طرحی که آیت الله خامنه‌ای و وفاداران به وی در حکومت ایران، از ابتدای حکومت وی به اجرا در آورده اند ایجاد مجتمع‌های نظامی – ایدئولوژیک بود، از طریق:
تاسیس و تقویت دانشگاه‌های نظامی و انتظامی مثل دانشگاه امام حسین که تکنوکرات‌های رژیم را تحت آموزش روحانیت باورمند به نظریه‌های افراطی پرورش می دهند.
تاسیس مراکز آموزشی و پژوهشی در قم و تهران زیر نظر روحانیونی با قرائت میلیتاریستی مثل آیت‌الله مصباح یزدی (موسسه‌ی آموزشی و پژوهشی امام خمینی، دانشگاه باقر العلوم) جهت تربیت نیروهای آموزش دهنده این ایدئولوژی و تزریق آنها به قوای نظامی و امنیتی.
و سپردن دستگاه‌های تبلیغاتی رسانه ای نظام مثل شبکه های رادیویی و تلویزیونی، مطبوعات حکومتی، وب سایت های خبری، خبرگزاری ها، و سازمان‌های تبلیغاتی مثل سازمان تبلیغات اسلامی به نیروهای نظامی- روحانی که به همه‌ی امور کشور از منظر امنیتی و تهدید نگاه می‌کنند.
همکاری حوزه و سپاه
برنامه‌ای را که حکومت می خواست برای نزدیکی حوزه و دانشگاه به اجرا در آورد و موفق نبود میان حوزه و سپاه انجام شد و تا حدی موفق بوده است. طرح همکاری حوزه و دانشگاه حتی هنگامی که در اختیار مصباح و شاگردانش قرار گرفت تا متون درسی و اساتید را اسلامی کنند سرانجامی نیافت چون دانشگاهیان نمی‌توانستند و نمی‌خواستند تحت امر حکومت قرار گیرند و استقلال فکری خود را از دست بدهند. اما دستگاه رهبری و نظام آموزشی تمامیت طلبانه آیت‌الله مصباح یزدی چنین مشکلی را با نظامیان نداشتند و این نیروها که بنا به تعریف مطیع هستند به سادگی تحت انقیاد ایدئولوژیک دستگاه انسان سازی حکومت مطلقه قرار گرفتند.
سپاه پاسداران با فرماندهی نیروهای کاملا وفادار به خامنه ای بهشت دستگاه انسان سازی قرائت فاشیستی- میلیتاریستی از دین بود تا این نظامیان مطیع و جویای قدرت را به عناصر اجرایی مدیریت کشور و جهان بر اساس آموزه‌های تمامیت طلبانه تبدیل کند.
تقلیل حکومت به قوای قهریه
روحانیتی اکنون کرسی‌های قدرت در ایران را در اختیار دارد که به حکومت تنها از مجرای قوه‌ی قهریه باور دارد و فرماندهان سپاه نیز عناصری هستند که توسط روحانیتِ مضمحل شده در نیروهای امنیتی و نظامی دست چین شده‌اند. مرز میان روحانیت و نظامیگری در این جمع برداشته شده است: روحانیون وفادار دوره های مختلف نظامی و امنیتی را طی کرده اند و نظامیان مرتبا در محضر مصباح و شاگردان فکری وی آموزش ایدئولوژیک می بینند. این دسته از روحانیون توسط دستگاه رهبری انتخاب شده‌اند و همه از حیث ایدئولوژیک به مکتب اسلام با قرائت فاشیستی/میلتاریستی مصباح تعلق دارند. در این مکتب، رهبری و قوای تحت امر آن مشروعیت خود را از رای مردم نمی گیرند و منصوب خداوند تلقی می شوند. انتصاب آنها نیز صرفا از مجرای قهر و غلبه صورت گرفته است که همان «مساوقت قدرت و حق» است یعنی همان که قدرت فائقه را دست دارد حق و مشروع نیز هست. خداوند در این قرائت همانا قوه‌ی قاهره است و هرکس که قوه‌ی قاهره‌ی سیاسی را در دست داشته باشد طبعا منصوب برگزیده‌ی وی است. سرلشکر حسن فیروزآبادی رئیس ستاد کل نیروهای مسلح در این مورد می گوید:: «خداوند متعال ما را انتخاب کرده تادر برابر دشمنان اسلام و اين ملت عزيز و اين كشور بزرگ، جانمان را فدا كنيم.» (کیهان، ۲۱ تیر ۱۳۸۸)
روحانیت حاکم در این رژیم در واقع فرماندهی نیروهای نظامی و انتظامی را دست دارد و بدون توجه به لباس باید آنها را ژنرال‌های جریان حاکم به حساب آورد. با این وضعیت، این که خامنه‌ای و جنتی و اژه‌ای و حسینیان لباس روحانی دارند و بنا بر این حکومت دست نظامیان نیست استدلال چندان درستی به نظر نمی رسد. از این افراد نظامی‌تر و امنیتی‌تر در کشور وجود ندارد. دوگانگی نظامی- روحانی در حکومت میلیتاریستی ولایت فقیه رنگ باخته است.
