آیت‌الله محمد غروی، عضو جامعه مدرسین حوزه علمیه قم، از علنی شدن خبر ارسال نامه محرمانه این تشکل به حسن روحانی، رئیس جمهوری ایران، انتقاد کرد و خبر داد که این نامه «حدود یک ماه و نیم پیش نوشته شده است.»
به گزارش خبرگزاری ایلنا، آقای غروی ۷ تیر ۱۳۹۳ گفت: «اگر بنا بود نامه سرگشاده باشد، سرگشاده فرستاده می‌شد، اما نامه به صورت غیرعلنی و محرمانه برای رئیس جمهور فرستاده شد و از این رو این کار اصلا اخلاقی نیست که نامه‌های محرمانه را علنی کنند.»
آیت‌الله محمد یزدی، دبیر جامعه مدرسین حوزه علمیه قم، ۴ تیر ۱۳۹۳ خبر داد که این تشکل تاکنون چندین بار به صورت محرمانه به حسن روحانی٬ رییس جمهوری ایران٬ تذکر داده است.
آقای یزدی تهدید کرده بود که اگر رئیس جمهور به این تذکرها توجه نکند «جامعه مدرسین، مواردی را که محرمانه و فوق محرمانه تذکر داده شده ممکن است رسماً تذکر بدهد. روزی هم ممکن است رودرروی همدیگر قرار بگیرند.»
آیت‌الله محمد غروی، عضو جامعه مدرسین حوزه علمیه قم، درباره این نامه افزود: «بنای جامعه مدرسین حوزه علمیه قم بر این است که در آغاز کار هر دولتی، اگر در کار کشور مشکلات و اشکالاتی ببنند، نامه سربسته، محرمانه و غیرعلنی رد و بدل می‌کنند و وقتی که اگر احیانا ببینند آن نامه‌ها اثر گذار نبوده، جور دیگری برخورد می‌کنند. »
احمد خاتمی، دیگر عضو جامعه مدرسین حوزه علمیه قم، ۷ تیر ماه نامه این تشکل روحانی به رئیس جمهور را «دلسوزانه و ناصحانه» خوانده بود.
احمد خاتمی در تعریف حمایت «ناصحانه »اظهار کرد: «یعنی این‌که کارهای خوبی که توسط دولت ها انجام می‌شود مورد تجلیل قرار بگیرد و نارسایی‌ها نیز تذکر داده شود.»
روزنامه اصلاح طلب اعتماد نیز با اشاره به نامه‌نگاری جامعه مدرسین حوزه علمیه قم به حسن روحانی نوشته است: «جامعه مدرسین حوزه علمیه قم تنها ۹ ماه پای حسن روحانی صبر کرد؛ صبری که برای محمود احمدی‌نژاد نزدیک به پنج سال ادامه داشت.»
اکثریت جامعه مدرسین حوزه علمیه قم در انتخابات ریاست جمهوری سال ۱۳۸۸ از محمود احمدی‌نژاد و در انتخابات ریاست جمهوری سال ۱۳۹۲ از علی اکبر ولایتی حمایت کردند.
محمد یزدی، رئیس جامعه مدرسین حوزه علمیه قم،۲۶ اردیبهشت سال ۱۳۸۸ خبر داد که اکثریت اعضای این تشکل از کاندیداتوری محمود احمدی‌نژاد حمایت کرده اند. وی همچنین ،۱۹ خرداد ۱۳۹۲ در اطلاعیه‌ای اعلام کرد که اکثریت اعضای این تشکل از علی‌اکبر ولایتی حمایت می‌کنند.