دبیر شورای عالی امنیت ملی و رئیس ستاد کل نیروهای مسلح ایران تاکید کردند که حمله موشکی سپاه پاسداران به مواضع داعش، با مصوبه شورای عالی امنیت ملی انجام شده و وزیر دفاع نیز گفته‌ها مبنی بر هماهنگ نبودن این حمله با این شورا و دولت را « اشتباه و شیطنت» خواند.
به گزارش خبرگزاری ایسنا، علی شمخانی دبیر شورای عالی امنیت ملی ایران، روز جمعه دوم تیر و در راهپیمایی «روز قدس» در مصاحبه‌ای گفت که حمله موشکی سپاه پاسداران علیه گروه حکومت اسلامی (داعش) در سوریه، «با اراده» رهبر جمهوری اسلامی و مصوبه شورای عالی امنیت ملی انجام شد.
وی یادآوری کرد که مصوبات شورای عالی امنیت ملی باید به تایید رهبر جمهوری اسلامی برسد.
در همین حال، محمد حسین باقری رئیس ستاد کل نیروهای مسلح ایران نیز گفت که اجرای این عملیات «پیشنهاد سپاه و نیروهای مسلح بود و شورای عالی امنیت ملی از آن استقبال کرد».
وی تاکید کرد که درباره این حمله «طبق سلسله مراتب نیروهای مسلح» و فرماندهی رهبر جمهوری اسلامی تصمیم‌گیری شده است.
آقای باقری خواستار آن شد که بحث‌ها درباره این موضوع پایان یابد.
حسین دهقان، وزیر دفاع ایران، نیز مطالب مطرح شده درباره «عدم هماهنگی» این حمله با دولت و شورای عالی امنیت ملی را «اشتباه و شیطنت» خواند.
حسن روحانی، رییس‌جمهوری ایران، روز ۳۰ خرداد اعلام کرده بود که شورای عالی امنیت ملی درباره حمله موشکی علیه گروه حکومت اسلامی تصمیم‌گیری کرده است.
یک روز بعد اما سپاه پاسداران در بیانیه‌ای اعلام کرد که این عملیات موشکی «در سلسله مراتب نظامی و با هماهنگی ستاد کل نیروهای مسلح و تحت امر» رهبر جمهوری اسلامی انجام شده است.
محمود علوی وزیر اطلاعات نیز گفته بود که اطلاعات مربوط به مقر گروه حکومت اسلامی توسط این وزارتخانه در اختیار سپاه پاسداران قرار گرفته است.
با این حال سپاه پاسداران در اطلاعیه خود اعلام کرده بود که «تمامی مراحل شناسایی و جمع‌آوری اطلاعات» توسط خود این نهاد انجام شده است.
وزیر اطلاعات ایران اما روز جمعه بار دیگر تاکید کرد که «خلاف» نگفته و سخنان سابقش در این باره درست است.
در واکنش به بیانیه سپاه پاسداران، همچنین حمید ابوطالبی معاون سیاسی دفتر رئیس‌جمهوری در توئیتر خود نوشت که «در کشور هیچ تصمیم مهمی اخذ نشده، مگر آنکه در شورای عالی امنیت ملی بحث و اتخاذ شده باشد؛ از نابودی تروریست‌های منافق در عراق تا تروریست‌های داعش در سوریه».
عبارت «تروریست‌های منافق» در توئیت آقای ابوطالبی می‌تواند اشاره به سازمان مجاهدین خلق باشد. اشاره تلویحی معاون سیاسی دفتر رئیس‌جمهوری ایران به حمله موشکی به اردوگاه سازمان مجاهدین خلق در سال‌های گذشته در حالی است که جمهوری اسلامی تاکنون مسئولیت این حملات را نپذیرفته است.
در حملات راکتی به اردوگاه لیبرتی (آزادی) در عراق طی سال‌های گذشته شماری از نیروهای سازمان مجاهدین خلق کشته شدند.
آقای ابوطالبی همچنین نوشت: «موشک همان موشک است و هواپیما همان هواپیما. برون مرزی همان برون مرزی. حمله مقتدرانه همان حمله مقتدرانه و شورای عالی امنیت ملی همان شورای عالی. رییس‌جمهور مسئول و ضامن اجرای قانون اساسی و رییس شورای عالی امنیت ملی است؛ بعد از این انتخابات باشکوه، هیمنه قانون اساسی را نشکنیم».
حمله موشکی سپاه پاسداران علیه گروه حکومت اسلامی (داعش) پس از حملات روز ۱۷ خرداد به مجلس شورای اسلامی و آرامگاه آیت الله خمینی در تهران صورت گرفت. گروه حکومت اسلامی مسئولیت این حملات را که ۱۷ کشته و بیش از ۵۰ زخمی بر جای گذاشت، بر عهده گرفته است.
مقام‌های نظامی و سیاسی جمهوری اسلامی ایران از «موفقیت‌آمیز» بودن حملات موشکی به استان دیرالزور سوریه سخن گفته‌اند. این در حالی است که روزنامه هاآرتص به نقل از مقام‌های نظامی اسرائیل نوشت که تنها دو موشک از هفت موشک ایران به اهداف مورد نظر اصابت کرده‌اند.