دستیار ویژه رییس جمهوری ایران در امور اقوام و اقلیت‌ها در مصاحبه‌ای گفته است عبدالمالک ریگی که جمهوری اسلامی ایران وی را تروریست می‌داند نبایداعدام می‌شد و نگهداری ريگی برای امنيت ملی بهتر از حذف او بود.
وی در عین حال بار دیگر تاکید کرده که دولت حسن روحانی هنوز وزارت اطلاعات را به طور کامل «در دست» نگرفته است.
علی یونسی روز ۱۸ آذر پارسال نیز گفته بود که هنوز وزارت اطلاعات به «تسخیر» دولت حسن روحانی در نیامده است.
وی در مصاحبه‌ای با خبرگزاری فارس که روز دوشنبه ۱۴ مهر منتشر شده، گفت که منظورش از واژه «تسخیر» این بوده که دولت هنوز این وزارتخانه را به طور کامل «در دست» نگرفته است.
علی یونسی درارزیابی خود از عملکرد محمود علوی، وزیر اطلاعات ایران، نیز تصریح کرد: «من فقط می‌گویم آقای علوی رویکرد اخلاقی و قانونی دارد و باید کمکش کنیم تا تسلط لازم را به طور کامل بر کارش پیدا کند».
وی همچنین دستگیری عبدالمایک ریگی را از کارهای «درخشان اطلاعاتی» توصیف کرد و در عین حال افزود: «ای کاش در اجرای حکم ریگی عجله نمی‌شد و زنده نگهش می‌داشتند».
عبدالمالک ریگی، رهبر پیشین گروه جندالله، سی خرداد ۸۹ به اتهام «محاربه و افساد فی‌الارض» در زندان اوین به دار آویخته شد.
آقای یونسی با اشاره به عبدالله اوجالان، رهبر پ کا کا، که از ۱۴ سال پیش در جزیره‌ای در ترکیه زندانی است، گفت که نگهداری عبدالمالک ریگی برای امنیت ملی بهتر از حذف او بود.
وی تصریح کرد: «هر زمانی می‌شود حکم را اجرا کرد ولی همیشه هم نمی‌شود از دشمن استفاده و بهره‌برداری امنیتی کرد چون وقتی از دست رفت دیگر از دست رفته است».
آقای یونسی در بخش دیگری از سخنان خود با «ممنوع و خطرناک» توصیف کردن دعوت مردم به یک مذهب و یا «فرقه» افزود: «فرقه‌ها حق تبلیغ و دعوت ندارند... اما از حقوقی که قانون و شرع برای آن‌ها برشمرده است برخوردارند و به هیچ بهانه‌ای نمی‌شود این حقوق را از آن‌ها سلب کرد».
در قانون اساسی ایران علاوه بر اسلام، ادیان مسیحی، یهودی و زرتشتی به رسمیت شناخته شده اما حکومت ایران بهائیت را به رسمیت نمی‌شناسد و برخی مسئولین ایران از آن به عنوان «فرقه ضاله» نام می‌برند. همچنین برخی از رسانه‌های ایران از برخی از اشکال عرفان به عنوان «فرقه» نام می‌برند.
جامعه بهائیان بار‌ها از جلوگیری از انجام مراسم و مناسک مذهبی، تحصیل و نیز بازداشت، زندانی کردن و اعدام اعضای خود توسط جمهوری اسلامی خبر داده است.
از سوی دیگر در سالهای گذشته خبرهای متعددی درباره تخریب حسینیه‌های دراویش گنابادی و بازداشت تعدادی از دراویش منتشر شده است.
دستیار ویژه رییس جمهوری ایران در امور اقوام و اقلیت‌ها همچنین گفت: «مصّریم که حقوق شهروندی رعایت و تدوین و بعد از ارائه به مجلس تصویب و اجرا شود».
وی در پاسخ به سئوال خبرگزاری فارس مبنی بر اینکه در منشور حقوق شهروندی بنا است برای افراد «درگیر فرقه‌های باطل» تسهیلاتی داده شود، گفت که «اصلاً این طور نیست».
آقای یونسی با تاکید بر برخورداری شهروندان ایرانی از حقوق مطرح شده در قانون اساسی افزود: «حقوق شهروندی یعنی هر کسی که تابعیت ایران را دارد از این امتیازات برخوردار باشند، مثلاً می‌خواهد رانندگی یاد بگیرد».
معاونت حقوقی ریاست جمهوری ایران پنچم آذر پارسال ویرایش نخست منشور حقوق شهروندی را منتشر کرد.
احمد شهید، گزارشگر ویژه سازمان ملل متحد ۲۲ اسفند پارسال در گزارش خود اعلام کرده بود که این منشور به مواردی مانند تبعیض علیه اقلیت‌های دینی، از جمله بهائیان، یا حقوق زنان، از جمله برای انتقال حق شهروندی به فرزندان خود، نپرداخته است.
به گفته آقای احمد شهید، این منشور در عین حال به مواردی بی‌رحمانه مانند سنگسار، قطع اعضای بدن یا شلاق کاری ندارد.