آیت‌الله علی خامنه‌ای روز چهارشنبه دوم تیرماه وارد جنجال موسوم به «حقوق‌های نجومی» برخی مدیران دولتی در ایران شد و گفت که «موضوع حقوق‌های نجومی، هجوم به ارزش‌ها است».
رهبر جمهوری اسلامی در مراسم افطاری با حسن روحانی، رییس جمهوری، و اعضای هیات دولت ایران در عین حال گفت که «این موضوع از استثناء‌ها است و اکثر مدیران دستگاه‌ها، انسان‌های پاک‌دست هستند، اما همین تعداد کم نیز خیلی بد است و باید حتماً با آن برخورد شود».
به گزارش پایگاه اینترنتی دفتر آیت‌الله خامنه‌ای، وی تاکید کرد که «این موضوع نباید شامل مرور زمان شود بلکه باید حتماً به صورت جدی پیگیری، و نتیجه آن به اطلاع مردم رسانده شود».
وی همچنین گفته است: «بر اساس اطلاعاتی که به من رسیده است، میزان دریافتی مدیران در بیشتر دستگاه‌ها، در حد معقول است و دریافتی‌های کلان، مربوط به تعداد اندکی از مدیران است که باید با همین موارد اندک هم برخورد قاطعانه انجام شود».
موضوع حقوق‌های بالا از دو ماه پیش توسط رسانه‌های نزدیک به اصولگرایان کلید زده شد و در نخستین مرحله، فیش حقوقی برخی از مدیران بیمه مرکزی ایران فاش شد که استعفای رییس این بیمه را به دنبال داشت.
در هفته‌های بعد، فیش‌های حقوقی مدیران وزارت بهداشت، مدیرعامل بانک رفاه، صندوق توسعه ملی، مدیران بانک تجارت و مدیرعامل صندوق بازنشستگی فولاد منتشر شد.
سخنگوی دولت حسن روحانی از حقوق بالای برخی مدیران دولتی عذرخواهی کرده و رییس جمهوری ایران نیز به معاون اول خود دستور داده است تا درباره این موضوع تحقیق شود.
با این حال، آقای روحانی روز ۲۶ خرداد در دیدار مقام‌های نظام اسلامی با آیت‌الله خامنه‌ای ضمن ابراز نارضایتی از دامن زدن به جنجال حقوق مدیران دولتی در رسانه‌ها گفت: «اگر در گوشه‌ای چند نفر حقوق بالاتری را برداشت کردند، آن را تبدیل به مسئله ملی نکنیم و دولت نیز گوش شنوایی برای شنیدن نقد‌ها دارد».
ولی‌الله سیف، رییس بانک مرکزی ایران، نیز روز چهارشنبه گفت که ماجرای مشهور به حقوق‌های نجومی، تحت تاثیر «شرایط سیاسی» بوده و در آن تا «حد زیادی مبالغه» شده است.
دیوان محاسبات از سوی مجلس شورای اسلامی و سازمان بازرسی کل کشور نیز وارد این پرونده شده‌اند، با این حال هنوز گزارشی در این زمینه منتشر نشده است.