ابراهیم یزدی دبیرکل نهضت آزادی، در نامه‌ای به حسن روحانی رئیس‌جمهور ایران، ضمن اعتراض به ادامه «رفتارهای غیرقانونی» مأموران وزارت اطلاعات، اعلام کرد که این مأموران ادعا می‌کنند که برای برخورد با این گروه و اعضایش «حکم حکومتی دارند».
ابراهیم یزدی دراین نامه که ۱۷ دی ماه نوشته شده و روز شنبه، ۲۶ دی، در وب‌سایت‌های نزدیک به نهضت آزادی از جمله وب‌سایت میزان‌خبر منتشر شده، اعلام کرد که «برخی از مأموران وزارت اطلاعات در همه جا مثل سایه دنبال اعضای نهضت آزادی هستند و به بهانه‌های واهی با احضارهای خلاف قانون، انواع مزاحمت‌ها را ایجاد می‌کنند».
آقای یزدی در نامه خود تأکید کرد که این مأموران در برخورد با اعضای نهضت آزادی ایران «هیچ مرز و حد قانونی را رعایت نمی‌کنند» و «با صراحت» می‌گویند که با تغییر دولت، شرایط در آن وزارتخانه برای نهضت آزادی، «تغییری نکرده است».
به گفته آقای یزدی، این مأموران «ادعا می‌کنند» که برای برخورد با نهضت آزادی ایران و اعضای آن، «حکم حکومتی دارند».
در ادبیات سیاسی جمهوری اسلامی «حکم حکومتی» به حکمی گفته می‌شود که از سوی آیت‌الله علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی، صادر شده باشد.
آقای یزدی در نامه خود با اشاره به شعارهای حسن روحانی در دوره انتخابات ریاست جمهوری از او خواست که به وزیر اطلاعات دستور دهد تا رفتار «خلاف قانون» مأموران این وزارتخانه با اعضای نهضت آزادی خاتمه پیدا کند.
نسخه‌ای از نامه ابراهیم یزدی به حسن روحانی، به وزیران کشور و اطلاعات جمهوری اسلامی نیز ارسال شده است.
دبیرکل نهضت آزادی ایران، روز جمعه ۲۸ آذر ۹۳، نیز در نامه‌ای به محمود علوی وزیر اطلاعات، از او پرسیده بود که آیا در این وزارتخانه واحدی برای شکایت از «مأموران متخلف» وجود دارد یا برای شکایت از آنان باید به دیگر «مراجع قانونی» کشور مراجعه کرد.
آقای یزدی در آن زمان با طرح سه پرسش از وزیر اطلاعات خواستار توضیح درباره اقدامات این وزارتخانه برای رفع حصر سران معترضان به انتخابات سال ۸۸، آزادی زندانیانِ عضو احزاب سیاسی و فعالیت دوباره احزاب اصلاح‌طلب شده بود.
نهادهای جمهوری اسلامی با استناد به نامه آیت‌الله خمینی، رهبر سابق جمهوری اسلامی، به علی‌اکبر محتشمی‌پور، وزیر وقت کشور، فعالیت نهصت آزادی را «غیر قانونی» می‌دانند.
نهضت آزادی ایران در سندیت این نامه ابراز تردید کرده و از سوی دیگر اعلام کرده که این گروه تاکنون در هیچ دادگاهی، «غیرقانونی» اعلام نشده و فعالیتش قانونی است.
با استناد به نامه آیت‌الله خمینی همچنین در سالیان گذشته صلاحیت اعضای نهضت آزادی در انتخابات مجلس و ریاست جمهوری رد شده است.
در همین حال آقای یزدی روز ۱۹ دی نیز در نامه‌ای به رئیس ستاد انتخابات کشور به رد صلاحیت غفار فرزدی و محمدهادی هادی‌زاده یزدی، دو عضو شورای مرکزی نهضت آزادی، توسط هیئت‌های اجرایی اعتراض کرده بود.
پس از انتخابات ریاست جمهوری سال ۸۸ تعدادی از اعضای نهضت آزادی ایران، از جمله ابراهیم یزدی بار‌ها بازداشت شده‌اند.
برخی از اعضای این گروه از جمله عماد بهاور، مسئول شاخه جوانان و عضو دفتر سیاسی نهضت آزادی ایران، پس از پایان حکم خود آزاد شده اند و بعضی از اعضای این گروه از جمله مهدی معتمدی‌مهر و امیر خرم همچنان در زندان به سر می‌برند.