با گذشت بیش از دو هفته از حادثه منا، یک مقام وزارت خارجه ایران عنوان کرد که این وزارتخانه با تشکیل کمیته‌ای وضعیت ۶۵ ایرانی مفقود شده در این رویداد را پی‌گیری می‌کند. همچنین اجساد ۸۷ زائر دیگر ایرانی عصر دوشنبه از عربستان به تهران منتقل شد.
حسین امیرعبداللهیان، معاون عربی و آفریقایی وزارت خارجه ایران روز دوشنبه، ۲۰ مهر در گفت‌وگو با خبرگزاری رسمی جمهوری اسلامی، ایرنا، تأکید کرد که این وزارتخانه همچنان در جست‌وجوی ایرانیان مفقود در حادثه منا از جمله غضنفر رکن‌آبادی، سفیر سابق ایران در لبنان است و کمیته‌ای که در این راستا تشکیل شده است تا تعیین وضعیت قطعی یکایک مفقودین فعالیت خود را ادامه می‌دهد.
نهادهای ایران تاکنون جسد ۳۹۷ زائر ایرانی را از دولت عربستان تحویل گرفته‌اند که ۳۰۸ جسد در روزهای گذشته به داخل کشور بازگردانده شد، اما کار انتقال جسد ۸۷ زائر دیگر به خاطر «طی کردن تشریفات قانونی» به تعویق افتاد تا روز دوشنبه که سعید اوحدی، رئیس سازمان حج و زیارت ایران اعلام کرد این اجساد عصر این روز به تهران منتقل می‌شوند.
در عین حال از سرنوشت ۶۵ زائر ایرانی هنوز هیچ خبری در دست نیست که سعید اوحدی در این باره به خبرگزاری مهر گفت: «متاسفانه به دلیل تغییر چهره اجساد در سردخانه‌ها، کار جستجو با کندی مواجه شده است و نیازمند آزمایشات دی‌ان‌ای هستیم که امیدواریم سرعت بگیرد.»
این مقام ایرانی پیش از این احتمال داده بود که دولت عربستان سعودی جسد برخی از زائران ایرانی را در همان جا دفن کرده باشد. به گفته وی، سعودی‌ها در دو مرحله جسد حدود هزار و ۴۰۰ زائر را دفن کرده‌اند اما از آنجا که طرف عربستانی قول داده است که هیچ یک از جان‌باختگان ایرانی در این کشور دفن نشود، تهران نیز امیدوار است که چنین نشده باشد.
با این حال حسین نوش‌آبادی، معاون پارلمانی و سخنگوی وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی ایران، در گفت‌وگو با خبرگزاری خانه ملت عنوان کرده که «تعداد اندکی از فوت‌شدگان این حادثه با نظر و رضایت خانواده‌هایشان در عربستان دفن شده‌اند».
وی همچنین با اشاره دفن احتمالی دیگر اجساد زائران ایرانی در عربستان گفته است از آنجا که از اجساد اثر انگشت و یک ناخن جهت آزمایش دی‌ان‌ای گرفته شده است امکان شناسایی آنها و انتقال اجسادشان به خاک ایران وجود دارد.
حادثه منا و کشته شدن صدها زائر ایرانی در جریان آن، اختلافات ایران و عربستان سعودی را به اوج رساند تا جایی که علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی، ریاض را به بی‌مسئولیتی در قبال این حادثه متهم کرد و هشدار داد که اگر ایران عکس‌العملی نشان دهد، این عکس‌العمل خشن و سخت خواهد بود.