دایی آیت‌الله علی خامنه‌ای، در نامه‌ای انتقادی از عملکرد و سیاست‌های خواهرزاده خود، از او خواسته‌است «تا دیرتر از این نشده و دوران شما پایان نیافته و شیرازه امور به کل از هم نپاشیده و ملک و ملت از دست نرفته، مشی خود را تغییر دهید» و «ناهنجاری‌ها را جبران کنید».
حسین میردامادی در نامه‌ای که وب‌سایت کلمه ۲۹ دی ماه منتشر کرده، آشکارا از رفتار رهبر جمهوری اسلامی در قبال برخی از چهره‌های سیاسی ایران مانند اکبر هاشمی رفسنجانی، محمد خاتمی، زهرا رهنورد، میرحسین موسوی یا مهدی کروبی انتقاد کردهاست.
او در این نامه به وضعیت سیاسی ایران، زندانیان سیاسی و عقیدتی و روزنامه‌نگاران و فعالان حقوق بشر اعتراض کرده و می‌گوید «هنوز زمان، کاملا از دست نرفته و از آفتاب رو به غروب عمر شاید رشحه‌ای باقی باشد. محبت، مدارا و رعایت کرامت انسانی و وفا به آیین وفا و مهربانی را جایگزین خشونت، کین‌کِشی، مظلوم‌کُشی و انحصارطلبی کنید».
آقای میردامادی خواستار آزادی زندانیان سیاسی، چهره‌های معترض به انتخابات ۱۳۸۸ و «گوش دادن به نصایح آیت‌الله فقید هاشمی رفسنجانی» در آخرین نماز جمعه او در پی اعتراضات ۸۸ شده‌است.
آقای هاشمی رفسنجانی در آخرین خطبه نماز جمعه خود خواستار تغییر روشِ حکومت در قبال اعتراض‌ها و رسیدگی به خواسته‌های معترضان شده بود. پس از آن اجازه پیدا نکرد در نماز جمعه دیگری شرکت کند و مکررا هدف حملات و انتقاد گروه‌ها و چهره‌هایی نزدیک به رهبر جمهوری اسلامی قرار گرفت.
حسین میردامادی در بخشی از این نامه می‌گوید «حذف [اکبر هاشمی رفسنجانی] از امامت جمعه، کنارگذاشتن از ریاستِ خبرگان، ردصلاحیت در کاندیداتوری ریاست جمهوری سال ۹۲… قطعا بدون اذن، اجازه و مشورت با رهبری و یا دست‌کم سکوت او صورت نگرفته است».
او سپس به رفتارهای علی خامنه‌ای با محمد خاتمی اشاره کردهاست. دایی رهبر جمهوری اسلامی به او یادآوری که «حتی رای مرحله دوم آقای خاتمی به مراتب از آرای مرحله دوم ریاست جمهوری خودِ آقای خامنه‌ای بیشتر بود».
آقای میردامادی نوشته با وجود «تمام خدماتی» که رئیس‌جمهوری اسبق ایران انجام داده او حتی اجازه پیدا نکرد در مراسم خاکسپاری هاشمی رفسنجانی شرکت کند و وقتی حسن خمینی «واسطه می‌شود»، «باز هم از بیت رهبری مانع می‌شوند». حسین میردامادی این وضعیت را «تراژیک و تناقض‌آلود» توصیف کردهاست.
محمد خاتمی، با وجود این، به‌تازگی ابراز امیدواری کرده آنچه ایجاد «آشتی نسبی» در ایران در پی درگذشت رئیس مجمع تشخیص مصلحت توصیف کرده، ادامه پیدا کند.
در مراسم خاکسپاری اکبر هاشمی رفسنجانی -با وجود گذشت نزدیک به هشت سال از اعتراضات به انتخاب محمود احمدی‌نژاد، سرکوبی و نیز بازداشت‌های گسترده معترضان- در حمایت از چهره‌های معترض شعار داده شد.
دایی رهبر جمهوری اسلامی در پایان نامه‌اش از آیت‌الله خامنه‌ای خواسته‌است «به حصر خانگی آقایان میرحسین موسوی و مهدی کروبی و خانم زهرا رهنورد» پایان دهد. «دستور آزادی همه زندانیان سیاسی و عقیدتی، روزنامه‌نگاران و هواداران حقوق بشر، از زن و مرد، پیر و جوان، را که احیانا منتقد شما بوده‌اند و در زندان‌های طویل‌المدت به سر می‌برند و برخی مادران اطفال خرد‌سال هستند» صادر کند. و با استفاده از «حکم حکومتی خود» به دادگاه‌های انقلاب و نظامی و انتظامی و دادگاه ویژه روحانیت دستور دهد «از صدور احکام خشن و بر خلاف رضای خدا، مانند حکم ۲۰ سال زندان برای آقای شیخ احمد منتظری به صِرف انتشار فایل صوتی سخنان دلسوزانه مرحوم آیت‌الله منتظری پس از درگذشت ایشان قویا دوری گزینند».
احمد منتظری، در هفته اول آذر ماه، به دلیل انتشار فایل صوتی آیت‌الله منتظری درباره اعدام‌های گسترده سال ۱۳۶۷ به ۲۱ سال زندان محکوم شد، و گزارش شده با تجمیع مجازات‌ها شش سال از این حکم اجرا خواهد شد.
حسین میردامادی پیش از این نیز نامه‌هایی انتقادی به خواهرزاده خود نوشته بود؛ از جمله پس از اعدام یک روحانی شیعه در عربستان و حملات لفظی شدید رهبر جمهوری اسلامی به ریاض، در نامه‌ای گفته بود انتقادات از عربستان «به حق است» و همچنین «به عینه گویای واقعیت در داخل کشور جمهوری اسلامی ایران نسبت به اغلب زندانیان سیاسی، عقیدتی و روزنامه‌نگارانِ حق‌گوی تحت فشار است».
حسین میردامادی، دایی کوچک آیت‌الله خامنه‌ای، ساکن مشهد است. او پدر سراج‌الدین میردامادی، فعال اصلاح‌طلب و فرزند هاشم میردامادی نجف‌آبادی، روحانی سرشناس در جریان «قیام مسجد گوهرشاد» است.