رجب طیب اردوغان، رئیس جمهور ترکیه، در نخستین واکنش به اعدام ۴۷ نفر در عربستان سعودی از جمله نمر باقر النمر گفت که این یک مسئله قانونی مربوط به خود کشور عربستان است.
رسانه‌های ترکیه‌ای شامگاه چهارشنبه، ۱۶ دی اظهارات آقای اردوغان را بازتاب داده‌اند که همچنین با انتقاد از ایران به خاطر عدم جلوگیری از حمله به امکان دیپلماتیک عربستان سعودی در تهران و مشهد همراه است.
وی با رد این فرضیه که اعدام نمر باقر النمر، روحانی شیعی، به خاطر مذهب او و اختلافات میان شیعیان و سنی‌ها بوده است، عنوان کرد که ۴۶ نفر از افرادی که روز شنبه در عربستان سعودی اعدام شدند، سنی بودند و تنها یک نفر از آنها شیعه بوده است.
روزنامه ترکیه‌ای تودیز زمان اما یادآوری می‌کند که گزارش‌ها نشان می‌دهد چهار نفر از اعدام‌شدگان شیعه بودند.
رجب طیب اردوغان در ادامه سخنان خود گفت: «عربستان سعودی تصمیم به اجرای مجازات اعدام در کشور خود دارد و مطابق قوانین خود نیز رفتار می‌کند. حالا این که موافق آن باشیم یا مخالف، مسئله دیگری است، اما این مسئله مربوط به قوانین داخلی خود عربستان سعودی است.»
اعدام‌های اخیر در عربستان سعودی و به‌ویژه اعدام نمر باقر النمر واکنش شدید مقامات ایران را به دنبال داشت و از جمله علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی، هشدار داد که «دست انتقام الهی گریبان سیاستمداران سعودی را می‌گیرد».
اما بحران میان ایران و عربستان با هجوم افرادی به سفارت عربستان سعودی در تهران و کنسولگری آن در مشهد و به آتش کشیدن آنها وارد فاز دیگری شد تا جایی که عربستان سعودی روابط دیپلماتیک خود را با ایران قطع کرد.
رجب طیب اردوغان نیز با انتقاد شدید از ایران چنین رفتاری را «غیرقابل قبول» خواند و عنوان کرد که ایران اقدامات لازم را برای حفاظت از اماکن دیپلماتیک عربستان سعودی انجام نداده است.
مقامات ایرانی حمله به امکان دیپلماتیک عربستان در تهران و مشهد را به «نیروهای خودسر» نسبت داده‌اند و از جمله حسن روحانی با انتقاد شدید از این رخداد تاکید کرده که این اتفاق توهین به نظام بوده و به آبروی جمهوری اسلامی ایران لطمه زده است.