رهبر جمهوری اسلامی ایران روز دوشنبه ۲۹ شهریور در حکمی عضویت علی شمخانی و سعید جلیلی در شورای‌عالی امنیت ملی را به عنوان دو نماینده خود، برای یک دوره سه ساله دیگر تمدید کرد.
علی شمخانی روز ۲۱ شهریور ۹۲ و پس از انتصاب به سمت دبیری شورای‌عالی امنیت ملی به عنوان نماینده رهبر جمهوری اسلامی دراین شورا انتخاب شده بود.
آقای شمخانی در دولت محمد خاتمی، رییس جمهوری اسبق ایران، وزیر دفاع، و در دوره‌ای قائم مقام فرمانده سپاه پاسداران بود.
سعید جلیلی در دولت محمود احمدی نژاد، رییس جمهوری سابق ایران، دبیر شورای‌عالی امنیت ملی و رییس تیم مذاکره اتمی ایران بود و روز ۱۹ شهریور ۹۲ نیز به عنوان نماینده رهبر جمهوری اسلامی دراین شورا انتخاب شده بود.
آقای جلیلی در انتخابات ریاست جمهوری سال ۹۲ از سوی گروه‌هایی چون «جبهه پایداری» و برخی دیگر از گروه‌های نزدیک به رهبر جمهوری اسلامی حمایت می‌شد.
او یکی از منتقدان جدی توافق اتمی وین و اقدامات دولت حسن روحانی در حوزه سیاست خارجی است.
شورای عالی امنیت ملی ایران بر اساس اصل ۱۷۶ قانون اساسی تشکیل شده و «تعیین سیاست‌های دفاعی - امنیتی» و «بهرهگیری از امکانات مادی و معنوی کشور برای مقابله با تهدیدهای داخلی و خارجی» از وظایف این شورا است.
رهبر جمهوری اسلامی دراین شورا دو نماینده دارد و روسای سه قوه، رییس ستاد کل نیروهای مسلح، فرماندهان سپاه و ارتش و وزیران خارجه، اطلاعات و کشور از اعضای این شورا هستند.
این شورا یکی از مراکز مهم تصمیم‌گیری در جمهوری اسلامی محسوب می‌شود. مذاکرات اتمی در دولت محمد خاتمی و محمود احمدی‌نژاد با ریاست دبیر شورای‌عالی امنیت ملی انجام می‌شد اما در دولت حسن روحانی این مذاکرات تحت نظر وزارت خارجه انجام شد.
توافق اتمی وین نیز پیش از تصویب در مجلس در شورای‌عالی امنیت ملی ایران تصویب شده بود.
موضوع پذیرش استانداردهای گروه ویژه اقدام مالی (فتف) از جمله جدیدترین موضوعاتی است که در این شورا در حال بررسی است.
کمال خرازی رییس شورای راهبردی روابط خارجی ایران روز ۲۷ شهریور خبر داده بود که شورای عالی امنیت ملی «شرایط جدیدی» را برای پذیرش این توافق تصویب کرده است.
پیش از این نیز، مقام‌های قوه قضائیه ایران اعلام کرده بودند که حصر میرحسین موسوی و مهدی کروبی، رهبران جنبش سبز و ممنوع التصویر شدن محمد خاتمی رییس جمهوری اسبق ایران با تصمیم شورای عالی امنیت ملی انجام شده اما مقامات دولت وجود مصوبه‌هایی در این زمینه را تکذیب کرده‌اند.
در همین حال علی شمخانی دبیر شورای عالی امنیت ملی ایران روز ۱۱ تیر اعلام کرده بود که این شورا در حال حاضر نمی‌تواند در خصوص رسیدگی به موضوع حصر میرحسین موسوی، مهدی کروبی و زهرا رهنورد گزارش بدهد.
دبیرخانه شورای‌عالی امنیت ملی ایران در دوره ریاست سعید جلیلی در نامه‌هایی به رسانه‌ها، انتشار برخی از اخبار و گزارش‌ها را ممنوع کرده بود.