در چارچوب قانون، همریستی مسالمت آمیز و بسط مدارا و تساهل میان اهل ادیان و حتی حفظ و تقویت شیعه دوازده امامی نیست بلکه نگه داشتن جمعیت باورمند به ایدئولوژی حکومتی یعنی اسلامگرای و حذف رقبای این ایدئولوژی است. هدف اصلی همه سیاست‌ها در دراز مدت مرگ همه نظام‌های باور غیر از ایدئولوژی اسلامگرایی است.
«هدف حکومت ایران نگه داشتن جمعیت باورمند به ایدئولوژی حکومتی یعنی اسلامگرای و حذف رقبای این ایدئولوژی است.»
امروز حکومت دینی نمی‌تواند همانند شاهان صفوی در یک روز ده‌ها نفر از روحانیون اهل سنت را قتل عام کند تا پیروان آنها یا به سکوت و انزوای کامل پناه برند یا تغییر دین دهند. همچنین نمی‌توان با کشتار جمعی پیروان این مشکل را حل کرد، کاری که دولت قاجار با پیروان باب و بهاییان کرد. رژیم در برابر میلیون‌ها گوشی تلفن همراه که فیلمبرداری می کنند نمی تواند به این گونه کشتارها دست زند اما از هر اقدام دیگری که مستلزم مرگ تدریجی دگر باوری باشد استقبال می‌کند.
برای از میان بردن یک دین یا آیین غیر از نقض روزمره حقوق دینی تک تک دینداران و غیر دینداران باید روش‌هایی را اتخاذ کرد که این دین و آیین اولا بروزی در فضای عمومی پیدا نکند، ثانیا هر گونه امکان تبلیغ و ترویج و انتقال آن به نسل بعد از آن گرفته شود، ثالثاافراد جرات نکنند به آن بگروند، رابعا نهادهای مربوط به آن اجازه تاسیس پیدا نکنند یا اگر وجود دارند تخریب شوند، و خامسا پیروان آن مدام مورد تعقیب قضایی و فشار واقع شوند. جمهوری اسلامی همه این روش‌ها را در قالب سیاست‌هایی مشخص دنبال کرده است و این سیاست ها به تساوی در مورد همه ادیان از جمله شیعه معترض به حکومت به کار گرفته شده‌اند. در صورت اِعمال هر یک از این روش‌ها ادعای آزادی یک دین یا ادیان در جوامع، دروغی بیش نیست.
محدودیت عبادت جمعی
عبادت جمعی در فضای عمومی به نوعی احساس هویت جمعی مذهبی منجر می شود که همواره به نهادینه شدن یک آیین و تقویت باورها و دستورهای آن در میان پیروان منجر می شود. در شهرهای بزرگ کشور مجوز حتی تاسیس یک مسجد برای اهل سنت که دین به رسمیت شناخته شده در کشور است صادر نمی شود. اهل سنت در شیراز سال‌ها در اواخر دهه پنجاه و اوایل دهه شصت در نمازخانه دانشکده مهندسی دانشگاه شیراز نماز جمعه برگزار می کردند اما امام جمعه آنها بازداشت و اندکی بعد اعدام شد. بهاییان و دراویش نیز از محلی برای برگزاری مراسم دینی خویش محروم‌اند. اجازه تاسیس کنیسه یا کلیساهای تازه نیز داده نمی‌شود.
محدودیت انتقال دانش و تبلیغ
هیج دینی بجز شیعه حکومتی در ایران مجاز به تبلیغ و ترویج و آموزش عمومی نیست. آنها که به اندازه محدودی به این کار مشغولند مدام تحت فشار حکومت و دستگاه های اطلاعاتی و امنیتی آن هستند. به عنوان مثال «پاک‌سازی حوزه های علميه سيستان و بلوچستان از وجود اتباع بيگانه در دستور كار مسئولان قرار دارد و ما با جديت اين موضوع را پيگيری كرده [ایم].» (حميدی، امام جمعه موقت زاهدان، کیهان، ۱۶ آبان ۱۳۸۸) این در حای است که «ده هزار نفر از همین طلاب خارجی در قم تنها در «جامعه المصطفی» مشغول تحصیل اند که اغلبشان اهل سنت‌اند و نیز در حوزه امام خمینی و بقیه حوزه‌های علمیه قم مشغول تحصیل‌اند و عده ای از آنان در حوزه علمیه گرگان در مدرسه ای که مخصوص طلاب خارجی و تاجیکستانی تاسیس شده است درس می‌خوانند در حالی که در آنجا استاد هم شیعه و اکثر کتاب‌هایشان هم از کتب اهل تشیع است.» (مولوی عبدالحمید، سنی نیوز، ۱۰ ابان ۱۳۸۸)
اهل ادیان غیر از شیعه و نیز شیعیان مخالف از هرگونه رسانه‌ای در داخل کشور محروم‌اند. شیعیان دگراندیش و روحانیون آنها حتی به یک مسجد برای برگزاری نماز یا دیگر آیین‌های خود دسترسی ندارند. محدودیت نشر و سانسور و ضرورت فقدان دسترسی رسانه‌ای بالاخص متوجه دیگر باوران و اهل دیگر ادیان است. حکومت دارای مدارای صفر در برابر فعالیت رسانه‌ای و گردهمایی اهل دیگر ادیان و شیعیان دگراندیش است.
