رژيم اقتدارگرای ولايت فقيه در دوران آيت الله خامنه‌ای سه انتظار از دانشگاه‌ها داشته است: پيشرفت در حوزه‌های نظامی و سلاح‌های کشتار جمعی مثل سلاح‌های اتمی، ميکروبی و شيميايی و ابزارهای ارسال آنها (برنامه‌ی موشکی)، مجهز کردن نيروهای نظامی و امنيتی به جنگ عليه جريان آزاد اطلاعات در دنيای مجازی (که از آن به جنبش نرم افزاری ياد می‌کنند)، و نمايش آزاد انديشی و باز بودن فضا در کشور که تحت عنوان کرسی‌های آزاد انديشی دنبال شده است. اگر دانشجويان، اساتيد و مراکز تحقيقاتی دانشگاهی در حوزه‌هايی که اين اهداف را در بر نمی‌گيرند کار کنند از نگاه حکومت از درک ماموريت محوله توسط رهبری بازمانده و دنباله رو تفکر وارداتی معرفی می‌شوند (دانشگاه ايرانی و تعامل با ولايت فقيه، الف، ۱۸ بهمن ۱۳۸۸).
از ابداعات کلامی و بوروکراتيک رژيم جمهوری اسلامی تاسيس «کرسی‌های نظريه‌پردازی، نقد و مناظره» است در حالی که اساتيد علوم انسانی دگر انديش فوج فوج از دانشگاه ها اخراج يا بازنشسته می‌شوند.
اين کرسی‌ها که هيج وقت از سوی محافل علمی داخل و خارج کشور جدی گرفته نشده‌اند پس از بستن تمام نشريات تئوريک و روشنفکری در اواخر دهه هفتاد جهت بازسازی نظری مبانی ايدئولوژيک رژيم اسلامی بر روی کاغذ تاسيس شدند و هيچگاه محصولات آنها به جامعه عرضه نشد يا اصولا محصولی برای عرضه توليد نشد. هدف از تشکيل اين کرسی‌ها با رهنمود شخص ولی فقيه آن بود که ۱) ورشکستگی ايدئولوژيک حکومت را جبران کنند، ۲) به مقابله با نظريه‌های منتقدان اسلامگرايی و اسلام سياسی بپردازند، و ۳) به نمايش فضای باز سياسی در کشور در فقدان آزادی رسانه‌ها و مجامع و گردهمايی‌های فرهنگی و علمی اقدام کنند. تاسيس اين کرسی‌ها يکی از برنامه‌های مقابله با تهاجم فرهنگی بود که در ادبيات آیت الله خامنه‌ای و وفاداران به حکومت جايگاهی ويژه داشته است.
در سال ۱۳۸۲ نهادی با عنوان «هيئت حمايت از کرسی‌های نظريه‌پردازی، نقد و مناظره» در شورای عالی انقلاب فرهنگی تأسيس شد.
در حالی که حکومت صدای غير خودی‌ها را خاموش می‌کرد قرار بود نهادی برای افراد نزديک به حکومت و انعکاس تک صدايی حکومت تاسيس شود. علی اکبر صادقی رشاد، رئيس هیأت حمايت از کرسی‌های نظريه‌پردازی گزارشی از عملکرد اين هيئت عرضه کرده است: تاکنون ۱۵ کرسی علمی داوری و حمايت تأسيس شده است.