ولی فقیه، دیکتاتور نظامی
این که می گوییم حکومت ایران دیگر یک دیکتاتوری نظامی تمام عیار است به این معنا نیست که حساب ولی فقیه را از فرماندهان سپاه و بسیج جدا می کنیم و او را بازیچه‌ی دست نظامیان می پنداریم. ولی فقیه خود یک روحانی نظامی- امنیتی و دیکتاتور نظامی است و افراد بیت و کابینه‌اش عموما ژنرال‌های نظامی و نیروهای امنیتی‌‌اند تنها لباس دیگری بنا به اقتضائات سیاسی در بر دارند. ولی فقیه در این رژیم فقط به نیروهای نظامی و امنیتی پیرامونش اعتماد دارد.
رهبری این رژیم اکنون نه به عنوان یک روحانی یا رهبر قانونی کشور بلکه به عنوان فرماندهی کل قوا حکم می راند. او از ابتدا این شان رهبری را جدی تر گرفت و کل نیروهای انتظامی، نظامی، امنیتی و قضایی را مستقیما تحت نظر خویش قرار داد و همه منتقدان و مخالفان خویش را از آنها تصفیه کرد.
مجتمع‌های نظامی- صنعتی- ایدئولوژیک
اگر در دهه‌های اول و دوم حکومت خامنه‌ای برنامه‌ی وی شکل گیری مجتمع های نظامی- روحانی بود، در دهه‌ی سوم تشکیل و تقویت مجتمع های نظامی- صنعتی- روحانی مد نظر قرار خواهند گرفت. در صورت غلبه رژیم بر جنبش اعتراضی سبز، شکل گیری این مجتمع‌ها با حدت بیشتری پیگیری خواهد شد. حکومت دیکتاتوری نظامی ولایت فقیه چاره ای بجز تجهیز هر چه بیشتر نیروهای نظامی به سلاح‌های پیشرفته و ایدئولوژی فاشیسم اسلامی و تجهیز روحانیت- نظامیان حاکم به قوای قهریه ندارد تا در برابر موج‌های اعتراضی در داخل و خارج کشور دوام بیاورد.
اکنون ولی فقیه با پیگیری برنامه‌های موشکی و اتمی و تمرکز آن در سپاه در پی شکل دادن به موسسات نظامی- صنعتی- ایدئولوژیک است که روحانیت در آن وظیفه‌ی دفاع از کیان حکومت مطلقه‌ی ولایت فقیه و توجیه نیروهای نظامی و صنعتگران را برای حفظ نظام و گوش به فرمان پیشوا بودن را بر عهده دارد. در دو دهه‌ی گذشته بیشترین سرمایه گذاری بر روی امور نظامی و روحانیت و صنایع دفاعی و دستگاه های پشتیبان آنها (مثل سیستم تبلیغاتی حکومت) صورت گرفته است و دستگاه تئوریک و آموزشی مصباح و دستگاه امنیتی رهبری این سه را در هم فرو برده است. آنجا که حکومت از علم و تکنولوژی سخن می گوید علم و تکنولوژی در خدمت صنایع نظامی و دستگاه تبلیغاتی کشور مد نظر است. برنامه‌ی هسته ای و موشکی کشور کاملا در اختیار سپاه پاسداران است و سپاه نیز تحت امر ژنرال‌های نظامی- روحانی است که تحت امر ولی فقیه هستند. خامنه‌ای از تجربه‌ی خود به عنوان نماینده‌ی ولی فقیه در ارتش در دوران خمینی برای هدایت نیروهای نظامی به خوبی بهره برده است.
