دبیر شورای عالی امنیت ملی ایران تهدید کرد که جدایی اقلیم کردستان از عراق به معنای «پایان یافتن» تمام توافقهای نظامی و امنیتی دو طرفه و همچنین «مسدود شدن همه گذرگاه‌های مرزی» ایران با این اقلیم است.
علی شمخانی روز یک شنبه،۲۶ شهریور، در مصاحبه با خبرگزاری صدا و سیما گفت که همه پرسی جدایی اقلیم کردستان از عراق «وجاهت و اعتبار قانونی ندارد» و« به طور قطع آثار ضدامنیتی برای منطقه، عراق به ویژه اقلیم کردستان خواهد داشت».
وی تاکید کرد که توافقات مرزی ایران «صرفاً با محوریت دولت مرکزی عراق پابرجاست» و جدایی اقلیم کردستان «به معنای مسدود شدن تمام معابر و گذرگاه های مشترک مرزی خواهد بود».
در روزهای گذشته نیز مقامات ارشد جمهوری اسلامی با همه پرسی در اقلیم کردستان عراق مخالفت کرده اند.
از جمله روز پنج شنبه، ۲۳ شهریور، رییس ستاد کل نیروهای مسلح ایران و رییس ستاد ارتش ترکیه در یک گفت‌و‌گوی تلفنی، پیامدهای برگزاری همه‌پرسی استقلال اقلیم کردستان عراق بر منطقه را «منفی و خطرناک» توصیف کرده و خواستار هماهنگی بین کشورهای همسایه در مخالفت با آنچه که «طرح‌های تجزیه‌طلبانه» خواندند، شده بودند.
پیش از آن نیز رییس‌جمهوری ایران در گفت‌وگو با رجب طیب اردوغان، همتای ترک خود، تلویحا با همه‌پرسی در اقلیم کردستان عراق مخالفت کرده بود.
در همین حال منابع کرد در شمال عراق هفته پیش مدعی شدند، قاسم سلیمانی، فرمانده نیروی قدس سپاه پاسداران، برای دیدار با مسعود بارزانی با هدف تلاش برای تغییر قصد همه‌پرسی به اربیل رفت اما موضع اقلیم کردستان تغییر نکرده است. مقامات جمهوری اسلامی به این سفر واکنشی نشان نداده‌اند.
علاوه بر دولت و پارلمان عراق ،ایران ،ترکیه و سوریه،آمریکا نیز خواستار لغو این همه پرسی شده است.
اسرائیل اما از این همه‌پرسی که قرار است روز ۲۵ سپتامبر (سوم مهر) برگزار شود، حمایت کرده است.
درهمین حال دبیر شورایعالی امنیت ملی ایران گفت که مخالفت کشورهای همسایه عراق با برگزاری این همه پرسی« شرایط پیچیده و دشواری» را برای اقلیم کردستان ایجاد خواهد کرد.
آقای شمخانی همچنین تهدید کرد که جدایی اقلیم کردستان از خاک عراق «به مفهوم پایان یافتن» تمام توافق های نظامی و امنیتی میان ایران و این اقلیم خواهد بود.
وی اعلام کرد که پس از جدایی اقلیم کردستان عراق، ایران « در رویکرد خود برای مقابله با حضور و فعالیت» گروه های مخالف جمهوری اسلامی در این اقلیم « به صورت جدی تجدید نظر می کند و با شیوه های کاملاً متفاوت نسبت به گذشته رفتار خواهد کرد».
ایران در سال‌های گذشته به بهانه حضور نیروهای مخالف جمهوری اسلامی و عملیات آنها اقدام به گلوله‌باران مناطقی از اقلیم کردستان عراق کرده است. به رغم اعتراض‌های مکرر دولت این منطقه، گلوله‌باران اقلیم از سوی ایران متوقف نشده است.
در همین حال روز ۱۲ تیر منابع خبری در اقلیم کردستان عراق اعلام کردند که نیروهای نظامی ایران مناطقی از این اقلیم را گلوله‌باران کردند که در جریان آن سه نفر زخمی شدند.
پس از آن دولت خودمختار اقلیم کردستان عراق، سرکنسول ایران در اربیل را احضار و به گلوله باران این مناطق اعتراض کرد.