پس از آنکه هیئت امنای دانشگاه آزاد اسلامی، در نشستی خارج از برنامه، حمید میرزاده را از ریاست این دانشگاه برکنار کرد، حسن خمینی از اعضای این هیئت در نامه‌ای به حسن روحانی خواستار دخالت رئیس‌جمهور در این موضوع شده است.
در این نامه که دوم خرداد ۹۶ امضا شده، اما روز هشتم خرداد در رسانه‌ها بازتاب داشته است، حسن خمینی عزل رئیس دانشگاه آزاد را «فاقد وجاهت قانونی» خوانده و گفته است که حداقل «شبهه غیرقانونی» بودن روند عزل آقای میرزاده «بسیار قوی است».
هیئت امنای دانشگاه آزاد روز سوم اردیبهشت در یک جلسه فوق‌العاده، حمید میرزاده را از ریاست این دانشگاه برکنار کرد و پس از آن علی‌اکبر ولایتی رئیس این هیئت امنا، در حکمی خبر داد که هیئت امنای این دانشگاه علی محمد نوریان را به سمت سرپرست موقت این دانشگاه منصوب کرده است.
اما حسن خمینی در نامه خود به رئیس‌جمهور تأکید کرده که نصب سرپرست موقت «بدون رأی گیری در هیئت امنا» صورت گرفته است.
او در ادامه خواستار دخالت حسن روحانی در این موضوع شده و گفته است که «ورود حضرت عالی در مسئله حتماً مفید و راهگشا خواهد بود».
هیئت امنای دانشگاه آزاد متشکل از سه عضو هیئت مؤسس، سه نفر از اعضای تمام‌وقت هیئت علمی دانشگاه‌ها، و نیز وزیران بهداشت و علوم، و رئیس نهاد نمایندگی رهبری در دانشگاه‌هاست.
در روز اعلام خبر برکناری حمید میرزاده، خبرگزاری تسنیم خبر داده بود که به درخواست چهار عضو هیئت امنای دانشگاه آزاد، جلسه فوق‌العاده این هیئت برگزار شده است.
به نوشته این خبرگزاری، وزرای علوم و بهداشت، به عنوان دو تن از اعضای حقوقی هیئت امنای دانشگاه آزاد، برای شرکت در جلسه هیئت دولت از جلسه خارج شدند اما جلسه با حضور هفت نفر ادامه داشته است.
حمید میرزاده در زمان ریاست عبدالله جاسبی بر دانشگاه آزاد، معاون این دانشگاه بود، و پس آن هم برای دوره‌ای دبیر هیئت مؤسس دانشگاه آزاد بود.
در دوره محمود احمدی‌نژاد، مالکیت و نحوه اداره دانشگاه آزاد به یکی از کشمکش‌های هیئت مؤسس به ریاست اکبر هاشمی رفسنجانی و دولت بدل شد، و در نهایت دولت توانست در اسفند ماه سال ۹۰ آقای جاسبی را برکنار و فرهاد دانشجو را جایگزین او کند.
اما با به قدرت رسیدن حسن روحانی و شروع به کار دولت او، با تغییراتی که در ترکیب هیئت امنای دانشگاه آزاد پدید آمد، فرهاد دانشجو برکنار و حمید میرزاده جانشین او شد.
تا به حال رسماً دلیل برکناری حمید میرزاده اعلام نشده و حتی محمود صادقی عضو کمیسیون آموزش مجلس این اقدام را «غیرمنتظره و تعجب‌برانگیز» خوانده و همچنین گفته است که کمیسیون آموزش از این تغییر بی‌خبر بوده است.