هر کرسی از واحدهايی همچون حلقه علمی متخصصان تشکيل شده است. بنابراين ۱۵ حلقه علمی - تخصصی نيز به موازات کرسی‌ها تشکيل شده است. هر حلقه يک رئيس دارد که معمولا از اساتيد و اعضای هیأت علمی دانشگاه هستند حلقه‌های علمی هر کرسی بين ۸ تا ۱۵ عضو پيوسته دارند که به صورت مستمر در جلسات حاضر می‌شوند. اين حلقه‌ها در حدود ۱۰ عضو ناپيوسته نيز دارند. بيش از ۴۰۰ شخصيت علمی در کرسی‌های نظريه پردازی حضور دارند. ... "اجلاسيه" هم‌انديشی علمی با حضور کميته ناقدان و شورای کرسی [است]. ... از مجموع ۵۵ اجلاسيه و کرسی دفاع و داوری، ۲۵ مورد آن در سال جاری رخ داده است. از مجموعه اين ۵۵ اجلاسيه، حدود ۱۰ اجلاسيه موفقيت‌آميز تعريف شده و ۳ مورد به عنوان نظريه قلمداد شده‌اند. در سال جاری نيز بيش از ۸۷ طرح‌نامه به اين هیئت ارسال شده است. معمولاً بين ۲ تا ۸ جلسه سه ساعته برای هر اجلاسيه زمان صرف می‌شود. مجموعه کرسی‌ها نيز در سه سطح «نظريه‌پردازی»، «نوآوری» و «نقد» برگزار می‌شود. (فارس ۱۷ بهمن ۱۳۸۸)
حاصل اين همه حلقه و کرسی و جلسه، و شش سال فعاليت تنها چهار مقاله در بخش مقالات وبسايت اين هيئت است. در غير از وبسايت نيز محصولات اين کرسی‌ها به عموم عرضه نشده است. آنچه بيش از همه در وبسايت اين هيئت به چشم می‌خورد آيين نامه و صورت جلسه است تا نظريه و مطالب علمی. نهاد فوق تقريبا هيچ دستاوردی نداشته و صرفا منبعی برای بسط ديوانسالاری دولتی تحقيق در چارچوب ايدئولوژی اسلامگرايی و حفظ ظواهر برای خوشايند مقام ولايت بوده است.
بار عام دانشمندان
حکومت نظاميان و روحانيت تماميت‌طلب که مشروعيتی برای خود سراغ ندارد به علم و تکنولوژی به عنوان ابزارهای کسب مشروعيت رو کرده است. هر ساله چندين گروه از افراد به عنوان دانشگاهيان، نخبگان، و دانشمندان به حضور ولی فقيه آورده می‌شوند تا اين ديدارها علم‌پروری و حمايت حکومت از دانش را به نمايش بگذارد. حکومت جمهوری اسلامی که به عنوان آزادترين، دمکرات‌ترين، عادلانه‌ترين و اخلاقی‌ترين حکومت در دنيا اعلام می‌شود طبعا بايد از حيث توليد علم و کشفيات نيز پيشتاز باشد. اين پيشتازی بايد با پيشبرد برنامه هسته‌ای، توليد آزمايشگاهی چند گوسفند و جلسات کرسی‌های نظريه پردازی به اثبات برسد.
نوآوری سفارشی
بنا به ادعای رئيس هيئت حمايت از کرسی‌های نظريه‌پردازی، این نهاد، «مرجع سنجش و حمايت از نوآوری‌های علمی در علوم انسانی و دينی کشور است. در کمتر کشوری چنين نهادی را سراغ داريم. ارائه نوآورده‌ها در کرسی‌های نظريه‌پردازی به صورت آزادانه صورت می‌گيرد و مدعيان به صورت داوطلبانه و از روی علاقه برای داوری و ارزيابی و احياناً دفاع و حمايت، نظريه خود را ارائه می‌دهند. بدين معنی که اين هیئت به سراغ افراد نمی‌رود و هيچ دستگاهی نيز حق الزام افراد برای ارائه نظرياتشان به اين هیئت را ندارد»؛ اين ادعا را بايد با محصولات اين هيئت و بودجه‌ای که به آن تخصيص يافته مقايسه کرد. همچنين مقايسه ايران با ديگر کشورها از حيث توليد و ارائه دانش در اين مدعا نمايانگر بی‌اطلاعی گوينده از مراکز تحقيقاتی در ديگر کشورهاست.
