سخنگوی وزارت امور خارجه جمهوری اسلامی در واکنش به اتهام رئیس‌جمهور آذربایجان مبنی در دست داشتن «بخش‌هایی از نظام» ایران در حمله به سفارت این کشور در تهران اعلام کرد: «بهتر است از هرگونه پیش‌داوری، سیاسی‌سازی و تبلیغاتی کردن موضوع اجتناب شود».
ناصر کنعانی روز یکشنبه ۳۰ بهمن در ادامه افزود: «طرح رسانه‌ای تفسیرهای غیرحقوقی از این حادثه، اقدامی سازنده در مسیر پیگیری حقوقی و قضایی پرونده نیست».
الهام علی‌اف، رئیس‌جمهور آذربایجان، روز ۲۹ بهمن ماه، نهادهای وابسته به حکومت جمهوری اسلامی را به دست داشتن در حمله مسلحانه به سفارت این کشور در تهران متهم کرد.
او گفت فرد مسلح دو بار وارد ساختمان سفارت شد و به مدت نیم ساعت تا ۴۰ دقیقه چندین خودرو پلیس ایران به سفارت نزدیک شدند و بدون هیچ عکس‌العملی صحنه تهاجم را نادیده گرفته و آنجا را ترک کردند.
او گفت مصاحبه رسانه‌های جمهوری اسلامی با فرد مهاجم نشان می‌دهد که «بخش‌هایی از نظام» پشت این حمله بوده است: «تنها دو روز بعد از این تهاجم مسلحانه، ایران مدعی شد فرد مهاجم مشکلات روانی دارد. چطور در عرض دو روز به این نتیجه رسیدند؟ معلوم است که می‌خواهند فرد مهاجم و افراد سازمان‌دهنده این حمله را تبرئه کنند».
در حمله مسلحانه یک شهروند ایرانی به سفارت جمهوری آذربایجان در روز هفتم بهمن، رئیس سرویس امنیتی سفارت کشته و دو تن دیگر از کارمندان امنیتی آن زخمی شدند. در پی این حادثه، جمهوری آذربایجان کارمندان سفارت خود در ایران را خارج کرد.
مقامات نیروی انتظامی جمهوری اسلامی در روز حادثه نیز مدعی شده بودند که فرد مهاجم «بلافاصله» بازداشت شد، اما ویدئوهای ضبط شده توسط سفارت باکو در تهران نشان می‌دهد فرد مهاجم بعد از دست تکان دادن به پلیس ایرانی وارد ساختمان می‌شود و بعد از درگیری و بیرون رانده شدن از ساختمان، دوباره با پتک برای شکستن در تلاش می‌کند و وارد ساختمان می‌شود و نهایتا سعی در آتش زدن خودرو سفارت می‌کند.