حسن روحانی، رئیس جمهور ایران، روز شنبه، هشتم آذرماه، ترور محسن فخری‌زاده را «دام توطئه صهیونیست‌ها» برای «ایجاد آشوب و بلوا» خواند، و علی خامنه‌ای نیز در پیامی بدون اشاره به اسرائیل خواستار «مجازات قطعی» عاملان ترور شد.
آقای روحانی که روز شنبه در جلسه ستاد ملی مدیریت کرونا سخن می‌گفت، این موضوع را تلویحا مرتبط با هفته‌های پایانی دولت ترامپ دانست و گفت: «دشمنان ما در هفته‌های پراضطرابی هستند، احساس می‌کنند دوران فشار آنها کم می‌شود و برای آنها مهم است که حداکثر استفاده را از این روزها ببرند.»
رئيس جمهور ایران بر همین اساس تاکید کرد که حکومت ایران «به‌موقع و مناسب» پاسخ این ترور را می‌دهد.
علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی، نیز در پیامی کوتاه که در این باره صادر کرد خواستار «مجازات قطعی عاملان و آمران» شد، ولی در پیام او اشاره‌‌ای به نقش اسرائيل در این ترور نشده است.
اشاره آقای روحانی به «دام توطئه صهیونیست‌ها» متوجه گزارش‌هایی است که در هفته‌های اخیر درباره تشدید فشار تحریم‌ها و امکان حمله به تاسیسات هسته‌ای از سوی دولت ترامپ منتشر شده است.
پیش از این مقام‌های حکومت ایران بارها گفته بودند که سیاست اصلی آنها در قبال فشارها و برنامه‌های دولت ترامپ «صبر استراتژیک» است و منتظر پایان یافتن دوران دولت ترامپ هستند.
مقام‌های جمهوری اسلامی توضیح نداده‌اند که پس از پایان دوره «صبر استراتژیک» چه خواهند کرد، ولی با توجه به این رویکرد و سخنان امروز حسن روحانی، به نظر می‌رسد حکومت ایران قصد پاسخ یا واکنش فوری به این ماجرا را ندارد.
در چند ساعت گذشته مقام‌های جمهوری اسلامی از جمله محمدجواد ظریف، وزیر خارجه ایران، اسرائيل را متهم به دست داشتن در ترور آقای فخری‌زاده کرده‌اند.
سفیر ایران در سازمان ملل متحد جمعه هفتم آذرماه در نامه‌ای به دبیرکل و شورای امنیت این سازمان گفته است، «نشانه‌های جدی مسئولیت اسرائیل» در ترور محسن فخری‌زاده وجود دارد.
مجید تخت‌روانچی در این نامه «به ایالات متحده و اسرائیل در انجام اقدامات ماجراجویانه علیه ایران به ویژه در دوره باقی‌مانده از دولت فعلی آمریکا» اخطار داده است.
دولت اسرائيل تاکنون اظهارنظری درباره این ترور نکرده، ولی در سال‌های قبل رسانه‌های اسرائيلی گزارش داده بودند که موساد در تلاش برای ترور آقای فخری‌زاده بوده است.
محسن فخری‌زاده مهابادی، چهره ارشد در برنامه هسته‌ای ایران و رئیس سازمان پژوهش و نوآوری وزارت دفاع ایران، در روز جمعه در «منطقه آبسرد» دماوند مورد سوءقصد قرار گرفته و کشته شد.
محسن فخری زاده، ۶۲ ساله، مقام اجرايی برنامه موسوم به «آماد» در ايران است که در حيطه مواد منفجره و فنون تجهيز موشک برای سوار کردن کلاهک‌های جنگی فعال بود.
بنیامین نتانیاهو، نخست وزیر اسرائیل، نیز زمانی که اعلام کرد ماموران موساد اسناد اتمی ایران را دزدیده‌اند، از محسن فخری‌زاده به عنوان مغز متفکر برنامه هسته‌ای ایران یاد کرد.