قتل مرتدان
«تخریب نهادهای دینی به قبرستان نیز بسط می‌یابد.» (در عکس: گورستان خاوران. سالیان سال از این گورستان از جمله برای دفن کسانی از کیش و آیین دیگری به جز شیعه استفاده می‌شد.)
در موارد متعدد احکام زندان و اعدام برای گروندگان به ادیان دیگر غیر از تشیع صادر شده و در مواردی بدون صدور این احکام گروندگان به دیگر ادیان (مثل کشیش دیباج) سلاخی شده‌اند. کشیش میکاییلیان نیز به همراه دیباج سلاخی شد و این جنایات با اعترافاتی تلویزیونی پای مجاهدین خلق نوشته شد. گروهی از کسانی که به دین مسیحیت گرویده‌اند در زندان به سر می‌برند. تغییر دین از شیعی‌گری به دیگر ادیان جرم است در حالی که تغییر دین به شیعی‌گری با پاداش مواجه می‌شود. صدور احکام قتل و اعدام برای کسانی که دین خود را تغییر می‌دهند متوجه به ارعاب در جامعه برای حفظ یکدستی موهوم دینی و ایدئولوژیک است.
تخریب نهادها
موارد تخریب نهادهای اهل دیگر ادیان و آیین‌ها جزء اعمال روزمره حکومت دینی است. در این مورد می توان به تخریب مدرسه عظیم آباد اهل سنت در سیستان و بلوچستان و تخریب حسینیه‌های دراویش در قم و بروجرد اشاره کرد. تخریب نهادها به قبرستان نیز بسط می‌یابد. بسیاری از قبرستان‌های بهایی‌ها در سی سال اخیر تخریب شده‌اند. رژیمی که خود هر روز در حال تاسیس مسجد و مدرسه دینی است و صدها میلیون دلار از منابع کشور را صرف ساختن مسجد و مدرسه دینی در دیگر کشورها می کند (مثل مساجدی که توسط بنیاد علوی در ایالات متحده تاسیس شدند یا مساجدی که در آمریکای لاتین ساخته می‌شوند) این حق را از اهل دیگر ادیان دریغ می‌دارد. یکی از وجوه دینی بودن این حکومت عدم بی طرفی ایدئولوژیک آن است که در مواجهه با نهادهای دینی به خوبی نمایان شده است. رژیم جمهوری اسلامی از آزادی مذهبی در دیگر کشورها برای تبلیغ و ترویج شیعه حکومتی بهره می‌برد در حالی که در داخل کشور کم‌ترین سطح آزادی مذهبی را تحمل نمی‌کند.
تعقیب قضایی فعالان دینی
فعالان دینی بالاخص بهاییان، تبشیری‌های مسیحی، اهل سنت و شیعیان معترض مدام مورد تعقیب دستگاه قضایی و اطلاعات سپاه و وزارت اطلاعات قرار می‌گیرند. در این میان حتی مراجع شیعه نیز مستثنی نیستند: حساب‌های بانکی آنها بسته، دفاتر آنها پلمب و نزدیکان آنها بازداشت می شوند. روحانیونی که به جدایی دین و دولت باور داشته باشند یا به ایدئولوژی دینی دیگری باور داشته باشند مورد تعقیب قرار می‌گیرند و به آنها فشار وارد می‌آید تا خلع لباس شوند. از منظر حکومت که در یک طرف رقابت‌های دینی ایستاده و دین را ابزار مشروعیت سیاسی خود قرار می دهد، دگر باوران نوعی تهدید امنیتی برای حکومت به حساب می آیند.