در پاسخ به نامه محمد یزدی، دبیر جامعه مدرسین حوزه علمیه قم، به آیت‌الله شبیری زنجانی، مرجع تقلید شیعه، مهدی کروبی خطاب به محمد یزدی از وجود «قرارگاه‌هایی برای خواسته‌های فراقانونی مراکز قدرت» در کشور سخن به میان آورده و یزدی را «یکی از فعال‌ترین افراد این مراکز» معرفی کرد.
این نامه در واکنش به نامه انتقادی و سرگشاده محمد یزدی به موسی شبیری زنجانی به خاطر دیدار با محمد خاتمی و شماری از چهره‌های اصلاح‌طلب نوشته شده که یزدی در آن از این مرجع تقلید خواسته بود «شان مرجعیت را رعایت» کند.
آقای یزدی با لحنی بی‌سابقه به شبیری زنجانی تذکر داده که نباید این «گونه مسائل دیگر تکرار» شود و وی باید به گونه‌ای رفتار کند که «احترام و شئون مرجعیت» رعایت شود.
این نامه در ایران به انتقادهای بسیار دامن زد و از این که یک آیت‌الله در اقدامی کم‌سابقه با لحنی «آمرانه و سخیف» به یک مرجع تقلید تذکر داده، انتقاد شد.
مهدی کروبی، از رهبران جنبش سبز، نیز در انتقاد از این اقدام یزدی، در نامه خود آورده این «قرارگاه‌ها» سابقه حمله به سخنرانی عالمان٬ سفارتخانه‌ها و «منزل منتقدین و دلسوزان واقعی کشور» را دارند.
کروبی نوشت: «این قرارگاه‌ها معمولا پیش از اجرای عملیات‌شان اقدام به ریختن آتش تهیه می‌کنند تا به زعم باطل خود زمینه را برای هجوم پیاده نظام‌شان فراهم سازند.»
وی خطاب به یزدی ادامه می‌دهد: «متاسفانه جنابعالی خواسته یا ناخواسته به یکی از فعال‌ترین افراد این مرکز تبدیل شده‌اید و توپخانه‌تان ساحت مرجعیت را رسماً در برگرفته است.»
کروبی نامه یزدی به شبیری زنجانی را «بخشی از همان پروژه استقلال‌زدایی [از] حوزه و حاکمیت رعب و ترس در میان علما» معرفی کرده که «از سال‌ها پیش توسط همان جریان سازماندهی شده و می‌شود.»
مهدی کروبی حمله به خانه حسینعلی منتظری و یوسف صانعی دو مرجع تقلید شیعه در قم را دو مصداق این پروژه معرفی کرده است.
به نظر می‌رسد یکی از همین «قرارگاه‌های» مد‌نظر مهدی کروبی «تشکل اساتید سطوح عالی و خارج حوزه علمیه قم» است که دی‌ماه سال ۱۳۹۱که با سخنرانی محمود هاشمی شاهرودی اعلام موجودیت کرد.
از این تشکل به عنوان طراح و مجری برگزاری نشست جنجالی گروهی از طلاب تندرو در مردادماه امسال در مدرسه فیضیه قم نام برده می‌شود.
در این تجمع شعار‌نوشته‌ای به نمایش درآمده بود که به طور تلویحی حسن روحانی را تهدید به مرگ کرده و در عین حال برخی گمانه‌ها در مورد قتل اکبر هاشمی رفسنجانی در استخر را تقویت می‌کرد.
این تجمع در آن زمان با جنجال‌‌های فراوانی همراه شد، به طوری که ۵۰ روز بعد دو فرمانده ارشد سپاه قم که گفته شده در برگزاری این تجمع دست داشتند از مقام خود برکنار شدند.
در روزهای اخیر هم تشکل اساتید سطوح عالی و خارج حوزه علمیه قم هم با صدور بیانیه‌ای از نامه انتقادی محمد یزدی به آیت‌الله موسی شبیری زنجانی حمایت کرده است.
این تشکل در نامه خود نوشته که «کارنامه مدافعان امروز مرجعیت مشحون از اهانت به مقدسات و مرجعیت و تقلید است.»
انتقادهای کروبی از نامه یزدی در حالی مطرح شده که مجمع عمومی جامعه مدرسین حوزه علمیه قم در بیانیه‌ای، نامه یزدی به شبیری زنجانی را در راستای «صیانت و حراست از جایگاه والای مرجعیت و دفاع از نظام و ارزش‌های انقلاب اسلامی» برشمرده است.
در این بیانیه در واکنش به انتقادهای مختلف از نامه یزدی به ویژه از سوی شماری از مقام‌های دولتی آمده که «برخی از دولتیان، دلسوز جایگاه مراجع عظام شدند، فارغ از اینکه در این مورد قابلیت جواب برای آنها دیده نمی‌شود، به آگاهی جنابشان می‌رساند: آیا در طول سالیان اخیر تذکرات مراجع بزرگوار تقلید در امور ملی، بین‌المللی، فرهنگی، معیشتی، حیثیتی را نشنیدند و آنجا از احترام و تکریم مراجع معظم چیزی نگفتند و تمکین نکردند، ولی به یکباره دلسوز حوزه و مراجع گشتند؟»