چند روز پس از درگیری لفظی حسن روحانی و فرماندهان سپاه، سخنگوی قوه قضاییه با اشاره به «تخریب‌‌ها»ی صورت گرفته علیه سپاه، بسیج و قوه قضاییه گفت «فتنه جدیدی در پیش است».
به گزارش خبرگزاری تسنیم، غلامحسین محسنی اژه‌ای روز جمعه، ۹ تیر، در سخنرانی پیش از خطبه‌های نماز جمعه تهران گفت: «به عنوان فردی که از اول انقلاب تا امروز در دستگاه قضایی و دستگاه اجرایی بودم، تجربه ثابت کرده که بعد از هر تخریبی علیه سپاه و برخی عناصر انقلابی، یک اقدام خطرناک اتفاق افتاده است».
غلامحسین محسنی اژه‌ای در ادامه با اشاره به آنچه که، «هجمه و توهین به نهادهای انقلاب» نامید، از جمله به سخنان ابوالحسن بنی‌صدر، نخستین رییس جمهور پس از انقلاب ۵۷ اشاره کرد.
وی افزود: «بنی صدر فکر می‌کرد مردم رای به شخص دادند. نمی‌دانست مردم به رئیس جمهور نظام رای دادند. او کمیته را تخریب می‌کرد، دل به بیرون می‌بست و وارد حاشیه‌ها می‌شد».
پیشتر آیت‌الله خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی، روز دوشنبه، ۲۲ تیر، گفته بود که نباید تجربه سال ۵۹ تکرار شود که «رئیس جمهور وقت [ابوالحسن بنی صدر] جامعه را دوقطبی و مردم را به دو دسته مخالف و موافق تقسیم کرد».
پس از این سخنان، برخی از کانال‌های تلگرامی و سایت‌های حامی آیت‌الله خامنه‌ای هشدار دادند که ممکن است حسن روحانی نیز سرنوشتی مانند آقای بنی‌صدر داشته باشد.
در همین حال در راهپیمایی جمعه گذشته، عده‌ای در اطراف آقای روحانی شعارهای «مرگ بر منافق»، و«روحانی، بنی صدر پیوندتان مبارک» سر دادند که انتشار فیلم و تصاویر آن بازتاب‌های فراوانی در ایران داشته است.
براساس گزارش‌ها، وزارت اطلاعات ایران در این باره از دو خبرنگار خبرگزاری فارس، وابسته به سپاه پاسداران، «بازجویی» کرده اما آنها را بازداشت نکرده است. خبرگزاری فارس اعلام کرده که این اقدام بدون حکم قضایی انجام شده و «خلاف قانون» است.
محسنی اژه‌ای در سخنان خود همچنین به درگیری جمهوری اسلامی با نیروهای مخالف خود در دهه ۶۰ و پس از آن اعتراض‌ها به انتخابات ریاست جمهوری سال ۸۸ اشاره کرد.
وی گفت: «امروز تخریب علیه دستگاه‌های نظامی و انتظامی، بسیج و سپاه ایجاد شده بنا به تجربه گذشته فکر می‌کنم یک فتنه جدید در پیش است».
رهبر جمهوری اسلامی و نزدیکان او از اعتراض‌ها به انتخابات ریاست جمهوری سال ۸۸ و یا رویدادهای مشابه با عنوان «فتنه» نام می‌برند.
درگیری‌های لفظی حسن روحانی و آیت‌الله خامنه‌ای و همچنین نهادهای زیر نظر او، پس از انتخابات دوباره آقای روحانی به ریاست جمهوری افزایش یافته است.
در همین حال حسن روحانی روز اول تیر ماه در انتقادی تلویحی از فعالیت‌های سپاه پاسداران گفته بود که بخشی از اقتصاد ایران به دست «دولتی» داده شده که «هم تفنگ دارد و هم رسانه» و «کسی جرأت ندارد با آنها رقابت کند».
محمد علی جعفری، فرمانده سپاه پاسداران، اما این سخنان را «بی انصافی» خواند و گفت که اگر دولت «بدون تفنگ» باشد «توسط دشمنان تحقیر و تسلیم» خواهد شد.