شش ماه پس از کشته شدن شیرین ابوعاقله، خبرنگار سرشناس شبکه الجزیره با گلوله نظامیان اسرائیلی، سرویس امنیت داخلی آمریکا، اف‌بی‌آی تحقیقات در این باره را آغاز کرده است.
اسرائیل بلافاصله در سطح وزیر دفاع به این تصمیم آمریکا واکنشی تند نشان داد و از آن ابراز خشم کرد.
تحقیق اف‌بی‌آی در پرونده قتل این گزارشگر که ۲۵ سال رویدادهای میدانی اراضی فلسطینی را گزارش می‌کرد، دو ماه پس از آن شروع شده که ارتش اسرائیل اذعان کرد گلوله اصابت کرده به سر شیرین ابوعاقله، از تیربار یکی از نظامیانش شلیک شد.
وزارت دادگستری آمریکا شامگاه دوشنبه ۲۳ آبان اعلام کرد که با اجازه این وزارت پرونده تحقیقات در خصوص مرگ شیرین ابوعاقله به اف‌بی‌آی محول شده است.
۵۷ عضو مجلس نمایندگان آمریکا زمان کوتاهی پس از کشته شدن شیرین ابوعاقله در نامه به کریستوفر ری، رئیس اف‌بی‌آی، خواهان تحقیق در این باره شده بودند. اسرائیل تلاش کرده بود که از این امر جلوگیری کند.
به نوشته رسانه‌های اسرائیل، تصمیم آمریکا یک امر کم‌سابقه در ارتباط با اسرائیل است.
روزنامه یدیعوت آخرونوت نوشت مفهوم این تصمیم، احتمال احضار نظامیان و نیروهای امنیتی اسرائیلی دخیل در عملیات روز واقعه در جنین و نیز بازجویی از سایر مقامات ارشد نظامی اسرائیل در آن رویداد است و احتمال محاکمه آن‌ها در آمریکا نیز مطرح است.
بیشتر در این باره: استقبال آمریکا از اعلام نتیجه تحقیقات اسرائیل در مورد کشته‌شدن شیرین ابوعاقلهبه نوشته یدیعوت آخرونوت، تصمیم آمریکا بیانگر این نیز هست که به نهادهای اسرائیلی برای انجام تحقیقات مستقل خود اعتماد ندارد.
بنی گانتز، وزیر دفاع در دولت انتقالی اسرائیل، که عملیات نظامیان اسرائیلی در دوره او صورت گرفته، شامگاه ۲۳ آبان در بیانیه‌ای تند نوشت که اسرائیل با تصمیم آمریکا در خصوص «مرگ تاسف‌بار» این خبرنگار «همکاری نخواهد کرد» و تصمیم اتخاذ شده را «یک اشتباه سنگین» می‌داند.
آقای گانتز در بیانیه خود افزود که ارتش اسرائیل «تحقیقات مستقل و حرفه‌ای را انجام داد و آمریکایی‌ها را نیز در جریان قرار داد».
به نوشته وزیر دفاع اسرائیل، او به صراحت به مقامات آمریکایی گفت که سربازان ارتش اسرائیل عامل این حادثه بودند اما «ما با تحقیقات بیرونی همکاری نکرده و اجازه دخالت در امور داخلی اسرائیل را نخواهیم داد».
فلسطینیان پس از چند ماه مخالفت، اوایل شهریور گلوله شلیک شده به سر شیرین ابوعاقله را به ژنرال آمریکایی مایکل پنزل، هماهنگ کننده روابط میان اسرائیل و فلسطینیان، تحویل داده و تحقیقاتی زیر رصد مقامات آمریکا از سوی ارتش اسرائیل به روی گلوله انجام شد. گلوله پس از چند روز به فلسطینیان مسترد شد.
مرگ شیرین ابوعاقله در روز ۲۱ اردیبهشت در اوج عملیات نظامی پیاپی اسرائیل در بخش شمالی کرانه باختری و پس از یک سری حملات مسلحانه فلسطینی علیه نظامیان و غیرنظامیان در چند شهر اسرائیلی رخ داد. ۲۰ اسرائیلی در آن حملات کشته شده بودند.
ارتش و نیروهای امنیتی اسرائیل برای بازداشت افراد فلسطینی مرتبط با باندهای مسلح در طول چند هفته وارد اردوگاه جنین می‌شدند.
فلسطینیان و خانواده خانم ابوعاقله که از آغاز کشته شدن این خبرنگار اصرار داشتند گلوله نظامیان اسرائیلی او را کشته، تحقیق ارتش این کشور را رد کردند، زیرا در آن آمده بود که گلوله در جریان تبادل آتش میان سربازان اسرائیلی با افراد مسلح فلسطینی شلیک شد.
مقامات ارشد فلسطینی و تحقیقات رسانه‌های متعدد جهانی بر اساس اظهارات شاهدان میدانی مدعی بود که در لحظه کشته شدن شیرین ابوعاقله نیروی مسلح فلسطینی در آن اطراف نبوده است. اسرائیل هنوز نیز این ادعا را قبول ندارد.
تشکیلات خودگردان فلسطینی مدعی بود که کشتن خبرنگاران یک رویه سابقه‌دار از سوی اسرائیل است و این کشور در سال‌های گذشته ۴۴ خبرنگار فلسطینی و یک خبرنگار ترکیه را کشته است. این ادعا نیز از سوی اسرائیل رد شد.
آمریکا از رویدادهایی نیز که در جریان خاکسپاری این گزارشگر در شرق اورشلیم رخ داد، ابراز تاسف عمیق کرده بود.
حمله پلیس اسرائیل به تشییع کنندگان پیکر شیرین ابوعاقله به دلیل اهتزاز پرچم فلسطین نزدیک بود تابوت او را به زمین بیندازد. آنتونی بلینکن، وزیر خارجه آمریکا، این رویداد را «هولناک» نامیده بود.