با وجود آنکه حمل‌و‌نقل ریلی را ایمن‌ترین راه جابه‌جایی بار و مسافر معرفی می‌کنند، این شیوه اما همچنان در ایران فاصله زیادی تا توسعه و پوشش سراسری دارد. پایین بودن سطح سرمایه‌گذاری‌ها از سوی بخش دولتی و خصوصی در این حوزه سدی برابر بهبود شرایط حمل و نقل ریلی در ایران است.
به گزارش خبرگزاری‌های ایران عباس آخوندی، وزیر راه و شهرسازی، گفته است «توسعه شبکه حمل و نقل ریلی در کشور ما نسبت به حمل و نقل جاده‌ای بسیار عقب‌مانده است». آقای آخوندی نیز بر لزوم «افزایش سرمایه‌گذاری‌ها» در این بخش تاکید کرده و می‌گوید این کار به ۵۰ میلیارد دلار سرمایه گذاری نیاز دارد.
این اظهارات خود در حالی ست که در سال ۹۷ بودجه عمرانی ایران نسبت به سال گذشته کاهش داشته است.
مشکل دیگر کمبود واگن و واگن‌های فرسوده‌است. مدیرعامل شرکت راه آهن ایران می‌گوید در سال گذشته بیش از۳۲۰ واگن فرسوده مسافری از رده خارج شده، اما تنها ۸۵ واگن جدید وارد شبکه شده است.
بنا به گفته معاون مسافری این شرکت در سال‌های ۹۵ و ۹۶ مجموعا بیش از ۶۳۴ دستگاه واگن مسافری فرسوده با ۳۰ تا ۴۵ سال کارکرد از رده خارج شده و امسال قرار است ۹۰ واگن مسافری جدید وارد شبکه ریلی کشور شود.
راه‌آهن ایران شمار واگن‌های مسافری با عمر حدود ۲۵ سال را یک هزار و ۳۰۸ مورد اعلام کرده‌است؛ با این حساب شمار واگن‌های جایگزین شده بسیار کمتر از آن‌چیزی‌ست که نیاز شبکه ریلی ایران را تامین کند و با وجود خارج کردن صدها واگن فرسوده، همچنان عمر ناوگان ریلی ایران بالا است.
از سوی دیگر محمد رجبی، مدیرعامل شرکت حمل و نقل ریلی رجا، با بیان اینکه برای توسعه شبکه ریلی جدید باید ناوگان جدیدی خریداری شود، درباره قطارهای حومه‌ای و مشکلات تامین مالی برای خدمت رسانی در این بخش، گفته است « ۶۵ درصد از هزینه‌های عملیاتی این قطارها ارزی است و این درحالی است که نمی‌توانیم از مسافران پول بیشتر دریافت کنیم در نتیجه باید از نهادهای دولتی و استان‌ها کمک بگیریم که متأسفانه در این زمینه با شرکت رجا همکاری نمی‌کنند.»
او همچنین درباره مشکلات قطارهای موجود و در حال استفاده، به عدم همکاری دولت با این شرکت نیز اشاره کرده است «آماده کردن هر قطار با عمر بالای ۳۰ سال نیازمند ۸۰۰ میلیون تومان اعتبار است. هم‌اکنون یکی از مهمترین چالش‌های ما آن است که راه آهن گفته باید قطارهای بالای ۳۰ سال از ریل خارج شود که هریک از آنها حدود ۴۰۰ میلیارد تومان اعتبار نیاز دارد و این تصمیم اقتصادی به صلاح کشور نیست. باید همین امروز دعوا با راه‌آهن را شروع کنیم، چرا که حدود ۵۰ درصد قطارهای رجا از مسیر خارج می‌شود».
آقای رجبی شبکه ریلی ایران را به «گورستانی از واگن‌های فرسوده و قدیمی» تشبیه کرده‌است.