سازمان حقوق بشر ایران با اشاره به پخش ویدئوی اعترافات اجباری علی یونسی و امیرحسین مرادی توسط خبرگزاری فارس، وابسته به سپاه پاسداران، درباره زمینه‌سازی برای «صدور احکام سنگین و بی‌پایه علیه این دو دانشجوی زندانی» هشدار داد.
محمود امیری‌مقدم، مدیر این سازمان، روز جمعه، سوم دی‌ماه، با اشاره به گزارش‌های منتشره درباره شکنجه این دو دانشجو برای اخذ اعتراف اجباری گفت که پخش این ویدئوها تلاش برای «آماده‌سازی افکار عمومی» برای صدور احکام بوده است.
روز جمعه خبرگزاری فارس ویدئویی را منتشر کرد که در آن اظهارات و تصاویری درباره نحوه ساختن بمب و خمپاره مطرح شده بود و این دو دانشجوی زندانی را بدون اشاره به نام کامل آنها به همکاری با سازمان مجاهدین خلق ایران متهم می‌کرد.
بیشتر در این باره: خواهر علی یونسی: اتهامات قوه قضائیه مسخره و داستان‌سازی استعلی یونسی، برنده مدال نقره المپیاد نجوم کشوری در سال ۹۵ و همچنین مدال طلای المپیاد جهانی نجوم در ۲۲ فروردین سال ۹۹ بدون اعلام دلیل دستگیری، «پس از ضرب و شتم شدید توسط ماموران» بازداشت شد. امیرحسین مرادی، دانشجوی فیزیک و برنده مدال نقره المپیاد نجوم کشوری، نیز همان روز بازداشت شد.
مدتی پس از بازداشت آنها، غلامحسین اسماعیلی، سخنگوی وقت قوه قضائیه، این دانشجویان را متهم کرد که با گروه‌های «ضد انقلاب» و «به‌ویژه» سازمان مجاهدین خلق ارتباط گرفته بودند و «تحت تعلیمات» مجاهدین خلق «به دنبال انجام اقدامات خرابکارانه در کشور بودند».
خانواده علی یونسی با اشاره به سابقه قوه قضائیه در «شکنجه روحی و جسمی و اعتراف‌گیری اجباری و فشار به خانواده‌ها»، این اتهامات را «مسخره» و «داستان‌سازی» خوانده‌اند.
در اولین جلسه محاکمه در شعبه ۲۹ دادگاه انقلاب، آنها به «افساد فی‌الارض، اجتماع و تبانی با هدف اقدام علیه امنیت ملی و تبلیغ علیه نظام» متهم شدهاند. این اتهامات می‌توانند مجازات اعدام به دنبال داشته باشند.
عفو بین‌الملل روز دوشنبه اول آذر در نامه سرگشاده‌ای خطاب به رئیس قوه قضائیه ایران نوشت که این دو دانشجو از فروردین سال ۹۹ در بخش ۲۰۹ زندان اوین زندانی هستند و در یک دادرسی ناعادلانه، با خطر محکومیت به ارتکاب جرایم ساختگی روبه‌رو هستند که می‌تواند مجازات اعدام برای آنها به همراه داشته باشد.
بیشتر در این باره: هشدار عفو بین‌الملل درباره «خطر اعدام» برای علی یونسی و امیرحسین مرادیاین سازمان می‌گوید ماموران وزارت اطلاعات برای دریافت اعترافات اجباری از علی یونسی و امیرحسین مرادی، «آنها را به شدت کتک زده و مدتی طولانی در سلول‌های انفرادی نگه داشته‌اند. آنها زندانیان عقیدتی هستند».
در بخش ديگری از این نامه گفته می‌شود: «در سیزده ماهی که از بازداشت این دو نفر می‌گذرد آنها حق ملاقات با وکیل نداشته‌اند و به گفته خانواده‌هایشان از امکانات درمانی و هوای آزاد محروم هستند.»
سازمان حقوق بشر ایران نیز در گزارش خود با اشاره به اظهارات مجتبی حسینی که برای مدتی با علی یونسی همبند بوده است، به فشار و شکنجه این دو دانشجو پرداخته و نوشته است جلسات اعتراف اجباری روبه‌روی دوربین گاه یک شبانه‌روز طول می‌کشید و تا جملات از پیش تعیین‌شده با لحنی که بازجوها می‌خواستند بر زبان علی یونسی جاری نمی‌شد، پایان نمی‌یافت.
آقای حسینی در اظهارات خود درباره وضعیت علی یونسی در زندان گفته است: «علی را طوری زدند که تا ۱۰۰ روز از چشمش خون و چرک می‌آمد.»
این سازمان از جامعه بین‌الملل خواسته است درباره رویکرد جاری درباره این دو دانشجو و به ویژه «جلوگیری از صدور احکام سنگین علیه آنها، واکنش مناسب نشان دهد».
در ماه‌های گذشته برخی نهادهای دانشجویی و همچنین ۱۷۰ استاد دانشگاه با ارسال نامه‌هایی به مقام‌های قضایی خواستار پایان بخشیدن به پرونده علیه این دو دانشجو شدهاند ولی این درخواست‌ها از سوی مقام‌های امنیتی و قضایی جمهوری اسلامی بی‌پاسخ مانده است.