جمهوری اسلای ایران و جمهوری آذربایجان می‌توانند بطور بالقوه متحدان نزدیک یا حداقل همسایگانی با روابط بسیار خوب باشند. دو کشور دارای مرزهای مشترک آبی، خاکی و رودخانه‌ای هستند.
ایران بزرگترین کشور شیعه در دنیاست و توسط روحانیون شیعه اداره می‌شود که مدعی هستند دنبال ترویج پیام‌های مذهبی و حمایت از روندهای همفکر با خودشان هستند. بنابراین، جمهوری آذربایجان به‌عنوان دومین کشور شیعه در جهان، بایستی یکی از بهترین دوستان جمهوری اسلامی ایران باشد. جمعیت آذری‌های ایران از کل جمعیت جمهوری آذربایجان بیشتر است. معهذا، از زمان استقلال جمهوری آذربایجان از شوروی سابق (۱۹۹۱)، جمهوری اسلامی و جمهوری آذربایجان یکی از بدترین روابط همسایگی را در منطقه داشته‌اند و روندهای موجود حکایت از آن دارد که احتمالاً روابط بدتری در راه است.
برخی از مسائل مهم موجود بین دو کشور عبارتند از:
۱ـ ایران و جمهوری آذربایجان در شمار دول ساحلی دریای خزر هستند و دول حاشیه خزر هنوز نتوانسته‌اند به فرمول قابل پذیرش برای همۀ آنها جهت نظام حقوقی دریای خزر دست پیدا کنند. ایران و جمهوری آذربایجان دربارۀ نحوۀ تعیین این نظام به شدت اختلاف‌نظر دارند. این اختلاف نظر عمدتاً مربوط به این موارد است: تعیین معیار تقسیم دریای خزر، مسألۀ ایجاد خطوط لوله از کف دریای خزر، مسألۀ میدان‌های نفت و گاز مورد ادعای دو طرف و نحوۀ دسترسی دول دیگر و شرکت‌های مربوط به دول غیر حاشیه‌ای خزر.
۲ـ مردم آذری در دو سوی مرزهای ایران و جمهوری آذربایجان دارای فرهنگ و زبان مشترکی هستند. آنها تقریباً بطور کامل مثل هم حرف می‌زنند. در واقع، بخش‌هائی از سرزمین فعلی جمهوری آذربایجان، پس از ۲۰ سال جنگ بین ایران و روسیه، به موجب چند قراردار (۱۹۱۸) تحمیلی از ایران جدا شده‌اند. بالنتیجه، نیروها و احساسات قوی برای اتحاد بین این قسمت‌ها وجود دارد. در گذشته، دولت جمهوری آذربایجان از برخی گروههای تجزیه‌طلب و جدائی‌خواه آذری در استان‌های آذری حمایت کرده است. دولت ایران نگران است که جمهوری آذربایجان با کمک اسرائیل و شاید آمریکا، به شورش مردم آذری در ایران یاری نماید.
۳ـ دولت دو کشور بطور عمده شیعه هستند، امّا دولت جمهوری آذربایجان همواره مراقب بوده که عوامل شیعه در مراکز قدرت وارد نشوند. جمهوری آذربایجان بطور سیستماتیک فرصت‌های ایران برای نفوذ در مسلمانان آذری را از بین می‌برد. فعالیت‌های گروههای شیعه بطور جدی در جمهوری آذربایجان تحت کنترل می‌باشد و بخصوص از روابط آنها با ایران جلوگیری می‌شود. در گذشته برخی از این افراد دستگیر شده‌اند.
۴ـ با توجه به خصومت جمهوری آذربایجان با جمهوری ارمنستان، بخصوص بخاطر اراضی ناگورنو قراباغ، دولت جمهوری اسلامی ایران برای فشار آوردن به جمهوری آذربایجان (جهت عدم اتخاذ سیاست‌های نامطلوب از دیدگاه جمهوری اسلامی) روابط خوبی با ارمنستان برقرار کرده است. جمهوری آذربایجان معتقد است که حمایت سیاسی و اقتصادی ایران از ارمنستان، نوعی اعلان جنگ به باکو است.
