در ۱۸ سالگی به پاس تهران پیوست و بهترین سال‌های حضورش در فوتبال ایران را در این تیم سپری کرد. ۱۸۷ بار پیراهن تیم پاس را پوشید و ۴۹ گل هم به ثمر رساند. پس از هفت فصل حضور در پاس به باشگاه الوحده امارات ملحق شد. از آنجا نیز به شارجه رفت.
بازی در جام جهانی ۲۰۰۶ باعث شد به اوساسونا بپیوندد. اولین بازیکن ایرانی بود که در لالیگا بازی می‌کرد. در آن مقطع مربیانی مانند محمد مایلی کهن معتقد بودند اوساسونا حتی در سطح باشگاه‌های ایران هم نیست. اما پس از نکونام و شجاعی، هیچ باشگاهی در لالیگا از ایران بازیکن نگرفته.
در نخستین فصل، با گل قانون طلایی که در جام یوفا به بوردو فرانسه زد، باعث صعود تیمش به مرحله یک هشتم نهایی شد.
به خاطر جراحی زانو هشت ماه از میادین دور ماند، در دیدار اوساسونا با اسپانیول در فصل ۲۰۰۷ ، بازیکنان این تیم با پوشیدن پیراهن‌هایی که عکس نکونام روی آن بود، از هم تیمی مصدوم خود حمایت کردند.
نکونام در سومین فصل حضورش در اوساسونا در دیدار با رئال مادرید که در ورزشگاه سانتیاگو برنابئو بر‌گزار شد، توانست با ضربه سر دروازه ایکر کاسیاس را باز کند.
سال ۲۰۰۸ جواد در دیداری خیریه، در ترکیب تیم منتخب جهان و کنار بازیکنانی همچون لیونل مسی، کارلوس پویول، رائول گونزالس و پل اسکولز به میدان رفت.
او در بازی مقابل بارسلونا در کوپا دل ری ۲۰۱۲، کاپیتان اوساسونا شد تا رکورد تنها لژیونر ایرانی که در یکی از لیگ‌های معتبر جهان، بازوبند کاپیتانی را بسته، به خود اختصاص دهد.
سرانجام پس از هفت سال بازی در اسپانیا، به استقلال پیوست. ۴۴ بازی و هشت گل زده و موفقیت کامل در به هدف نشاندن ضربات پنالتی، آمار حضورش در استقلال بود اما ناگهان راهی باشگاه الکویت شد. در مصاحبه با برنامه ۹۰ علت جدایی ناگهانی‌اش را اختلاف نظر با امیر قلعه‌نویی عنوان کرد.
او در کویت هم چه در مسابقات داخلی و چه در کاپ ای اف سی، زننده گل‌های حساس متعددی برای باشگاهش بوده.
کاپیتان ایران در ۱۹ سالگی و مقابل تیم ملی اکوادر، برای نخستین بار پیراهن تیم ملی را پوشید. اولین گل ملی را هم به لبنان زد. سه دوره در جام ملت‌های آسیا بازی کرده و حالا دومین جام جهانی‌اش را تجربه می‌کند.
نکونام با ۳۷ گل ملی، چهارمین گلزن برتر تاریخ فوتبال ایران بشمار می‌رود. ضمن آنکه اگر تا پایان جام ملت‌های آسیا در تیم ملی باقی بماند، رکورد تعداد بازی‌های ملی که در اختیار علی دایی است را هم خواهد شکست.
بازی در جام جهانی ۲۰۰۶ باعث شد به اوساسونا بپیوندد. اولین بازیکن ایرانی بود که در لالیگا بازی می‌کرد. در آن مقطع مربیانی مانند محمد مایلی کهن معتقد بودند اوساسونا حتی در سطح باشگاه‌های ایران هم نیست. اما پس از نکونام و شجاعی، هیچ باشگاهی در لالیگا از ایران بازیکن نگرفته.
در نخستین فصل، با گل قانون طلایی که در جام یوفا به بوردو فرانسه زد، باعث صعود تیمش به مرحله یک هشتم نهایی شد.
به خاطر جراحی زانو هشت ماه از میادین دور ماند، در دیدار اوساسونا با اسپانیول در فصل ۲۰۰۷ ، بازیکنان این تیم با پوشیدن پیراهن‌هایی که عکس نکونام روی آن بود، از هم تیمی مصدوم خود حمایت کردند.
نکونام در سومین فصل حضورش در اوساسونا در دیدار با رئال مادرید که در ورزشگاه سانتیاگو برنابئو بر‌گزار شد، توانست با ضربه سر دروازه ایکر کاسیاس را باز کند.
سال ۲۰۰۸ جواد در دیداری خیریه، در ترکیب تیم منتخب جهان و کنار بازیکنانی همچون لیونل مسی، کارلوس پویول، رائول گونزالس و پل اسکولز به میدان رفت.
او در بازی مقابل بارسلونا در کوپا دل ری ۲۰۱۲، کاپیتان اوساسونا شد تا رکورد تنها لژیونر ایرانی که در یکی از لیگ‌های معتبر جهان، بازوبند کاپیتانی را بسته، به خود اختصاص دهد.
سرانجام پس از هفت سال بازی در اسپانیا، به استقلال پیوست. ۴۴ بازی و هشت گل زده و موفقیت کامل در به هدف نشاندن ضربات پنالتی، آمار حضورش در استقلال بود اما ناگهان راهی باشگاه الکویت شد. در مصاحبه با برنامه ۹۰ علت جدایی ناگهانی‌اش را اختلاف نظر با امیر قلعه‌نویی عنوان کرد.
او در کویت هم چه در مسابقات داخلی و چه در کاپ ای اف سی، زننده گل‌های حساس متعددی برای باشگاهش بوده.
کاپیتان ایران در ۱۹ سالگی و مقابل تیم ملی اکوادر، برای نخستین بار پیراهن تیم ملی را پوشید. اولین گل ملی را هم به لبنان زد. سه دوره در جام ملت‌های آسیا بازی کرده و حالا دومین جام جهانی‌اش را تجربه می‌کند.
نکونام با ۳۷ گل ملی، چهارمین گلزن برتر تاریخ فوتبال ایران بشمار می‌رود. ضمن آنکه اگر تا پایان جام ملت‌های آسیا در تیم ملی باقی بماند، رکورد تعداد بازی‌های ملی که در اختیار علی دایی است را هم خواهد شکست.