تاسیس و تقویت دانشگاه‌های نظامی و انتظامی مثل دانشگاه امام حسین که تکنوکرات‌های رژیم را تحت آموزش روحانیت باورمند به نظریه‌های افراطی پرورش می دهند.
تاسیس مراکز آموزشی و پژوهشی در قم و تهران زیر نظر روحانیونی با قرائت میلیتاریستی مثل آیت‌الله مصباح یزدی (موسسه‌ی آموزشی و پژوهشی امام خمینی، دانشگاه باقر العلوم) جهت تربیت نیروهای آموزش دهنده این ایدئولوژی و تزریق آنها به قوای نظامی و امنیتی.
و سپردن دستگاه‌های تبلیغاتی رسانه ای نظام مثل شبکه های رادیویی و تلویزیونی، مطبوعات حکومتی، وب سایت های خبری، خبرگزاری ها، و سازمان‌های تبلیغاتی مثل سازمان تبلیغات اسلامی به نیروهای نظامی- روحانی که به همه‌ی امور کشور از منظر امنیتی و تهدید نگاه می‌کنند.
همکاری حوزه و سپاه
برنامه‌ای را که حکومت می خواست برای نزدیکی حوزه و دانشگاه به اجرا در آورد و موفق نبود میان حوزه و سپاه انجام شد و تا حدی موفق بوده است. طرح همکاری حوزه و دانشگاه حتی هنگامی که در اختیار مصباح و شاگردانش قرار گرفت تا متون درسی و اساتید را اسلامی کنند سرانجامی نیافت چون دانشگاهیان نمی‌توانستند و نمی‌خواستند تحت امر حکومت قرار گیرند و استقلال فکری خود را از دست بدهند. اما دستگاه رهبری و نظام آموزشی تمامیت طلبانه آیت‌الله مصباح یزدی چنین مشکلی را با نظامیان نداشتند و این نیروها که بنا به تعریف مطیع هستند به سادگی تحت انقیاد ایدئولوژیک دستگاه انسان سازی حکومت مطلقه قرار گرفتند.
سپاه پاسداران با فرماندهی نیروهای کاملا وفادار به خامنه ای بهشت دستگاه انسان سازی قرائت فاشیستی- میلیتاریستی از دین بود تا این نظامیان مطیع و جویای قدرت را به عناصر اجرایی مدیریت کشور و جهان بر اساس آموزه‌های تمامیت طلبانه تبدیل کند.
تقلیل حکومت به قوای قهریه
روحانیتی اکنون کرسی‌های قدرت در ایران را در اختیار دارد که به حکومت تنها از مجرای قوه‌ی قهریه باور دارد و فرماندهان سپاه نیز عناصری هستند که توسط روحانیتِ مضمحل شده در نیروهای امنیتی و نظامی دست چین شده‌اند. مرز میان روحانیت و نظامیگری در این جمع برداشته شده است: روحانیون وفادار دوره های مختلف نظامی و امنیتی را طی کرده اند و نظامیان مرتبا در محضر مصباح و شاگردان فکری وی آموزش ایدئولوژیک می بینند. این دسته از روحانیون توسط دستگاه رهبری انتخاب شده‌اند و همه از حیث ایدئولوژیک به مکتب اسلام با قرائت فاشیستی/میلتاریستی مصباح تعلق دارند. در این مکتب، رهبری و قوای تحت امر آن مشروعیت خود را از رای مردم نمی گیرند و منصوب خداوند تلقی می شوند. انتصاب آنها نیز صرفا از مجرای قهر و غلبه صورت گرفته است که همان «مساوقت قدرت و حق» است یعنی همان که قدرت فائقه را دست دارد حق و مشروع نیز هست. خداوند در این قرائت همانا قوه‌ی قاهره است و هرکس که قوه‌ی قاهره‌ی سیاسی را در دست داشته باشد طبعا منصوب برگزیده‌ی وی است. سرلشکر حسن فیروزآبادی رئیس ستاد کل نیروهای مسلح در این مورد می گوید:: «خداوند متعال ما را انتخاب کرده تادر برابر دشمنان اسلام و اين ملت عزيز و اين كشور بزرگ، جانمان را فدا كنيم.» (کیهان، ۲۱ تیر ۱۳۸۸)
روحانیت حاکم در این رژیم در واقع فرماندهی نیروهای نظامی و انتظامی را دست دارد و بدون توجه به لباس باید آنها را ژنرال‌های جریان حاکم به حساب آورد. با این وضعیت، این که خامنه‌ای و جنتی و اژه‌ای و حسینیان لباس روحانی دارند و بنا بر این حکومت دست نظامیان نیست استدلال چندان درستی به نظر نمی رسد. از این افراد نظامی‌تر و امنیتی‌تر در کشور وجود ندارد. دوگانگی نظامی- روحانی در حکومت میلیتاریستی ولایت فقیه رنگ باخته است.
