نایب رئیس مجلس شورای اسلامی بار دیگر از ایجاد حصر و محدودیت علیه فعالان سیاسی در ایران انتقاد کرد و گفت: «نمی‌شود عده‌ای در پشت پرده تصمیماتی بگیرند و به هیچ کس هم پاسخگو نباشند».
علی مطهری این اظهارات را در واکنش به سخنان روز ۲۷ مهر حسین نجات، جانشین رئیس اطلاعات سپاه پاسداران، ابراز کرد که گفته بود: محدودیت‌های جدید برای محمد خاتمی، رئیس‌جمهوری اسبق ایران، «همان است که در سال ۸۹ تصویب شده و چیز جدیدی نیست».
نایب رئیس مجلس ایران روز جمعه ۲۸ مهر با ابراز تردید درباره وجود مصوبه شورای امنیت ملی برای ایجاد محدودیت علیه آقای خاتمی، در عین حال تاکید کرده که به فرض وجود چنین مصوبه‌ای، «شورای عالی امنیت ملی نمی‌تواند جایگزین قوه قضائیه شود و برای یک متهم مجازات تعیین و اجرا کند».
وی با اشاره به اظهارات جانشین رئیس اطلاعات سپاه گفته که «خوب است متن مصوبه مورد نظر جناب آقای نجات به اطلاع عموم برسد. همچنین لازم است متن نامه‌ای که اخیراً به رؤیت آقای خاتمی رسانده و رفته‌اند منتشر شود تا معلوم شود آیا محدودیت جدیدی ایجاد شده یا خیر».
آقای مطهری خبر داده که چند شب پیش مأموران امنیتی مانع رفتن محمد خاتمی به جلسه‌ای شده‌اند که قبلاً در آن شرکت می‌کرده است.
بر اساس گزارشی که سایت «کلمه» نزدیک به میرحسین موسوی منتشر کرده بود، ماموران امنیتی روز چهارشنبه ۲۶ مهر با حضور در مقابل خانه محمد خاتمی «برای چندمین بار طی ماه‌های اخیر مانع از خروج وی شدند».
به گفته این سایت، ماموران امنیتی به آقای خاتمی اعلام کرده‌اند که «دستور دارند مانع خروج وی» از خانه و شرکت در مراسمی شوند که بنا بود رئیس‌جمهوری سابق ایران در آن حضور یابد. این جلسه ظاهرا قرار بوده که در بنیاد باران برگزار شود.
آقای مطهری در ادامه یادداشت خود چنین محدودیت‌هایی را «برخلاف اصول ۳۲ تا ۳۷ قانون اساسی» دانسته و تصریح کرده است: «نمی‌شود عده‌ای در پشت پرده تصمیماتی بگیرند و هرچند وقت یک بار از نزول آیه‌ای خبر بدهند و به هیچ کس هم پاسخگو نباشند، نه به مجلس و نه مستقیماً به مردم».
وی افزوده است: «فقط می‌دانیم عده‌ای ناشناخته مصلحت نظام را تشخیص می‌دهند و هرکس را که صلاح بدانند در حصر و محدودیت قرار می‌دهند و هر وقت هم صلاح بدانند، مثلاً نزدیک به موت او، وی را آزاد می‌کنند».
حسین نجات در بخش دیگری از سخنان روز ۲۷ مهر خود خواستار به اصطلاح «توبه» میرحسین موسوی، زهرا رهنورد و مهدی کروبی، از رهبران معترض به نتایج انتخابات ۸۸ شده و افزوده بود: «اگر این افراد توبه کنند و جریان فتنه را محکوم کنند، نظام آنها را سوار کشتی نجات خواهد کرد».
علی مطهری این بخش از اظهارات جانشین رئیس اطلاعات سپاه را نیز رد کرده و گفته که «توبه نمی‌تواند یک‌طرفه باشد. اگر قرار بر توبه است، هم کسانی که زمینه فتنه را فراهم و هیزم آن را جمع‌آوری کردند باید توبه کنند و هم کسانی که آن را شعله‌ور ساختند».
به نظر می‌رسد اشاره وی به محمود احمدی‌نژاد، رئیس‌جمهوری پیشین ایران، باشد که آقای مطهری پیشتر خواستار محاکمه او به دلیل نقشی شده که در ناآرامی‌های سال ۸۸ داشته است.
نایب رئیس مجلس ایران در یادداشت خود افزوده است: «تا زمانی که یک طرف را مقصر می‌دانید و از خطاهای طرف مقابل چشم می‌پوشید این موضوع حل نخواهد شد زیرا مردم احساس عدالت و انصاف نمی‌کنند و وجدان‌شان آرام نمی‌گیرد».
وی در عین حال پرسیده است: «اساساً چه اصراری به توبه است. ممکن است کسی خطایی کرده اما معتقد باشد که خطایی نکرده است و طبعاً توبه هم نخواهد کرد. اگر اینها پس از ۷ سال مجازات سنگین حصر خانگی بدون توبه آزاد شوند چه اشکالی دارد؟»
موسوی، رهنورد و کروبی از سال ۱۳۸۹ در حصر خانگی به سر می‌برند و هنوز هیچ گشایشی در وضعیت آنها رخ نداده است. حسن روحانی، رئیس‌جمهوری اسلامی، در مبارزات انتخاباتی سال ۹۲ و ۹۶ وعده داد که این مسئله را حل‌وفصل خواهد کرد، با این حال هیچ نشانه‌ای از تلاش وی یا نتیجه دادن آن به چشم نمی‌خورد.