۵ـ ایران از حضور غرب و اسرائیل در جمهوری آذربایجان نگران است. حتی در گذشته، احتمال استفاده از قلمرو جمهوری آذربایجان جهت یک حملۀ احتمالی نظامی به ایران (البته پس از اخذ موافقت ضمنی روس‌ها که همواره از تجزیه ایران استقبال نموده‌اند چون از نظر منافع ملی آنها را به اهدافشان نزدیکتر نماید) مطرح شده است.
۶ـ سیاست خارجی ایران و جمهوری آذربایجان باعث اختلاف‌نظر جدی بین دو کشور است. جمهوری آذربایجان روابط نزدیکی با غرب دارد، خود را یک کشور اروپائی تلقی می‌کند و خواستار عضویت در اتحادیه اروپا و ناتو است. در شرایطی که روابط ایران با دول غربی مساعد نیست (قضیه اتمی، دخالت ایران در خاورمیانه و حمایت ایران از تروریسم)، از دیدگاه جمهوری اسلامی، جمهوری آذربایجان به‌عنوان مرکزی برای فعالیت‌های غرب علیه ایران تلقی می‌شود.
۷ـ روابط جمهوری آذربایجان با اسرائیل یکی و شاید مهم‌ترین مسالۀ جمهوری اسلامی با این کشور است. اسرائیل از زمان فروپاشی شوروی سابق با جمهوری آذربایجان روابط روزافزونی ایجاد کرده است. دولت اسرائیل مقادیر قابل توجهی اسلحه و مهمات به باکو فروخته است و در مقابل، نیروهای اسرائیلی در نزدیکی ایران به پایگاهی برای خود دست یافته‌اند. از دیدگاه اسرائیل، حضور این کشور در جمهوری آذربایجان، چیزی شبیه حضور ایران در لبنان و حمایت از حزب‌الله است.
۸ـ وخامت روابط بین ایران و دول غربی، بخصوص آمریکا، نوعی جوّ مساعد برای نزدیکتر شدن روابط ایران و روسیه ایجاد کرده و در عین حال این نگرانی را برای دولت‌هائی مثل جمهوری آذربایجان ایجاد کرده که روابط نزدیکتر ایران و روسیه، (بخصوص با توجه به قضایای گرجستان و اوکراین) و در عین حال عکس‌العمل‌های ملایم دول غربی به این تحولات، عواقبی روی وضعیت منطقه داشته باشد.
می‌توان گفت که مسألۀ اختلاف بین ایران و جمهوری آذربایجان بر روی دریای خزر محدود به این دو کشور نیست و ایران با بقیه دول حاشیه خزر نیز این مسائل را دارد. سرکوب شیعیان یا گروههای فعال مذهبی در جمهوری آذربایجان نیز موضوع چندان مهمی برای ایران نمی‌باشد. جمهوری اسلامی در ایران نشان داده است که وقتی پای مسائل مربوط به بقای خودش مطرح است، رفتارهای دول دیگر با مسلمانان یا شیعیان اهمیتی برای آن ندارد. نمونه بارز این امر روابط ایران با ارمنستان و نیز نحوۀ برخورد دولت ایران و حتی محافل مذهبی در ایران با مشکلات مسلمان در آبخازیا، چچن، ایگوش و داغستان می‌باشد. مسلمانان این مناطق تحت حاکمیت روسیه هستند و معتقدند که روسیه با آنها بدرفتاری می‌نماید. حتی عکس‌العمل دولت ایران به قضیه خط لوله زیر دریای خزر معروف به "ترانس ـ کاسپین پایپلاین" ناشی از ملاحظات دیگر است. می‌توان نتیجه گرفت که برخورد منفی جمهوری اسلامی ایران با جمهوری آذربایجان، روابط نزدیک آذربایجان با غرب و اسرائیل است که دولت حاکم بر ایران همواره از جانب آنها احساس خطر می‌نماید.