ولی فقیه، دیکتاتور نظامی
این که می گوییم حکومت ایران دیگر یک دیکتاتوری نظامی تمام عیار است به این معنا نیست که حساب ولی فقیه را از فرماندهان سپاه و بسیج جدا می کنیم و او را بازیچه‌ی دست نظامیان می پنداریم. ولی فقیه خود یک روحانی نظامی- امنیتی و دیکتاتور نظامی است و افراد بیت و کابینه‌اش عموما ژنرال‌های نظامی و نیروهای امنیتی‌‌اند تنها لباس دیگری بنا به اقتضائات سیاسی در بر دارند. ولی فقیه در این رژیم فقط به نیروهای نظامی و امنیتی پیرامونش اعتماد دارد.
رهبری این رژیم اکنون نه به عنوان یک روحانی یا رهبر قانونی کشور بلکه به عنوان فرماندهی کل قوا حکم می راند. او از ابتدا این شان رهبری را جدی تر گرفت و کل نیروهای انتظامی، نظامی، امنیتی و قضایی را مستقیما تحت نظر خویش قرار داد و همه منتقدان و مخالفان خویش را از آنها تصفیه کرد.
مجتمع‌های نظامی- صنعتی- ایدئولوژیک
اگر در دهه‌های اول و دوم حکومت خامنه‌ای برنامه‌ی وی شکل گیری مجتمع های نظامی- روحانی بود، در دهه‌ی سوم تشکیل و تقویت مجتمع های نظامی- صنعتی- روحانی مد نظر قرار خواهند گرفت. در صورت غلبه رژیم بر جنبش اعتراضی سبز، شکل گیری این مجتمع‌ها با حدت بیشتری پیگیری خواهد شد. حکومت دیکتاتوری نظامی ولایت فقیه چاره ای بجز تجهیز هر چه بیشتر نیروهای نظامی به سلاح‌های پیشرفته و ایدئولوژی فاشیسم اسلامی و تجهیز روحانیت- نظامیان حاکم به قوای قهریه ندارد تا در برابر موج‌های اعتراضی در داخل و خارج کشور دوام بیاورد.
اکنون ولی فقیه با پیگیری برنامه‌های موشکی و اتمی و تمرکز آن در سپاه در پی شکل دادن به موسسات نظامی- صنعتی- ایدئولوژیک است که روحانیت در آن وظیفه‌ی دفاع از کیان حکومت مطلقه‌ی ولایت فقیه و توجیه نیروهای نظامی و صنعتگران را برای حفظ نظام و گوش به فرمان پیشوا بودن را بر عهده دارد. در دو دهه‌ی گذشته بیشترین سرمایه گذاری بر روی امور نظامی و روحانیت و صنایع دفاعی و دستگاه های پشتیبان آنها (مثل سیستم تبلیغاتی حکومت) صورت گرفته است و دستگاه تئوریک و آموزشی مصباح و دستگاه امنیتی رهبری این سه را در هم فرو برده است. آنجا که حکومت از علم و تکنولوژی سخن می گوید علم و تکنولوژی در خدمت صنایع نظامی و دستگاه تبلیغاتی کشور مد نظر است. برنامه‌ی هسته ای و موشکی کشور کاملا در اختیار سپاه پاسداران است و سپاه نیز تحت امر ژنرال‌های نظامی- روحانی است که تحت امر ولی فقیه هستند. خامنه‌ای از تجربه‌ی خود به عنوان نماینده‌ی ولی فقیه در ارتش در دوران خمینی برای هدایت نیروهای نظامی به خوبی بهره برده است.