مسابقه برای تقرب و کسب مديريت دانشگاه‌ها
برگزاری کرسی‌ها آن چنان که سايت اين هيئت (در بخش عملکرد) گزارش می‌دهد به آن دسته از اساتيد دانشگاه‌ها واگذار شده که اولا به بخش اقتدارگرای حکومت و بيت آیت الله خامنه‌ای وفادار بوده‌اند و ثانيا در جريان‌های فرهنگی در دوران جمهوری اسلامی از کمترين اقبال در ميان دانشجويان و جامعه‌ی دانشگاهی برخوردار بوده‌اند. تاسيس هيئت فوق تلاش بيت رهبری برای درست کردن يک پايگاه در دانشگاه‌ها به موازات اساتيد سکولار و مذهبی منتقد حکومت است.
البته در برخی از مجامع به ندرت از اساتيدی که اصولا رهيافت انتقادی به روال‌های جاری در جامعه ندارند يا در برابر ستم حکومت ساکت هستند اما مداح حکومت و رهبری نيز نبوده‌اند دعوتی صورت می‌گرفته تا ژست تساهل و باز بودن نيز به مخاطبان عرضه شود.
اختراع دوباره چرخ
فعاليت اين مجموعه از دانشگاهيان که به دستبوس ولی فقيه می‌روند در سی سال گذشته جز تلاش برای کسب قدرت و تصدی مديريت‌های دانشگاهی هيچ محصولی نداشته است. گفتمان حاکم بر عناوين جلسات برگزار شده عملياتی کردن اسلامگرايی، اسلامی کردن علوم و حوزه‌های فرهنگی (مثل تعليم و تربيت اسلامی، هنر اسلامی، علم تجربی دينی) و پاسخ به شبهه‌انگيزان (دگر انديشان) است. اصولا تصوری که سازمان روحانيت شيعه و اسلامگرايان طرفدار آن نسبت به علوم انسانی دارد استخراج مبانی و جزئيات همه علوم نظری و کاربردی امروز از متون دينی است. اين پروژه تا به حال بر عهده چندين موسسه گذارده شده و هر بار به همان نتايج سابق يعنی بيان ايدئولوژی اسلامی توليد شده در اواخر دهه پنجاه انجاميده است.
برنامه‌های ظاهرا علمی رژيم برای ارسال حيوانات به فضا يا ماهواره، اگر اهداف پشت پرده‌ی نظامی نداشته باشند نيز از جنس اختراع دوباره چرخ هستند تا به هواداران رژيم نشان داده شود که اگر حکومت قادر نيست فقر و بيکاری را کاهش دهد، اگر هر روز دروغ می‌گويد، اگر نقض حقوق مردم در آن نهادينه شده، اگر کشور را فساد و تقلب فرا گرفته و اگر کشور در همه شاخص‌ها از کشورهای هم ارز خود عقب مانده، حداقل در علم و تکنولوژی پيشرفت دارد. اين پيشرفت‌ها حتی نمی‌تواند کودکان روستايی را ذوق زده کند و تنها برای گزارش به بيت رهبری و هيئت‌های سينه زنی محلات و مداحان آنها کارکرد دارد.
تراژدی علم و فرهنگ
تاسيس کرسی‌های نظريه پردازی در حالی صورت گرفت که حکومت بزرگترين زندان روزنامه‌نگاران مستقل را در کشور فراهم کرده است، نويسندگان و دانشمندان و هنرمندان کشور فوج فوج دستگير شده و به زندان فرستاده می‌شوند و آنها که قادر باشند مهاجرت می‌کنند، و حتی آنها که در داخل کشور مانده و به توليد محصولات علمی و فرهنگی با هزار دردسر بپردازند امکان نشر و پخش آنها را نمی‌يابند يا برای نشر و پخش آنها بايد آثارشان را از زير تيغ سانسور رد کنند. محققان و نويسندگان و ديگر توليدکنندگان فرهنگی و هنری و علمی يکی از سياه‌ترين دوره‌های تاريخ معاصر را تحت حکومت اقتدارگرايان مذهبی سپری می‌کنند.
